seq1 = pF1KE0233.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KE0233/gi568815586f_55643317.tfa (gi568815586f:55643317_55849879), 206563 bp

>pF1KE0233 1221
>gi568815586f:55643317_55849879 (Chr12)

1-445  (100001-100445)   100% ->
446-843  (105270-105667)   100% ->
844-1221  (106186-106563)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTCGCGGCCCCGCTGCTGCTGGGCTTCCTGCTCCTCGCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCTCGCGGCCCCGCTGCTGCTGGGCTTCCTGCTCCTCGCCCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCGGCCCCGGGGGGAGGCGGCCGAGGGCCCCGCGGCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCGGCCCCGGGGGGAGGCGGCCGAGGGCCCCGCGGCGGCGGCGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCGGGGGTCGGGGGGGAGCGCTCCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCGGGGGTCGGGGGGGAGCGCTCCAGCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGCCCCGTCCGTGGCGCCCGAGCCGGACGGCTGCCCCGTGTGCGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGCCCCGTCCGTGGCGCCCGAGCCGGACGGCTGCCCCGTGTGCGTTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGCAGCACAGCCGCGAGCTGCGCCTAGAGAGCATCAAGTCGCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGGCAGCACAGCCGCGAGCTGCGCCTAGAGAGCATCAAGTCGCAGATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAGCAAACTGCGGCTCAAGGAGGCGCCCAACATCAGCCGCGAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAGCAAACTGCGGCTCAAGGAGGCGCCCAACATCAGCCGCGAGGTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGCAGCTGCTGCCCAAGGCGCCGCCGCTGCAGCAGATCCTGGACCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGCAGCTGCTGCCCAAGGCGCCGCCGCTGCAGCAGATCCTGGACCTACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGACTTCCAGGGCGACGCGCTGCAGCCCGAGGACTTCCTGGAGGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGACTTCCAGGGCGACGCGCTGCAGCCCGAGGACTTCCTGGAGGAGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGTACCACGCCACCACCGAGACCGTCATTAGCATGGCCCAGGAGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100401 AGTACCACGCCACCACCGAGACCGTCATTAGCATGGCCCAGGAGAGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446     CGGACCCAGCAGTACAGACAGATGGCAGCCCTCTCTGCTGCCATTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 .CAGCGGACCCAGCAGTACAGACAGATGGCAGCCCTCTCTGCTGCCATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCACTTCAGCCCCAAGGTGATGTTCACAAAGGTACTGAAGGCCCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105316 TCACTTCAGCCCCAAGGTGATGTTCACAAAGGTACTGAAGGCCCAGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGTGTACCTACGGCCTGTACCCCGCCCAGCCACAGTCTACCTGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105366 GGGTGTACCTACGGCCTGTACCCCGCCCAGCCACAGTCTACCTGCAGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGCGACTAAAACCCCTAACTGGGGAAGGGACCGCAGGGGGAGGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105416 TTGCGACTAAAACCCCTAACTGGGGAAGGGACCGCAGGGGGAGGGGGCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGGCCGGCGTCACATCCGTATCCGCTCACTGAAGATTGAGCTGCACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105466 AGGCCGGCGTCACATCCGTATCCGCTCACTGAAGATTGAGCTGCACTCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTCAGGCCATTGGCAGAGCATCGACTTCAAGCAAGTGCTACACAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105516 GCTCAGGCCATTGGCAGAGCATCGACTTCAAGCAAGTGCTACACAGCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTCCGCCAGCCACAGAGCAACTGGGGCATCGAGATCAACGCCTTTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105566 TTCCGCCAGCCACAGAGCAACTGGGGCATCGAGATCAACGCCTTTGATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAGTGGCACAGACCTGGCTGTCACCTCCCTGGGGCCGGGAGCCGAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105616 CAGTGGCACAGACCTGGCTGTCACCTCCCTGGGGCCGGGAGCCGAGGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TG         CATCCATTCATGGAGCTTCGAGTCCTAGAGAACACAAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105666 TGGTG...CAGCATCCATTCATGGAGCTTCGAGTCCTAGAGAACACAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CGTTCCCGGCGGAACCTGGGTCTGGACTGCGACGAGCACTCAAGCGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106225 CGTTCCCGGCGGAACCTGGGTCTGGACTGCGACGAGCACTCAAGCGAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCGCTGCTGCCGATATCCCCTCACAGTGGACTTTGAGGCTTTCGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106275 CCGCTGCTGCCGATATCCCCTCACAGTGGACTTTGAGGCTTTCGGCTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACTGGATCATCGCACCTAAGCGCTACAAGGCCAACTACTGCTCCGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106325 ACTGGATCATCGCACCTAAGCGCTACAAGGCCAACTACTGCTCCGGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGCGAGTACATGTTCATGCAAAAATATCCGCATACCCATTTGGTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106375 TGCGAGTACATGTTCATGCAAAAATATCCGCATACCCATTTGGTGCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGCCAATCCAAGAGGCTCTGCTGGGCCCTGTTGTACCCCCACCAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106425 GGCCAATCCAAGAGGCTCTGCTGGGCCCTGTTGTACCCCCACCAAGATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CCCCAATCAACATGCTCTACTTCAATGACAAGCAGCAGATTATCTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106475 CCCCAATCAACATGCTCTACTTCAATGACAAGCAGCAGATTATCTACGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1183 AAGATCCCTGGCATGGTGGTGGATCGCTGTGGCTGCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106525 AAGATCCCTGGCATGGTGGTGGATCGCTGTGGCTGCTCT