seq1 = pF1KE0239.tfa, 825 bp
seq2 = pF1KE0239/gi568815595r_179142907.tfa (gi568815595r:179142907_179350990), 208084 bp

>pF1KE0239 825
>gi568815595r:179142907_179350990 (Chr3)

(complement)

1-248  (100001-100248)   100% ->
249-447  (106298-106496)   100% ->
448-825  (107707-108084)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCCCCTTCTTTATGAGCTCACTGCAGTATCTCCTTCTCCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCCCCTTCTTTATGAGCTCACTGCAGTATCTCCTTCTCCCTTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAAAGGACAGCCTTTCCTGCCTCAGGGAAGAAGAGAGAGACAGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAAAGGACAGCCTTTCCTGCCTCAGGGAAGAAGAGAGAGACAGACTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGATGGAGACCCACTAGATGTGCACAAGAGGCTGCCATCCAGTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGATGGAGACCCACTAGATGTGCACAAGAGGCTGCCATCCAGTGCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGACCGAGCCGTGATGCTGGGGTTTGCCATGATGGGCTTCTCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGACCGAGCCGTGATGCTGGGGTTTGCCATGATGGGCTTCTCAGTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATGTTCTTCTTGCTCGGAACAACCATTCTAAAGCCTTTTATGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100201 AATGTTCTTCTTGCTCGGAACAACCATTCTAAAGCCTTTTATGCTCAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249        CATTCAGAGAGAAGAATCGACCTGCACTGCCATCCACACAGAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 A...AAGCATTCAGAGAGAAGAATCGACCTGCACTGCCATCCACACAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCATGGACGACTGGCTGGACTGTGCCTTCACCTGTGGTGTGCACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106341 ATCATGGACGACTGGCTGGACTGTGCCTTCACCTGTGGTGTGCACTGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGGTCAGGGGAAGTACCCGTGTCTTCAGGTGTTTGTGAACCTCAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106391 CGGTCAGGGGAAGTACCCGTGTCTTCAGGTGTTTGTGAACCTCAGCCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGGTCAGAAAGCTCTCCTACATTATAATGAAGAGGCTGTCCAGATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106441 CAGGTCAGAAAGCTCTCCTACATTATAATGAAGAGGCTGTCCAGATAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCAAG         TGCTTTTACACACCTAAGTGCCACCAAGATAGAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106491 CCCAAGGTA...TAGTGCTTTTACACACCTAAGTGCCACCAAGATAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGATTTGCTCAACAGTGCTCTGGACATAAAAGAATTCTTCGATCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107742 TGATTTGCTCAACAGTGCTCTGGACATAAAAGAATTCTTCGATCACAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGGAACCCCCTTTTCATGCTTCTACAGTCCAGCCAGCCAATCTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107792 ATGGAACCCCCTTTTCATGCTTCTACAGTCCAGCCAGCCAATCTGAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTCATTCTTATAAAAAAGTATGACCAAATGGCTATCTTCCACTGTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107842 GTCATTCTTATAAAAAAGTATGACCAAATGGCTATCTTCCACTGTTTATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTGGCCTTCACTGACTCTGCTAGGTGGTGCCCTGATTGTTGGCATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107892 TTGGCCTTCACTGACTCTGCTAGGTGGTGCCCTGATTGTTGGCATGGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GATTAACACAACACCTGTCCTTACTGTGTGAAAAATATAGCACTGTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107942 GATTAACACAACACCTGTCCTTACTGTGTGAAAAATATAGCACTGTAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGAGATGAGGTAGGTGGAAAAGTACCTTATATAGAACAGCATCAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107992 AGAGATGAGGTAGGTGGAAAAGTACCTTATATAGAACAGCATCAGTTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACTGTGCATTATGAGGAGGAGCAAAGGAAGAGCAGAGAAATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108042 ACTGTGCATTATGAGGAGGAGCAAAGGAAGAGCAGAGAAATCT