seq1 = pF1KE0236.tfa, 828 bp
seq2 = pF1KE0236/gi568815589r_135524100.tfa (gi568815589r:135524100_135739187), 215088 bp

>pF1KE0236 828
>gi568815589r:135524100_135739187 (Chr9)

(complement)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-119  (107710-107757)   100% ->
120-257  (112982-113119)   100% ->
258-828  (114518-115088)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTCTAAAAGAATGCTGTTATTGGTTTTATTTGCTTTTTCACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTCTAAAAGAATGCTGTTATTGGTTTTATTTGCTTTTTCACTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGGTTGAGCGTTATTTCAG         GAATCACCAAGTAGAAGAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 GTTGGTTGAGCGTTATTTCAGGTA...CAGGAATCACCAAGTAGAAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCGGCTCTCAGACTGGTTTCATCCTAG         AAAACGCCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107730 TTCGGCTCTCAGACTGGTTTCATCCTAGGTA...CAGAAAACGCCCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTTATAACGAAAACAGACTGGCTCGCTCCTGTCCTATGGGAAGGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112995 GTTATAACGAAAACAGACTGGCTCGCTCCTGTCCTATGGGAAGGGACTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGACAGGCGGGTCCTGGAAAAACATTACAGAAGGCGGAATATCACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113045 CGACAGGCGGGTCCTGGAAAAACATTACAGAAGGCGGAATATCACTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCTGGCCGTCTTTGCTACTGGCAG         GTTTGCAGAGGAGTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113095 GCCTGGCCGTCTTTGCTACTGGCAGGTA...TAGGTTTGCAGAGGAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGAGGCCGTTCCTACACTCCGCAAATAAGCACTTCATGACAGGCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114534 CTGAGGCCGTTCCTACACTCCGCAAATAAGCACTTCATGACAGGCTACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGATCTTCTACATCATGGTGGACGCCTTCTTCAAGCTGCCTGACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114584 AGTGATCTTCTACATCATGGTGGACGCCTTCTTCAAGCTGCCTGACATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCCAGTCCTCTTCGAACGTTCAAAGCATTTAAAGTGGGCACCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114634 AGCCCAGTCCTCTTCGAACGTTCAAAGCATTTAAAGTGGGCACCGAGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGGTGGCTCGATGGCCCCCTGGTGCATGTGAAGAGCCTGGGTGAACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114684 TGGTGGCTCGATGGCCCCCTGGTGCATGTGAAGAGCCTGGGTGAACACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGCCAGTCACATCCAGGACGAGGTGGACTTCCTCTTCAGCATGGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114734 CGCCAGTCACATCCAGGACGAGGTGGACTTCCTCTTCAGCATGGCTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCAGGTCTTCCAGAATGAGTTCGGGGTGGAGACCCTGGGCCCGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114784 ACCAGGTCTTCCAGAATGAGTTCGGGGTGGAGACCCTGGGCCCGTTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCCAGCTCCACGCCTGGTGGTATTTCAGAAACACCAAGAACTTCCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114834 GCCCAGCTCCACGCCTGGTGGTATTTCAGAAACACCAAGAACTTCCCTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAGAGGAGGCCGACCTCAGCAGCTTGCATCCCGTTTGGACAGGGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114884 TGAGAGGAGGCCGACCTCAGCAGCTTGCATCCCGTTTGGACAGGGAGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCTATTATGGCAACTTGATGGTTGGTGGCACACCCCATAATATTTTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114934 TCTATTATGGCAACTTGATGGTTGGTGGCACACCCCATAATATTTTAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCATCAAAGAATATCTGAACGGAGTTATTCATGACATCAAAAATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114984 TTCATCAAAGAATATCTGAACGGAGTTATTCATGACATCAAAAATGGACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAATAGCACTTATGAAAAGCACCTTAACAAATATTTTTACCTCAATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115034 CAATAGCACTTATGAAAAGCACCTTAACAAATATTTTTACCTCAATAAAC

    850     .
    824 CCACC
        |||||
 115084 CCACC