seq1 = pF1KE0248.tfa, 393 bp
seq2 = pF1KE0248/gi568815591f_30035137.tfa (gi568815591f:30035137_30257545), 222409 bp

>pF1KE0248 393
>gi568815591f:30035137_30257545 (Chr7)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-285  (111041-111163)   100% ->
286-393  (122302-122409)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTCCAGCAGCTGGCCGACGTTGCGGAGAAATGGTGCTCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTCCAGCAGCTGGCCGACGTTGCGGAGAAATGGTGCTCCAACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCTTCGAGCTCATCGCCACCGAGGAGACCGAACGCAGGATGGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCTTCGAGCTCATCGCCACCGAGGAGACCGAACGCAGGATGGATTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGCCGACCCCGGCGTCTCCTTCTATGTGCTGTGTCCGGACAACGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGCCGACCCCGGCGTCTCCTTCTATGTGCTGTGTCCGGACAACGGCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGACAATTTT         CACGTGTGGAGTGAGAGCGAGGACTGCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGACAATTTTGTG...CAGCACGTGTGGAGTGAGAGCGAGGACTGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTTTCTTGCAGCTAGCACAGGATTACATCTCCTCCTGCGGCAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111070 GCCTTTCTTGCAGCTAGCACAGGATTACATCTCCTCCTGCGGCAAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGCTCCACGAAGTCCTGGAAAAAGTCTTCAAGTCTTTCAGACCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111120 CGCTCCACGAAGTCCTGGAAAAAGTCTTCAAGTCTTTCAGACCTGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    TTACTGGGGCTTCCGGATGCAGATGACGATGCGTTTGAAGAGTACAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122299 TAGTTACTGGGGCTTCCGGATGCAGATGACGATGCGTTTGAAGAGTACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGACGTGGAAGAAGAGGAGCCAGAGGCGGACCACCCCCAGATGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122349 TGCTGACGTGGAAGAAGAGGAGCCAGAGGCGGACCACCCCCAGATGGGGG

    400     .    :
    383 TCAGCCAGCAG
        |||||||||||
 122399 TCAGCCAGCAG