seq1 = pF1KE0247.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KE0247/gi568815597f_15559869.tfa (gi568815597f:15559869_15761719), 201851 bp

>pF1KE0247 1851
>gi568815597f:15559869_15761719 (Chr1)

1-1851  (100001-101851)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATCATTACCAACTTCAGATGGGTTTAACCATCCCGCCCGTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCATCATTACCAACTTCAGATGGGTTTAACCATCCCGCCCGTTCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGACAGAGTCCTGATGTTGGTAATCCTATGAGTCTTGCTCGCTCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGACAGAGTCCTGATGTTGGTAATCCTATGAGTCTTGCTCGCTCTGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTTCAGTCTGCCCTATCAAGCCCAGTGACTCAGATCGCATTGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCTTCAGTCTGCCCTATCAAGCCCAGTGACTCAGATCGCATTGAACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGCTGTGAAGGCTTTGAAGGCTTCAGCTGAATTCCAGCTAAACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGCTGTGAAGGCTTTGAAGGCTTCAGCTGAATTCCAGCTAAACTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAAGAAAGAACATCTTTCTTTACAAGATCTTTCTGATCATGCTTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAAGAAAGAACATCTTTCTTTACAAGATCTTTCTGATCATGCTTCCTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGACCATGCTCCAACAGACCAGAGTCCAGCTATGCCTATGCAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGACCATGCTCCAACAGACCAGAGTCCAGCTATGCCTATGCAGAATTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCGAAGAAATAACTGTTGCAGGTAATCTGGAGAAATCTGCTGAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCGAAGAAATAACTGTTGCAGGTAATCTGGAGAAATCTGCTGAAAGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCCAGGGCCTCAAATTTCATCTCCATACAAGACAGGAAGCTAGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCCAGGGCCTCAAATTTCATCTCCATACAAGACAGGAAGCTAGTTTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGTCACATCTACTAGGATGCATGAACCACAGATGTTTCTAGGTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGTCACATCTACTAGGATGCATGAACCACAGATGTTTCTAGGTGAAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATTGGCATCCAGAAAATCAGAACCTGAGTCAAGTGAGTGACCCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATTGGCATCCAGAAAATCAGAACCTGAGTCAAGTGAGTGACCCTCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCACGAAGAACCAGGGAATGAACAGTATGAGGTTGCACAACAAAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCACGAAGAACCAGGGAATGAACAGTATGAGGTTGCACAACAAAAAGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACATGACCAAGAATATCTTTGTAACATAGGGGACCTTGAGCTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACATGACCAAGAATATCTTTGTAACATAGGGGACCTTGAGCTTCCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAAGGCAACAGAATCAACACAAAATTGTTGATTTGGAAGCTACGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAAAGGCAACAGAATCAACACAAAATTGTTGATTTGGAAGCTACGATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGGAAATGGGCTCCCACAGAATGTGGATCCTCCAAGTGCGAAGAAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGGAAATGGGCTCCCACAGAATGTGGATCCTCCAAGTGCGAAGAAAAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCCATCTTCAGAATGCAGTGGCTGCTCAAATTCAGAAACATTTATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCCATCTTCAGAATGCAGTGGCTGCTCAAATTCAGAAACATTTATGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCGATACAGCTCAACAGTCCCTAGTTACTTTGCTTAATTCAACAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCGATACAGCTCAACAGTCCCTAGTTACTTTGCTTAATTCAACAGGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCAGAATGCCAATGTCAAGAACATTGGTGCATTGGATCTCACTTTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCAGAATGCCAATGTCAAGAACATTGGTGCATTGGATCTCACTTTAGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCCTTGATGGAAGTAGAAACATCAAAATGTAACCCTTCATCTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCCTTGATGGAAGTAGAAACATCAAAATGTAACCCTTCATCTGAAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGAATGATTCCATTTCCACTCAGGATTTACAGCCCCCAGAAACTAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGAATGATTCCATTTCCACTCAGGATTTACAGCCCCCAGAAACTAATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGAAATACCTGGAACAAATAAAGAATATGGCCATTACTCCTCTCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGAAATACCTGGAACAAATAAAGAATATGGCCATTACTCCTCTCCAAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCTGTGGCAGTTGTCAGCCTTCTGTGGAGTCAGCAGAAGAATCTTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCTGTGGCAGTTGTCAGCCTTCTGTGGAGTCAGCAGAAGAATCTTGCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCTATAACGGCAGCCTTGAAAGAACTTCATGAACTTTTGGTTGTTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTATAACGGCAGCCTTGAAAGAACTTCATGAACTTTTGGTTGTTAGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TAAACCAGCTTCAGAAAATACATCTGAAGAAGTAATCTGTCAATCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TAAACCAGCTTCAGAAAATACATCTGAAGAAGTAATCTGTCAATCAGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCATAGCTGAGGGCCAAACCAGTATTAAAGACCTTTCTGAAAGATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCATAGCTGAGGGCCAAACCAGTATTAAAGACCTTTCTGAAAGATGGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAAAATGAGCATCTTACCCAGAATGAACAGTGTCCACAAGTCTCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CAAAATGAGCATCTTACCCAGAATGAACAGTGTCCACAAGTCTCCTTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TCAGGCCATATCTGTATCAGTGGAGACAGAAAAATTAACAGGTACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TCAGGCCATATCTGTATCAGTGGAGACAGAAAAATTAACAGGTACTTCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CTGACACTGGAAGAGAAGCTGTAGAAAATGTAAACTTCAGGAGTCTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTGACACTGGAAGAGAAGCTGTAGAAAATGTAAACTTCAGGAGTCTAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GATGGCCTGTCAACCGATAAGGAAGGTGTCCCCAAATCTAGGGAATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GATGGCCTGTCAACCGATAAGGAAGGTGTCCCCAAATCTAGGGAATCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AAATAAGAACCGTTCTGTCACTGTAACCTCAGCTAAAACATCCAATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AAATAAGAACCGTTCTGTCACTGTAACCTCAGCTAAAACATCCAATCAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TACACTGCACCTTAGGTGTAGAAATTTCACCCAAACTTTTAGCAGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TACACTGCACCTTAGGTGTAGAAATTTCACCCAAACTTTTAGCAGGTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GAGGATGCACTCAATCAGACTTCTGAGCAAACTAAGTCTTTGTCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GAGGATGCACTCAATCAGACTTCTGAGCAAACTAAGTCTTTGTCATCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TTTCATATTGGTTAAAGACTTAGGTCAGGGCATACAGAATTCAGTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TTTCATATTGGTTAAAGACTTAGGTCAGGGCATACAGAATTCAGTAACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACAGGCCTGAAACCAGAGAAAATGTCTGTCCTGATGCTTCGAGGCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ACAGGCCTGAAACCAGAGAAAATGTCTGTCCTGATGCTTCGAGGCCATTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CTTGAATATGAACCACCTACCAGCCATCCATCATCAAGTCCTGCCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CTTGAATATGAACCACCTACCAGCCATCCATCATCAAGTCCTGCCATTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 TCCACCATTGATTTTTCCTGCCACAGATATTGACCGCATTCTCCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 TCCACCATTGATTTTTCCTGCCACAGATATTGACCGCATTCTCCGTGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 GCTTTACTTTGCAGGAAGCTCTTGGAGCTTTGCATCGAGTTGGTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 GCTTTACTTTGCAGGAAGCTCTTGGAGCTTTGCATCGAGTTGGTGGGAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GCAGACCTTGCACTTCTTGTTTTGCTCGCAAAAAACATCGTAGTTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 GCAGACCTTGCACTTCTTGTTTTGCTCGCAAAAAACATCGTAGTTCCTAC

   1850 
   1851 A
        |
 101851 A