seq1 = pF1KE0241.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KE0241/gi568815581f_70075040.tfa (gi568815581f:70075040_70276320), 201281 bp

>pF1KE0241 1281
>gi568815581f:70075040_70276320 (Chr17)

1-1281  (100001-101281)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGTGTGCGAACCAACCGCTACAGCATCGTCTCTTCAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAGTGTGCGAACCAACCGCTACAGCATCGTCTCTTCAGAAGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGTATGAAGTTGGCCACCATGGCAGTTGCAAATGGCTTTGGGAACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTATGAAGTTGGCCACCATGGCAGTTGCAAATGGCTTTGGGAACGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGTAAAGTCCACACCCGACAACAGTGCAGGAGCCGCTTTGTGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGTAAAGTCCACACCCGACAACAGTGCAGGAGCCGCTTTGTGAAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGGCCACTGTAATGTTCAGTTCATCAATGTGGGTGAGAAGGGGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGGCCACTGTAATGTTCAGTTCATCAATGTGGGTGAGAAGGGGCAACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTACCTCGCAGACATCTTCACCACGTGTGTGGACATTCGCTGGCGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTACCTCGCAGACATCTTCACCACGTGTGTGGACATTCGCTGGCGGTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGGTTATCTTCTGCCTGGCTTTCGTCCTGTCATGGCTGTTTTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTGGTTATCTTCTGCCTGGCTTTCGTCCTGTCATGGCTGTTTTTTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTGTGTTTTGGTTGATAGCTCTGCTCCATGGGGACCTGGATGCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTGTGTTTTGGTTGATAGCTCTGCTCCATGGGGACCTGGATGCATCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGGGCAAAGCTTGTGTGTCCGAGGTCAACAGCTTCACGGCTGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAGGGCAAAGCTTGTGTGTCCGAGGTCAACAGCTTCACGGCTGCCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTTCTCCATTGAGACCCAGACAACCATAGGCTATGGTTTCAGATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTTCTCCATTGAGACCCAGACAACCATAGGCTATGGTTTCAGATGTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACGGATGAATGCCCAATTGCTGTTTTCATGGTGGTGTTCCAGTCAATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACGGATGAATGCCCAATTGCTGTTTTCATGGTGGTGTTCCAGTCAATCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGCTGCATCATCGATGCTTTCATCATTGGCGCAGTCATGGCCAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCTGCATCATCGATGCTTTCATCATTGGCGCAGTCATGGCCAAGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAAAGCCAAAGAAGAGAAACGAGACTCTTGTCTTCAGTCACAATGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAAAGCCAAAGAAGAGAAACGAGACTCTTGTCTTCAGTCACAATGCCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTGCCATGAGAGACGGCAAGCTGTGTTTGATGTGGCGAGTGGGCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTGCCATGAGAGACGGCAAGCTGTGTTTGATGTGGCGAGTGGGCAATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCGGAAAAGCCACTTGGTGGAAGCTCATGTTCGAGCACAGCTCCTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCGGAAAAGCCACTTGGTGGAAGCTCATGTTCGAGCACAGCTCCTCAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAGAATTACTTCTGAAGGGGAGTATATCCCTCTGGATCAAATAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAGAATTACTTCTGAAGGGGAGTATATCCCTCTGGATCAAATAGACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AATGTTGGGTTTGACAGTGGAATCGATCGTATATTTCTGGTGTCCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AATGTTGGGTTTGACAGTGGAATCGATCGTATATTTCTGGTGTCCCCAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACTATAGTCCATGAAATAGATGAAGACAGTCCTTTATATGATTTGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACTATAGTCCATGAAATAGATGAAGACAGTCCTTTATATGATTTGAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AACAGGACATTGACAACGCAGACTTTGAAATCGTGGTCATACTGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AACAGGACATTGACAACGCAGACTTTGAAATCGTGGTCATACTGGAAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATGGTGGAAGCCACTGCCATGACGACACAGTGCCGTAGCTCTTATCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATGGTGGAAGCCACTGCCATGACGACACAGTGCCGTAGCTCTTATCTAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AAATGAAATCCTGTGGGGCCACCGCTATGAGCCTGTGCTCTTTGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AAATGAAATCCTGTGGGGCCACCGCTATGAGCCTGTGCTCTTTGAAGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGCACTACTACAAAGTGGACTATTCCAGGTTCCACAAAACTTACGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGCACTACTACAAAGTGGACTATTCCAGGTTCCACAAAACTTACGAAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCCAACACTCCCCTTTGTAGTGCCAGAGACTTAGCAGAAAAGAAATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CCCAACACTCCCCTTTGTAGTGCCAGAGACTTAGCAGAAAAGAAATATAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCTCTCAAATGCAAATTCATTTTGCTATGAAAATGAAGTTGCCCTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCTCTCAAATGCAAATTCATTTTGCTATGAAAATGAAGTTGCCCTCACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCAAAGAGGAAGACGACAGTGAAAATGGAGTTCCAGAAAGCACTAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCAAAGAGGAAGACGACAGTGAAAATGGAGTTCCAGAAAGCACTAGTACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GACACGCCCCCTGACATAGACCTTCACAACCAGGCAAGTGTACCTCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GACACGCCCCCTGACATAGACCTTCACAACCAGGCAAGTGTACCTCTAGA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1251 GCCCAGGCCCTTACGGCGAGAGTCGGAGATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCCCAGGCCCTTACGGCGAGAGTCGGAGATA