seq1 = pF1KE0186.tfa, 660 bp
seq2 = pF1KE0186/gi568815593f_81887571.tfa (gi568815593f:81887571_82353422), 465852 bp

>pF1KE0186 660
>gi568815593f:81887571_82353422 (Chr5)

1-109  (100001-100109)   100% ==
215-355  (276827-276967)   100% ->
356-453  (290920-291017)   100% ->
454-551  (364992-365089)   100% ->
552-660  (365744-365852)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAAGATGAGTTCATTGGAGAAAAAACATTCCAACGTTATTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAAGATGAGTTCATTGGAGAAAAAACATTCCAACGTTATTGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAATTCATTAAACATTCACAACAGATAGGTGATAGTTGGGAATGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAATTCATTAAACATTCACAACAGATAGGTGATAGTTGGGAATGGAGAC

    100     .
    101 CATCAAAGG
        |||||||||
 100101 CATCAAAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 AGGAGGCTTTCGAGCTACCCTTGGATGATTGTGAAGTGATTGAAACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276827 AGGAGGCTTTCGAGCTACCCTTGGATGATTGTGAAGTGATTGAAACTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCAGCGTCCGAAGTGATTAAATATGAGTATCATGTCTTATATTCCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276877 GCAGCGTCCGAAGTGATTAAATATGAGTATCATGTCTTATATTCCTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTACCAAGTGCCTGTACTTTACTTTAGGGCAAGCTTTTTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 276927 CTACCAAGTGCCTGTACTTTACTTTAGGGCAAGCTTTTTAGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ATGGGAGACCTTTAACTCTGAAGGACATATGGGAAGGAGTTCATGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290920 ATGGGAGACCTTTAACTCTGAAGGACATATGGGAAGGAGTTCATGAGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TATAAGATGCGACTGCTACAGGGACCATGGGACACTATTACGCAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 290970 TATAAGATGCGACTGCTACAGGGACCATGGGACACTATTACGCAACAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    454        GAACATCCAATACTTGGGCAACCCTTTTTTGTACTTCATCCCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291020 T...CAGGAACATCCAATACTTGGGCAACCCTTTTTTGTACTTCATCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCAAGACGAATGAATTCATGACTCCTGTATTAAAGAATTCTCAGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 365035 GCAAGACGAATGAATTCATGACTCCTGTATTAAAGAATTCTCAGAAAATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AATAA         GAATGTCAACTATATCACATCATGGCTGAGCATTGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 365085 AATAAGTA...TAGGAATGTCAACTATATCACATCATGGCTGAGCATTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGGGCCAGTTGTTGGGCTGAATCTACCTCTGAGTTATGCCAAAGCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 365780 AGGGCCAGTTGTTGGGCTGAATCTACCTCTGAGTTATGCCAAAGCAACGT

    450     .    :    .    :
    638 CTCAGGATGAACGAAATGTCCCT
        |||||||||||||||||||||||
 365830 CTCAGGATGAACGAAATGTCCCT