seq1 = pF1KE0188.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE0188/gi568815586f_87935649.tfa (gi568815586f:87935649_88148419), 212771 bp

>pF1KE0188 975
>gi568815586f:87935649_88148419 (Chr12)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-208  (104500-104617)   100% ->
209-304  (107177-107272)   100% ->
305-421  (107951-108067)   100% ->
422-619  (109934-110131)   100% ->
620-789  (111159-111328)   100% ->
790-975  (112586-112771)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCGCTTGGGCTCCGTGCAGCGGAAAATGCCGTGTGTGTTTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCGCTTGGGCTCCGTGCAGCGGAAAATGCCGTGTGTGTTTGTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGTGAAAGAGGAGCCTTCCTCCAAAAGGGAGCATCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 GGAGGTGAAAGAGGAGCCTTCCTCCAAAAGGGAGCATCAGGTA...AAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTTAAAGTTTTGGCAACTGAAACTGTAAGTCACAAGGCATTAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104501 CATTTAAAGTTTTGGCAACTGAAACTGTAAGTCACAAGGCATTAGATGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATATATACAGTGCAATTCCAACAGAAAAAGTGGATGGAACATGTTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104551 GATATATACAGTGCAATTCCAACAGAAAAAGTGGATGGAACATGTTGTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTACTACCTATAAAG         ATCAGCCATACCTTTGGGCTCGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104601 TGTTACTACCTATAAAGGTA...TAGATCAGCCATACCTTTGGGCTCGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGATAGAAAACCCAACAAACAAGCTGAAAAAAGATTTAAAAATTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107201 TAGATAGAAAACCCAACAAACAAGCTGAAAAAAGATTTAAAAATTTTCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATTCAAAAGAAAACCCAAAAG         AATTTTTTTGGAACGTTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107251 CATTCAAAAGAAAACCCAAAAGGTT...TAGAATTTTTTTGGAACGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGGACTTCAAACCAGCTCCGGAGTGCTGGATACCAGCAAAGGAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107970 GGAGGACTTCAAACCAGCTCCGGAGTGCTGGATACCAGCAAAGGAGACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACAAATAAATGGGAACCCAGTGCCTGATGAAAATGGACACATTCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108020 AACAAATAAATGGGAACCCAGTGCCTGATGAAAATGGACACATTCCTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422        GTTGGGTACCAGTAGAGAAAAACAACAAACAGTATTGCTGGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108070 A...TAGGTTGGGTACCAGTAGAGAAAAACAACAAACAGTATTGCTGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCCTCTGTAGTTAATTATGAATTTGAAATTGCCCTGGTACTAAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109977 TTCCTCTGTAGTTAATTATGAATTTGAAATTGCCCTGGTACTAAAACATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATCCTGATGATTCTGGACTTTTGGAAATTAGTGCAGTGCCACTTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110027 ATCCTGATGATTCTGGACTTTTGGAAATTAGTGCAGTGCCACTTTCAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCTTAGAACAAACACTGGAACTCATAGGAACAAATATCAATGGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110077 CTCTTAGAACAAACACTGGAACTCATAGGAACAAATATCAATGGAAACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATATG         GGTTAGGGAGCAAGAAACATCCATTACATCTTCTTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110127 ATATGGTG...TAGGGTTAGGGAGCAAGAAACATCCATTACATCTTCTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACCACATGGAGCATTTCAAATAAGAAATCTACCTTCATTGAAGCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111195 TACCACATGGAGCATTTCAAATAAGAAATCTACCTTCATTGAAGCACAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATCTCGTGTCCTGGTTTGAAGATTGCAAAGAGGGTAAAATTGAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111245 GATCTCGTGTCCTGGTTTGAAGATTGCAAAGAGGGTAAAATTGAAGGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTGTGGCATTGCAGTGATGGCTGTTTAATAAAG         GTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111295 AGTGTGGCATTGCAGTGATGGCTGTTTAATAAAGGTA...CAGGTCCATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCATCATCTTGGCTTATGCTGGCCAATTCCAGATACTTACATGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112593 GCCATCATCTTGGCTTATGCTGGCCAATTCCAGATACTTACATGAATTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGACCAGTTATTATCAACATGAACCTGAACAAATGTGACTCTGCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112643 AGACCAGTTATTATCAACATGAACCTGAACAAATGTGACTCTGCCTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TATTAAGTGTTTGTTTAATCATTTTTTAAAAATAGATAATCAGAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112693 TATTAAGTGTTTGTTTAATCATTTTTTAAAAATAGATAATCAGAAATTTG

   1000     .    :    .    :    .
    947 TTAGACTCAAAGATATAATATTTGATGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 112743 TTAGACTCAAAGATATAATATTTGATGTA