seq1 = pF1KE0244.tfa, 402 bp
seq2 = pF1KE0244/gi568815591f_73021101.tfa (gi568815591f:73021101_73069347), 48247 bp

>pF1KE0244 402
>gi568815591f:73021101_73069347 (Chr7)

1-35  (18368-18402)   100% ->
36-219  (20138-20321)   100% ->
220-308  (23372-23460)   98% ->
309-402  (28050-28143)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGGTAGAAGAAGAAAACTTCGAAGGCTTAA         TGATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  18368 ATGTGGGGTAGAAGAAGAAAACTTCGAAGGCTTAAGTA...CAGTGATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACCATTTCTACCTGCCACGTATCGGCGAAGGTTGGGACTCGACTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20144 CACCATTTCTACCTGCCACGTATCGGCGAAGGTTGGGACTCGACTGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGATCACGATGGGAAAATCATCCAGAAAACCCCCTACCCCCACCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20194 TTGATCACGATGGGAAAATCATCCAGAAAACCCCCTACCCCCACCCCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20244 GGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG         AAACGTGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  20294 TAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAGGTA...CAGAAACGTGCCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCCCTTCGCCTTCTGCCGTGATTGTCAGTTCCTTGAGGGCTCCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  23385 TCCCCTTCGCCTTCTGCCGTGATTGTCAGTTTCTTGAGGGCTCCCCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGCTTCCTGTACAGCCTGCAAAACT         GACTCCTAGAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  23435 ATGCTTCCTGTACAGCCTGCAAAACTGTG...AAGGACTCCTAGAAGTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCACCCCACCCCTGCTCCTTGGAGGACAACGTGATCACTGTATTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  28065 CCCACCCCACCCCTGCTCCTTGGAGGACAACGTGATCACTGTATTCAGCT

    400     .    :    .    :    .
    374 CTGTCAAGAATGGTCCAGGTTCTTCTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||
  28115 CTGTCAAGAATGGTCCAGGTTCTTCTAGA