seq1 = pF1KE0244.tfa, 402 bp
seq2 = pF1KE0244/gi568815591f_72913092.tfa (gi568815591f:72913092_73041237), 128146 bp

>pF1KE0244 402
>gi568815591f:72913092_73041237 (Chr7)

1-35  (98430-98464)   100% ->
36-219  (100001-100186)   98% ->
220-308  (103238-103326)   98% ->
309-402  (107916-108009)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGGTAGAAGAAGAAAACTTCGAAGGCTTAA         TGATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  98430 ATGTGGGGTAGAAGAAGAAAACTTCGAAGGCTTAAGTA...CAGTGATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACCATTTCTACCTGCCACGTATCGGCGAAGGTTGGGACTCGACTGGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-
 100007 CACCATTTCTACCTGCCACGTATCGGCGAAGGTTGGGACTCGACTGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 TTT GATCACGATGGGAAAATCATCCAGAAAACCCCCTACCCCCACCCCA
        |||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 TTTTGATCACGATGGGAAAATCATCCAGAAAACCCCCTACCCCCACCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140 GAGGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100107 GAGGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190 CATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG         AAACGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100157 CATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAGGTA...CAGAAACGTGCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231 CTTCCCCTTCGCCTTCTGCCGTGATTGTCAGTTCCTTGAGGGCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 103249 CTTCCCCTTCGCCTTCTGCCGTGATTGTCAGTTTCTTGAGGGCTCCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281 CCATGCTTCCTGTACAGCCTGCAAAACT         GACTCCTAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103299 CCATGCTTCCTGTACAGCCTGCAAAACTGTG...AAGGACTCCTAGAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322 ACCCCACCCCACCCCTGCTCCTTGGAGGACAACGTGATCACTGTATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107929 ACCCCACCCCACCCCTGCTCCTTGGAGGACAACGTGATCACTGTATTCAG

    400     .    :    .    :    .    :
    372 CTCTGTCAAGAATGGTCCAGGTTCTTCTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 107979 CTCTGTCAAGAATGGTCCAGGTTCTTCTAGA