seq1 = pF1KE0196.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KE0196/gi568815594r_68127914.tfa (gi568815594r:68127914_68341806), 213893 bp

>pF1KE0196 1248
>gi568815594r:68127914_68341806 (Chr4)

(complement)

1-124  (99994-100118)   96% ->
125-240  (105541-105656)   100% ->
241-308  (105738-105805)   100% ->
309-469  (107184-107344)   100% ->
470-508  (109391-109429)   100% ->
509-686  (110427-110604)   100% ->
687-946  (112291-112550)   99% ->
947-1089  (112923-113065)   98% ->
1090-1248  (113735-113893)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGT ACAGGCACGGCATATCTTCCCAAAGATCTTGGCCACTATGGACTA
         | |-| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 CTTTCATAGGCACGGCATATCTTCCCAAAGATCTTGGCCACTATGGACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 CGATCTTTATTTTTCTTGGAGTGGCGGCAATCTTGGGAGTAACCATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 CGATCTTTATTTTTCTTGGAGTGGCGGCAATCTTGGGAGTAACCATTGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 CTTCTTGTTCATTTTCTGGCAGTTG         AGAAGACTTACTATTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100094 CTTCTTGTTCATTTTCTGGCAGTTGGTG...CAGAGAAGACTTACTATTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 TCAAGGTGATTTTCATATTTCTGGAGTCACATACAATGATAATTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105557 TCAAGGTGATTTTCATATTTCTGGAGTCACATACAATGATAATTGTGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 ACGCAGCTTCACAAGCCAGCACAAATCTAAGCAAAGATATTGAGACTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105607 ACGCAGCTTCACAAGCCAGCACAAATCTAAGCAAAGATATTGAGACTAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241          ATGTTAAATGCATTTCAAAATTCCAGTATATATAAGGAATA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105657 GTA...CAGATGTTAAATGCATTTCAAAATTCCAGTATATATAAGGAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 TGTCAAATCTGAGGTCATCAAACTTCT         GCCTAATGCCAATG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105779 TGTCAAATCTGAGGTCATCAAACTTCTGTA...TAGGCCTAATGCCAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 GTTCAAATGTGCAGTTACAGCTGAAATTCAAGTTTCCTCCAGCAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107198 GTTCAAATGTGCAGTTACAGCTGAAATTCAAGTTTCCTCCAGCAGAAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 GTTAGCATGAGGACTAAAATCAAGGCTAAATTACATCAGATGTTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107248 GTTAGCATGAGGACTAAAATCAAGGCTAAATTACATCAGATGTTGAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 CAACATGGCATCCTGGAATGCAGTTCCTGCTTCCATTAAACTCATGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107298 CAACATGGCATCCTGGAATGCAGTTCCTGCTTCCATTAAACTCATGGGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470       AAATCAGCAAGGCTGCTTCTGAAATGCTTACCAACAACT     
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107348 ...CAGAAATCAGCAAGGCTGCTTCTGAAATGCTTACCAACAACTGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509     GTTGTGGGAGACAAGTAGCCAACAGTATCATAACTGGCAACAAAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109435 .TAGGTTGTGGGAGACAAGTAGCCAACAGTATCATAACTGGCAACAAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 TGTGAATGGAAAAAGCTCCCTGGAGGGGGCATGGCCATGGCAGGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110473 TGTGAATGGAAAAAGCTCCCTGGAGGGGGCATGGCCATGGCAGGCCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 TGCAATGGAAAGGCCGTCACTACTGTGGAGCCTCTCTGATCAGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110523 TGCAATGGAAAGGCCGTCACTACTGTGGAGCCTCTCTGATCAGCAGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 TGGCTATTATCTGCAGCTCACTGCTTTGCTAA         GAAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110573 TGGCTATTATCTGCAGCTCACTGCTTTGCTAAGTA...TAGGAAAAATAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 TTCAAAAGATTGGACTGTCAACTTTGGAGTTGTAGTAAATAAACCATATA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 112300 TTCAAAAGATTGGACTGTCAACTTTGGAATTGTAGTAAATAAACCATATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746 TGACACGGAAAGTCCAAAACATTATTTTTCATGAAAATTATAGCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112350 TGACACGGAAAGTCCAAAACATTATTTTTCATGAAAATTATAGCAGTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 GGGCTTCATGATGATATTGCCCTTGTGCAGCTTGCTGAAGAAGTTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112400 GGGCTTCATGATGATATTGCCCTTGTGCAGCTTGCTGAAGAAGTTTCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 TACAGAGTACATTCGTAAGATTTGTCTTCCTGAAGCCAAAATGAAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112450 TACAGAGTACATTCGTAAGATTTGTCTTCCTGAAGCCAAAATGAAGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 CAGAAAATGACAATGTTGTAGTTACAGGTTGGGGAACACTTTATATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112500 CAGAAAATGACAATGTTGTAGTTACAGGTTGGGGAACACTTTATATGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 G         GTTCATTTCCAGTGATACTTCAAGAAGCCTTTTTGAAGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 112550 GGTA...TAGGTTCATTTCCAGTGATACTTCAAGAAGACTTTTTGAAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 TATTGACAACAAAATTTGCAATGCCTCATATGCATACTCTGGCTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112963 TATTGACAACAAAATTTGCAATGCCTCATATGCATACTCTGGCTTTGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 CTGATTCAATGTTATGTGCTGGATTTATGTCAGGAGAAGCTGATGCATGT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113013 CTGATACAATGTTATGTGCTGGATTTATGTCAGGAGAAGCTGATGCATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 CAG         AATGATTCTGGTGGACCACTAGCTTACCCTGATTCCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113063 CAGGTA...TAGAATGATTCTGGTGGACCACTAGCTTACCCTGATTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 AAATATCTGGCATCTTGTTGGAATAGTAAGCTGGGGTGATGGATGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113773 AAATATCTGGCATCTTGTTGGAATAGTAAGCTGGGGTGATGGATGTGGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 AAAAGAATAAGCCAGGTGTCTATACTCGAGTGACTTCTTATCGCAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113823 AAAAGAATAAGCCAGGTGTCTATACTCGAGTGACTTCTTATCGCAATTGG

   1300     .    :    .    :
   1228 ATTACATCCAAGACTGGACTC
        |||||||||||||||||||||
 113873 ATTACATCCAAGACTGGACTC