seq1 = pF1KE0253.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KE0253/gi568815587f_124511557.tfa (gi568815587f:124511557_124719932), 208376 bp

>pF1KE0253 1176
>gi568815587f:124511557_124719932 (Chr11)

1-181  (100001-100181)   100% ->
182-324  (101424-101566)   100% ->
325-539  (105718-105932)   100% ->
540-1176  (107740-108376)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACTTGCACACACAGCTGCAGAGTACATGCTCTCAGATGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACTTGCACACACAGCTGCAGAGTACATGCTCTCAGATGCCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGACCGCAGGGGACCCCGCCTCAAAGGACTGCGTCTGGAACTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGACCGCAGGGGACCCCGCCTCAAAGGACTGCGTCTGGAACTGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACCGGATAGTCAAGTTCGTAGCTGTGGGCTCCCCCTTGTTGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGACCGGATAGTCAAGTTCGTAGCTGTGGGCTCCCCCTTGTTGCTGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCTGGCATTCGCCCAGGAGTTCTCCTCTG         GGTCTCCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100151 TCCCTGGCATTCGCCCAGGAGTTCTCCTCTGGTA...CAGGGTCTCCGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCTGCTTCTCTCCCAGTAACTTCAGCATCCGGCAGGCAGCCTACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101434 CAGCTGCTTCTCTCCCAGTAACTTCAGCATCCGGCAGGCAGCCTACGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGCTCCTGCTGGGACTCACTGCTTCACCATAAGCAGGACGGGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101484 ACAGCTCCTGCTGGGACTCACTGCTTCACCATAAGCAGGACGGGCCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGACAAAATGAAATCTCTCTGGCCCCACAAG         GCCCTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101534 CAGGACAAAATGAAATCTCTCTGGCCCCACAAGGTA...CAGGCCCTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACTCCCTGCTGGCCCTGGCCTTGCTCATGTACCTGCCGGTGCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105726 CTACTCCCTGCTGGCCCTGGCCTTGCTCATGTACCTGCCGGTGCTGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCAGTATGCAGCTGTGCCAGCCCTCAGCTCCGATCTGCTGTTCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105776 GGCAGTATGCAGCTGTGCCAGCCCTCAGCTCCGATCTGCTGTTCATCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCGAACTGGACAAATCTTATAATCGCTCCATCCGCCTCGTGCAGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105826 AGCGAACTGGACAAATCTTATAATCGCTCCATCCGCCTCGTGCAGCACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGAAGATCCGGCAGAAGAGTTCCGACCCCTATGTGTTCTGGAATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105876 GCTGAAGATCCGGCAGAAGAGTTCCGACCCCTATGTGTTCTGGAATGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGAGAA         GGCTCGGAAAGAACGATACTTTGAATTCCCTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105926 TGGAGAAGTG...CAGGGCTCGGAAAGAACGATACTTTGAATTCCCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTAGAGCGGTACCTGGCATGTAAGCAGCGTTCACATTCGCTAGTGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107774 CTAGAGCGGTACCTGGCATGTAAGCAGCGTTCACATTCGCTAGTGGCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTACCTCCTGAGGAACTCCCTCTTGCTCATCTTCACCTCCGCCACTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107824 CTACCTCCTGAGGAACTCCCTCTTGCTCATCTTCACCTCCGCCACTTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TATACCTTGGTCATTTCCATCTGGATGTCTTCTTCCAGGAAGAATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107874 TATACCTTGGTCATTTCCATCTGGATGTCTTCTTCCAGGAAGAATTCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGCTCCATCAAGACAGGGCTGCTAAGTGATGAGACCCATGTCCCCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107924 TGCTCCATCAAGACAGGGCTGCTAAGTGATGAGACCCATGTCCCCAATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GATCACATGCAGGCTGACATCACTGTCCATTTTCCAGATTGTTAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107974 GATCACATGCAGGCTGACATCACTGTCCATTTTCCAGATTGTTAGCCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCAGTGTAGCAATATACACCATATTGGTTCCAGTGATAATATACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108024 CCAGTGTAGCAATATACACCATATTGGTTCCAGTGATAATATACAACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACACGGCTATGTCGGTGGGACAAACGACTTTTATCTGTCTATGAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108074 ACACGGCTATGTCGGTGGGACAAACGACTTTTATCTGTCTATGAGATGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCCAGCTTTTGATCTCCTCAGCAGAAAGATGCTAGGATGTCCCATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108124 CCCAGCTTTTGATCTCCTCAGCAGAAAGATGCTAGGATGTCCCATCAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACCTCAATGTGATCCTTCTTTTCCTCCGAGCTAACATCTCTGAGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108174 ACCTCAATGTGATCCTTCTTTTCCTCCGAGCTAACATCTCTGAGCTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TCTTTTAGCTGGCTGAGTGTCTTATGTGTGTTGAAGGATACAACCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108224 TCTTTTAGCTGGCTGAGTGTCTTATGTGTGTTGAAGGATACAACCACCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GAAGCACAATATTGACACAGTAGTTGATTTTATGACTTTATTGGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108274 GAAGCACAATATTGACACAGTAGTTGATTTTATGACTTTATTGGCTGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TAGAACCCTCAAAACCCAAACACCTCACCAACTCGGCATGTGATGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108324 TAGAACCCTCAAAACCCAAACACCTCACCAACTCGGCATGTGATGAACAC

   1200 
   1174 CCA
        |||
 108374 CCA