seq1 = pF1KE0213.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE0213/gi568815594r_121568471.tfa (gi568815594r:121568471_121786374), 217904 bp

>pF1KE0213 960
>gi568815594r:121568471_121786374 (Chr4)

(complement)

8-94  (100001-100087)   100% ->
95-189  (101604-101698)   100% ->
190-303  (102898-103011)   100% ->
304-394  (104614-104704)   100% ->
395-474  (107881-107960)   100% ->
475-531  (108425-108481)   100% ->
532-625  (113749-113842)   100% ->
626-721  (114733-114828)   100% ->
722-780  (116363-116421)   100% ->
781-903  (116651-116773)   100% ->
904-960  (117848-117904)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 AGGTTCTCAGAGGCACTGTGACTGACTTCCCTGGATTTGATGAGCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGTTCTCAGAGGCACTGTGACTGACTTCCCTGGATTTGATGAGCGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 GATGCAGAAACTCTTCGGAAGGCTATGAAAGGCTTGG         GCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GATGCAGAAACTCTTCGGAAGGCTATGAAAGGCTTGGGTA...CAGGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99 AGATGAGGAGAGCATCCTGACTCTGTTGACATCCCGAAGTAATGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 AGATGAGGAGAGCATCCTGACTCTGTTGACATCCCGAAGTAATGCTCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 GCCAGGAAATCTCTGCAGCTTTTAAGACTCTGTTTGGCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101658 GCCAGGAAATCTCTGCAGCTTTTAAGACTCTGTTTGGCAGGGTA...TAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190 GATCTTCTGGATGACCTGAAATCAGAACTAACTGGAAAATTTGAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102898 GATCTTCTGGATGACCTGAAATCAGAACTAACTGGAAAATTTGAAAAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240 AATTGTGGCTCTGATGAAACCCTCTCGGCTTTATGATGCTTATGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102948 AATTGTGGCTCTGATGAAACCCTCTCGGCTTTATGATGCTTATGAACTGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 AACATGCCTTGAAG         GGAGCTGGAACAAATGAAAAAGTACTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102998 AACATGCCTTGAAGGTA...CAGGGAGCTGGAACAAATGAAAAAGTACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331 ACAGAAATTATTGCTTCAAGGACACCTGAAGAACTGAGAGCCATCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104641 ACAGAAATTATTGCTTCAAGGACACCTGAAGAACTGAGAGCCATCAAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381 AGTTTATGAAGAAG         AATATGGCTCAAGCCTGGAAGATGACG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104691 AGTTTATGAAGAAGGTA...CAGAATATGGCTCAAGCCTGGAAGATGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422 TGGTGGGGGACACTTCAGGGTACTACCAGCGGATGTTGGTGGTTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107908 TGGTGGGGGACACTTCAGGGTACTACCAGCGGATGTTGGTGGTTCTCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472 CAG         GCTAACAGAGACCCTGATGCTGGAATTGATGAAGCTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107958 CAGGTA...TAGGCTAACAGAGACCCTGATGCTGGAATTGATGAAGCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 AGTTGAACAAGATGCTCAG         GCTTTATTTCAGGCTGGAGAAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108463 AGTTGAACAAGATGCTCAGGTG...CAGGCTTTATTTCAGGCTGGAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    554 TTAAATGGGGGACAGATGAAGAAAAGTTTATCACCATCTTTGGAACACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113771 TTAAATGGGGGACAGATGAAGAAAAGTTTATCACCATCTTTGGAACACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604 AGTGTGTCTCATTTGAGAAAGG         TGTTTGACAAGTACATGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113821 AGTGTGTCTCATTTGAGAAAGGGTG...TAGTGTTTGACAAGTACATGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645 TATATCAGGATTTCAAATTGAGGAAACCATTGACCGCGAGACTTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114752 TATATCAGGATTTCAAATTGAGGAAACCATTGACCGCGAGACTTCTGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695 ATTTAGAGCAACTACTCCTTGCTGTTG         TGAAATCTATTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114802 ATTTAGAGCAACTACTCCTTGCTGTTGGTA...TAGTGAAATCTATTCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736 AGTATACCTGCCTACCTTGCAGAGACCCTCTATTATGCTATGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116377 AGTATACCTGCCTACCTTGCAGAGACCCTCTATTATGCTATGAAGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781     GGAGCTGGGACAGATGATCATACCCTCATCAGAGTCATGGTTTCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116427 .AAGGGAGCTGGGACAGATGATCATACCCTCATCAGAGTCATGGTTTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    827 GGAGTGAGATTGATCTGTTTAACATCAGGAAGGAGTTTAGGAAGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116697 GGAGTGAGATTGATCTGTTTAACATCAGGAAGGAGTTTAGGAAGAATTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877 GCCACCTCTCTTTATTCCATGATTAAG         GGAGATACATCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116747 GCCACCTCTCTTTATTCCATGATTAAGGTA...CAGGGAGATACATCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    918 GGACTATAAGAAAGCTCTTCTGCTGCTCTGTGGAGAAGATGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117862 GGACTATAAGAAAGCTCTTCTGCTGCTCTGTGGAGAAGATGAC