seq1 = pF1KE0229.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KE0229/gi568815596f_108147195.tfa (gi568815596f:108147195_108365348), 218154 bp

>pF1KE0229 912
>gi568815596f:108147195_108365348 (Chr2)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-301  (105171-105299)   100% ->
302-399  (106151-106248)   100% ->
400-526  (108378-108504)   100% ->
527-621  (111540-111634)   100% ->
622-802  (117631-117811)   100% ->
803-912  (118045-118154)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAGATTGAGAAAAACGCTCCCACGATGGAAAAAAAGCCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAAGATTGAGAAAAACGCTCCCACGATGGAAAAAAAGCCAGAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTAACATCATGGAAGTAGATGGAGTCCCTACGTTGATATTATCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTAACATCATGGAAGTAGATGGAGTCCCTACGTTGATATTATCAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATGGTGGGAAAAAGTATGTAATTTCCAAGCCAAGCCTGATGATCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATGGTGGGAAAAAGTATGTAATTTCCAAGCCAAGCCTGATGATCTTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCAACTTACCCAAAGTCAG         GTACAACATGGATGCATGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 CTGGCAACTTACCCAAAGTCAGGTA...CAGGTACAACATGGATGCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATTTTAGACATGATTCTAAATGATGGTGATGTGGAGAAATGCAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105190 AATTTTAGACATGATTCTAAATGATGGTGATGTGGAGAAATGCAAAAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGACTCTAGATAGACACGCTTTCCTTGAACTGAAATTTCCCCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105240 CCCAGACTCTAGATAGACACGCTTTCCTTGAACTGAAATTTCCCCATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAAACCAG         ATTTGGAGTTCGTTCTTGAAATGTCCTCACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105290 GAAAAACCAGGTG...TAGATTTGGAGTTCGTTCTTGAAATGTCCTCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAACTGATAAAAACACATCTCCCTTCACATCTGATTCCACCATCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106182 ACAACTGATAAAAACACATCTCCCTTCACATCTGATTCCACCATCTATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAAAGAAAACTGCAAG         ATTGTCTATGTGGCCAGAAATCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106232 GGAAAGAAAACTGCAAGGTA...CAGATTGTCTATGTGGCCAGAAATCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGATTGCCTGGTGTCCTACTACCACTTTCACAGGATGGCTTCCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108402 AAGGATTGCCTGGTGTCCTACTACCACTTTCACAGGATGGCTTCCTTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCTGATCCTCAGAACTTAGAGGAATTTTATGAGAAATTCATGTCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108452 GCCTGATCCTCAGAACTTAGAGGAATTTTATGAGAAATTCATGTCCGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAG         TTGTTGGCGGGTCCTGGTTTGACCATGTGAAAGGATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108502 AAGGTG...CAGTTGTTGGCGGGTCCTGGTTTGACCATGTGAAAGGATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGGCTGCAAAAGACATGCACCGGATCCTCTACCTCTTCTACGAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111578 TGGGCTGCAAAAGACATGCACCGGATCCTCTACCTCTTCTACGAGGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAAAAA         GACCCAAAGCGGGAAATTGAGAAGATACTGAAGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111628 TAAAAAAGTA...CAGGACCCAAAGCGGGAAATTGAGAAGATACTGAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCTGGAAAAAGACATATCAGAGGAAATTCTGAATAAAATCATCTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117665 TCCTGGAAAAAGACATATCAGAGGAAATTCTGAATAAAATCATCTATCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCTCCTTTGATGTAATGAAGCAAAACCCAATGACCAACTATACCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117715 ACCTCCTTTGATGTAATGAAGCAAAACCCAATGACCAACTATACCACTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCCACCAGCATTATGGACCACTCCATCTCCCCTTTTATGAGGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 117765 GCCCACCAGCATTATGGACCACTCCATCTCCCCTTTTATGAGGAAAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803       GGATGCCTGGAGACTGGAAGAACTATTTTACTGTGGCCCAAAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117815 ...CAGGGATGCCTGGAGACTGGAAGAACTATTTTACTGTGGCCCAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAGAATTTGACAAGGACTACCAGAAGAAGATGGCAGGAAGCACCCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118089 GAAGAATTTGACAAGGACTACCAGAAGAAGATGGCAGGAAGCACCCTAAC

    950     .    :    .
    897 CTTCCGCACAGAGATC
        ||||||||||||||||
 118139 CTTCCGCACAGAGATC