seq1 = pF1KE0181.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KE0181/gi568815589r_133263496.tfa (gi568815589r:133263496_133475969), 212474 bp

>pF1KE0181 807
>gi568815589r:133263496_133475969 (Chr9)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-235  (108525-108711)   100% ->
236-312  (109295-109371)   100% ->
313-356  (109942-109985)   100% ->
357-543  (110944-111130)   100% ->
544-807  (112211-112474)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCAGAACGACCTGATGGGCACGGCCGAGGACTTCGCCGACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGGCCAGAACGACCTGATGGGCACGGCCGAGGACTTCGCCGACCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TTCCTCCGTGTCACAAAGCAGTACCTGCCCCACGTGGCGCGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 G...CAGTTCCTCCGTGTCACAAAGCAGTACCTGCCCCACGTGGCGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTGTCTGATCAGCACCTTCCTGGAGGACGGCATCCGTATGTGGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108568 TCTGTCTGATCAGCACCTTCCTGGAGGACGGCATCCGTATGTGGTTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGAGCGAGCAGCGCGACTACATCGACACCACCTGGAACTGCGGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108618 TGGAGCGAGCAGCGCGACTACATCGACACCACCTGGAACTGCGGCTACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGGCCTCGTCCTTCGTCTTCCTCAACTTGCTGGGACAGCTGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108668 GCTGGCCTCGTCCTTCGTCTTCCTCAACTTGCTGGGACAGCTGAGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    CTGGCTGCGTCCTGGTGTTGAGCAGGAACTTCGTGCAGTACGCCTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109292 CAGCTGGCTGCGTCCTGGTGTTGAGCAGGAACTTCGTGCAGTACGCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCGGGCTCTTTGGAATCATAGCTCTGCAG         ACGATTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109342 TTCGGGCTCTTTGGAATCATAGCTCTGCAGGTA...CAGACGATTGCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGCATTTTATGGGACTTGAAGTTTTTGATGAG         GAACCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109953 CAGCATTTTATGGGACTTGAAGTTTTTGATGAGGTA...CAGGAACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCTGGGAGGAGGCCTGTTGCTGCTCCTAGCAGAATCCCGTTCTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110952 CCCTGGGAGGAGGCCTGTTGCTGCTCCTAGCAGAATCCCGTTCTGAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGAGCATGTTTGCGGGCGTCCCCACCATGCGTGAGAGCTCCCCCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111002 AAGAGCATGTTTGCGGGCGTCCCCACCATGCGTGAGAGCTCCCCCAAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTACATGCAGCTCGGAGGCAGGGTCTTGCTGGTTCTGATGTTCATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111052 GTACATGCAGCTCGGAGGCAGGGTCTTGCTGGTTCTGATGTTCATGACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTTCACTTTGACGCCAGCTTCTTTTCT         ATTGTCCAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111102 TCCTTCACTTTGACGCCAGCTTCTTTTCTGTA...CAGATTGTCCAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCGTGGGCACAGCTCTGATGATTTTAGTGGCCATTGGTTTTAAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112223 ATCGTGGGCACAGCTCTGATGATTTTAGTGGCCATTGGTTTTAAAACCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGCTGCTTTGACTCTTGTTGTGTGGCTCTTTGCCATCAACGTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112273 GCTGGCTGCTTTGACTCTTGTTGTGTGGCTCTTTGCCATCAACGTATATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCAACGCCTTCTGGACCATTCCAGTCTACAAGCCCATGCATGACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112323 TCAACGCCTTCTGGACCATTCCAGTCTACAAGCCCATGCATGACTTCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAATACGACTTCTTCCAGACCATGTCGGTGATTGGGGGCTTGCTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112373 AAATACGACTTCTTCCAGACCATGTCGGTGATTGGGGGCTTGCTCCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTGGCCCTGGGCCCTGGGGGTGTCTCCATGGATGAGAAGAAGAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112423 GGTGGCCCTGGGCCCTGGGGGTGTCTCCATGGATGAGAAGAAGAAGGAGT

    850 
    806 GG
        ||
 112473 GG