seq1 = pF1KE0215.tfa, 333 bp
seq2 = pF1KE0215/gi568815593r_135474571.tfa (gi568815593r:135474571_135678814), 204244 bp

>pF1KE0215 333
>gi568815593r:135474571_135678814 (Chr5)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-206  (100276-100381)   100% ->
207-328  (104130-104248)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTGCTCCCACGCCGCGCCCCTCCGGTCAGCATGAGGCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCTGCTCCCACGCCGCGCCCCTCCGGTCAGCATGAGGCTCCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCGCTGTACACCGCGCGTGTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCGCTGTACACCGCGCGTGTGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GGTCCAAATGCAAGTGCTCCCGGAAGGGACCCAAGATCCGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...CAGGGTCCAAATGCAAGTGCTCCCGGAAGGGACCCAAGATCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAGCGACGTGAAGAAGCTGGAAATGAAGCCAAAGTACCCGCACTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100317 TACAGCGACGTGAAGAAGCTGGAAATGAAGCCAAAGTACCCGCACTGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGAAGATGGTTAT         CATCACCACCAAGAGCGTGTCCAGGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100367 GGAGAAGATGGTTATGTG...CAGCATCACCACCAAGAGCGTGTCCAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCGAGGTCAGGAGCACTGCCTGCACCCCAAGCTGCAGAGCACCAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 ACCGAGGTCAGGAGCACTGCCTGCACCCCAAGCTGCAGAGCACCAAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    283 TTCATCAAGTGGTACAACGCCTGGAACGAGAAGCGCAGGGTCTACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|--|||
 104206 TTCATCAAGTGGTACAACGCCTGGAACGAGAAGCGCAGG T  ACG