seq1 = pF1KE0243.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KE0243/gi568815587f_61103565.tfa (gi568815587f:61103565_61222400), 118836 bp

>pF1KE0243 1164
>gi568815587f:61103565_61222400 (Chr11)

1-56  (100001-100056)   98% ->
57-219  (100543-100705)   99% ->
220-337  (102946-103063)   100% ->
338-456  (103933-104051)   100% ->
457-656  (104727-104926)   100% ->
657-773  (106278-106394)   100% ->
774-918  (107526-107670)   100% ->
919-1017  (107773-107871)   100% ->
1018-1164  (108989-109135)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTGGCTGCTGCTGCTGGGTCTGGTGGCGCTCTCTGAGTGCATCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTGGCTGCTGCTGCTGGGTCTGGTGGCACTCTCTGAGTGCATCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACAA         GGTCCCCCTCATCAGAAAGAAGTCCTTGAGGCGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTACAAGTG...CAGGGTCCCCCTCATCAGAAAGAAGTCCTTGAGGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGTCCGAGCGTGGCCTGCTGAAGGACTTCCTGAAGAAGCACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100578 CCCTGTCCGAGCGTGGCCTGCTGAAGGACTTCCTGAAGAAGCACAACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCCAGCCAGAAAGTACTTCCCCCAGTGGGAGGCTCCCACCCTGGTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100628 AACCCAGCCAGAAAGTACTTCCCCCAGTGGAAGGCTCCCACCCTGGTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAACAGCCCCTGGAGAACTACCTGGAT         ATGGAGTACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100678 TGAACAGCCCCTGGAGAACTACCTGGATGTG...CAGATGGAGTACTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCACTATCGGCATCGGAACTCCTGCCCAGGATTTCACCGTCGTCTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102959 GCACTATCGGCATCGGAACTCCTGCCCAGGATTTCACCGTCGTCTTTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCGGCTCCTCCAACCTGTGGGTGCCCTCAGTCTACTGCTCCAGTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103009 ACCGGCTCCTCCAACCTGTGGGTGCCCTCAGTCTACTGCTCCAGTCTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCA         CCAACCACAACCGCTTCAACCCTGAGGATTCTTCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103059 CTGCAGTA...CAGCCAACCACAACCGCTTCAACCCTGAGGATTCTTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTACCAGTCCACCAGCGAGACAGTCTCCATCACCTACGGCACCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103969 CCTACCAGTCCACCAGCGAGACAGTCTCCATCACCTACGGCACCGGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGACAGGCATCCTCGGATACGACACTGTCCAG         GTTGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104019 ATGACAGGCATCCTCGGATACGACACTGTCCAGGTG...CAGGTTGGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCTCTGACACCAATCAGATCTTCGGCCTGAGCGAGACGGAACCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104735 CATCTCTGACACCAATCAGATCTTCGGCCTGAGCGAGACGGAACCTGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTTCCTGTATTATGCTCCCTTCGATGGCATCCTGGGGCTGGCCTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104785 CCTTCCTGTATTATGCTCCCTTCGATGGCATCCTGGGGCTGGCCTACCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCATTTCCTCCTCCGGGGCCACACCCGTCTTTGACAACATCTGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104835 AGCATTTCCTCCTCCGGGGCCACACCCGTCTTTGACAACATCTGGAACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCCTGGTTTCTCAGGACCTCTTCTCTGTCTACCTCAGCGC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104885 GGGCCTGGTTTCTCAGGACCTCTTCTCTGTCTACCTCAGCGCGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657  CGATGACCAGAGTGGCAGCGTGGTGATCTTTGGTGGCATTGACTCTTCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106277 GCGATGACCAGAGTGGCAGCGTGGTGATCTTTGGTGGCATTGACTCTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACTACACTGGAAGTCTGAACTGGGTGCCTGTTACCGTCGAGGGTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106327 TACTACACTGGAAGTCTGAACTGGGTGCCTGTTACCGTCGAGGGTTACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCAGATCACCGTGGACAG         CATCACCATGAACGGAGAGGCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106377 GCAGATCACCGTGGACAGGTG...CAGCATCACCATGAACGGAGAGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCGCCTGCGCTGAGGGCTGCCAGGCCATTGTTGACACCGGCACCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107549 TCGCCTGCGCTGAGGGCTGCCAGGCCATTGTTGACACCGGCACCTCTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGACCGGCCCAACCAGCCCCATTGCCAACATCCAGAGCGACATCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107599 CTGACCGGCCCAACCAGCCCCATTGCCAACATCCAGAGCGACATCGGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGCGAGAACTCAGATGGCGAC         ATGGTGGTCAGCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107649 CAGCGAGAACTCAGATGGCGACGTG...CAGATGGTGGTCAGCTGCTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCATCAGCAGCCTGCCCGACATCGTCTTCACCATCAATGGAGTCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107792 CCATCAGCAGCCTGCCCGACATCGTCTTCACCATCAATGGAGTCCAGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCGTGCCACCCAGTGCCTACATCCTGCAG         AGCGAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107842 CCCGTGCCACCCAGTGCCTACATCCTGCAGGTG...CAGAGCGAGGGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTGCATCAGTGGCTTCCAGGGCATGAACCTCCCCACCGAATCTGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109000 CTGCATCAGTGGCTTCCAGGGCATGAACCTCCCCACCGAATCTGGAGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTGGATCCTGGGTGATGTCTTCATCCGCCAGTACTTTACCGTCTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109050 TTTGGATCCTGGGTGATGTCTTCATCCGCCAGTACTTTACCGTCTTCGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1129 AGGGCAAACAACCAGGTCGGCCTGGCCCCCGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109100 AGGGCAAACAACCAGGTCGGCCTGGCCCCCGTGGCT