seq1 = pF1KE0183.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE0183/gi568815593f_175392104.tfa (gi568815593f:175392104_175626731), 234628 bp

>pF1KE0183 966
>gi568815593f:175392104_175626731 (Chr5)

1-164  (100001-100164)   100% ->
165-335  (116929-117099)   100% ->
336-434  (118006-118104)   100% ->
435-510  (119348-119423)   100% ->
511-596  (120008-120093)   100% ->
597-724  (121360-121487)   100% ->
725-774  (124511-124560)   100% ->
775-824  (129816-129865)   100% ->
825-872  (130272-130319)   100% ->
873-966  (134535-134628)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGAGAACTACCACCAAACATTAACATCAAGGAACCTCGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGAGAACTACCACCAAACATTAACATCAAGGAACCTCGATGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAAGCACTTTCATTGGACGAGCCAATCATTTCTTCACTGTAACTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAAAGCACTTTCATTGGACGAGCCAATCATTTCTTCACTGTAACTGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGGAACATTCTGTTAACCAACGAACAACTCGAGAGTGCGAGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGGAACATTCTGTTAACCAACGAACAACTCGAGAGTGCGAGAAAAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTACATGATTACAG         GCAAGGAATTGTTCCTCCTGGTCTTAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTACATGATTACAGGTA...TAGGCAAGGAATTGTTCCTCCTGGTCTTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAAATGAATTGTGGAGAGCAAAGTACATCTATGATTCAGCTTTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116956 AGAAAATGAATTGTGGAGAGCAAAGTACATCTATGATTCAGCTTTTCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGACACTGGTGAGAAGATGATTTTGATAGGAAGAATGTCAGCCCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117006 CTGACACTGGTGAGAAGATGATTTTGATAGGAAGAATGTCAGCCCAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCATGAACATGACCATCACAGGTTGTATGATGACGTTTTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117056 CCCATGAACATGACCATCACAGGTTGTATGATGACGTTTTACAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336    GACTACGCCGGCTGTGCTGTTCTGGCAGTGGATTAACCAGTCCTTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118003 TAGGACTACGCCGGCTGTGCTGTTCTGGCAGTGGATTAACCAGTCCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCCGTCGTCAATTACACCAACAGAAGTGGAGACGCACCCCTCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118053 ATGCCGTCGTCAATTACACCAACAGAAGTGGAGACGCACCCCTCACTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AA         TGAGTTGGGAACAGCTTACGTTTCTGCAACAACTGGTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118103 AAGTA...CAGTGAGTTGGGAACAGCTTACGTTTCTGCAACAACTGGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTAGCAACAGCTCTAGGACTCAATGCATTGACCAAG         CATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119387 CGTAGCAACAGCTCTAGGACTCAATGCATTGACCAAGGTA...CAGCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTCACCACTGATAGGACGTTTTGTTCCCTTTGCTGCCGTAGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120012 TCTCACCACTGATAGGACGTTTTGTTCCCTTTGCTGCCGTAGCTGCTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATTGCATTAATATTCCATTAATGAGGCAAAG         GGAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120062 AATTGCATTAATATTCCATTAATGAGGCAAAGGTA...CAGGGAACTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGTTGGCATTCCCGTCACGGATGAGAATGGGAACCGCTTGGGGGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121369 AGTTGGCATTCCCGTCACGGATGAGAATGGGAACCGCTTGGGGGAGTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGAACGCTGCGAAACAAGCCATCACGCAAGTTGTCGTGTCCAGGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121419 CGAACGCTGCGAAACAAGCCATCACGCAAGTTGTCGTGTCCAGGATTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGGCAGCCCCTGGCATGG         CCATCCCTCCATTCATTATGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 121469 ATGGCAGCCCCTGGCATGGGTT...CAGCCATCCCTCCATTCATTATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACTTTGGAAAAGAAAGCCTTTTTGAAG         AGGTTCCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124533 CACTTTGGAAAAGAAAGCCTTTTTGAAGGTA...CAGAGGTTCCCATGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGAGTGCACCCATTCAAGTTGGGTTAGTTGGCTTCTG         TTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 129829 TGAGTGCACCCATTCAAGTTGGGTTAGTTGGCTTCTGGTG...AAGTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTGTTTGCTACACCCCTGTGTTGTGCCCTGTTTCCTCAGAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 130276 GTGTTTGCTACACCCCTGTGTTGTGCCCTGTTTCCTCAGAAAAGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    873    TTCCATGTCTGTGACAAGCTTGGAGGCCGAGTTGCAAGCTAAGATCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134532 CAGTTCCATGTCTGTGACAAGCTTGGAGGCCGAGTTGCAAGCTAAGATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    920 AAGAGAGCCATCCTGAATTGCGACGCGTGTACTTCAATAAGGGATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134582 AAGAGAGCCATCCTGAATTGCGACGCGTGTACTTCAATAAGGGATTG