seq1 = pF1KE0208.tfa, 1113 bp
seq2 = pF1KE0208/gi568815595r_120231203.tfa (gi568815595r:120231203_120449243), 218041 bp

>pF1KE0208 1113
>gi568815595r:120231203_120449243 (Chr3)

(complement)

1-500  (100001-100500)   100% ->
501-629  (113291-113419)   100% ->
630-907  (114105-114382)   100% ->
908-1113  (117836-118041)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGCCGGAGCAGCGGTGGTCACGGCCGGGGAGGCCGAACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGGCCGGAGCAGCGGTGGTCACGGCCGGGGAGGCCGAACTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGTCCCGCCTCAGCGTGTCCACCGAGACGCTGGAGTCTGAGCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGTCCCGCCTCAGCGTGTCCACCGAGACGCTGGAGTCTGAGCTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCGGGGGGAGGAGCGGCGCGGGGCGCGGGAGGCGCTGCTGCGGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCGGGGGGAGGAGCGGCGCGGGGCGCGGGAGGCGCTGCTGCGGCTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCCTCACAACCGTCTGGTGTCGCTGCCACGGGCGCTGGGCAGCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCCTCACAACCGTCTGGTGTCGCTGCCACGGGCGCTGGGCAGCGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGCACCTCCAGCTGCTGGACGTGAGCGGCAACGCGTTGACCGCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGCACCTCCAGCTGCTGGACGTGAGCGGCAACGCGTTGACCGCGCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCGGAGCTGCTCGCTCTGCGCGGCCTGCGCACGCTGCTGGCCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCGGAGCTGCTCGCTCTGCGCGGCCTGCGCACGCTGCTGGCCAAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACCGGCTCGGCGGGCCCAGTGCGCTGCCCAAGGGCCTGGCCCAGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACCGGCTCGGCGGGCCCAGTGCGCTGCCCAAGGGCCTGGCCCAGTCGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTCTGCCGCAGCCTCCAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACTGTTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTCTGCCGCAGCCTCCAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACTGTTTCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGTGCCTGCCTCGCTCTTAGAGCTGCGCGCGCTGCAGACCCTGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGTGCCTGCCTCGCTCTTAGAGCTGCGCGCGCTGCAGACCCTGAGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCGGCAACCAACTGCAGAGCATCCCGGCTGAGATCGAGAACTTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCGGCAACCAACTGCAGAGCATCCCGGCTGAGATCGAGAACTTGCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501          TTTAGAGTGTTTATATCTTGGAGGAAATTTCATTAAAGAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTG...CAGTTTAGAGTGTTTATATCTTGGAGGAAATTTCATTAAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCCACCAGAATTAGGAAATCTGCCTTCTCTGAATTATTTGGTATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113332 TCCCACCAGAATTAGGAAATCTGCCTTCTCTGAATTATTTGGTATTATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GACAACAAAATCCAAAGCATACCTCCTCAACTTTCACA         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113382 GACAACAAAATCCAAAGCATACCTCCTCAACTTTCACAGTG...TAGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACATTCACTTCGTTCCCTAAGTCTTCACAATAACTTGCTGACATATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114108 ACATTCACTTCGTTCCCTAAGTCTTCACAATAACTTGCTGACATATCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTCGAGAGATCCTCAACCTTATTCATTTGGAAGAGTTGAGTTTACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114158 CTCGAGAGATCCTCAACCTTATTCATTTGGAAGAGTTGAGTTTACGAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AATCCATTGGTTGTTCGTTTTGTTAGAGATTTAACCTATGATCCTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114208 AATCCATTGGTTGTTCGTTTTGTTAGAGATTTAACCTATGATCCTCCAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TCTCCTGGAATTAGCTGCACGGACCATTAAGATTCGAAATATTTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114258 TCTCCTGGAATTAGCTGCACGGACCATTAAGATTCGAAATATTTCCTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTCCCTATGATCTTCCTGGAAATCTTCTTAGATACTTGGGTTCAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114308 CTCCCTATGATCTTCCTGGAAATCTTCTTAGATACTTGGGTTCAGCCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AATTGCCCAAACCCAAAGTGTGGAG         GAGTCTACTTTGACTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114358 AATTGCCCAAACCCAAAGTGTGGAGGTA...TAGGAGTCTACTTTGACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTGTGTCAGACAAATTAAATTTGTGGACTTCTGTGGGAAGTATCGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117852 CTGTGTCAGACAAATTAAATTTGTGGACTTCTGTGGGAAGTATCGCCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CACTGATGCACTACTTGTGTTCACCAGAATGTTCTTCCCCTTGCAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117902 CACTGATGCACTACTTGTGTTCACCAGAATGTTCTTCCCCTTGCAGTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCCTCTCACAGCTCCACTTCCCAGAGTGAATCTGACTCAGAAGATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117952 GCCTCTCACAGCTCCACTTCCCAGAGTGAATCTGACTCAGAAGATGAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TAGTGTTGCTGCACGCAGAATGCAGAAAGTTCTTCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118002 TAGTGTTGCTGCACGCAGAATGCAGAAAGTTCTTCTTGGT