seq1 = pF1KE0174.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KE0174/gi568815595f_111879062.tfa (gi568815595f:111879062_112091718), 212657 bp

>pF1KE0174 918
>gi568815595f:111879062_112091718 (Chr3)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-326  (102723-102906)   100% ->
327-438  (107203-107314)   100% ->
439-576  (107853-107990)   100% ->
577-918  (112316-112657)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTTGCGCGCTTGGCAGCTGTGGCGGCCTGGGTACCTTGTCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTTGCGCGCTTGGCAGCTGTGGCGGCCTGGGTACCTTGTCGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGGCTGGGCAGCCGTCCCCTTCGGTCCCCACCGTGGCCTCAGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGGCTGGGCAGCCGTCCCCTTCGGTCCCCACCGTGGCCTCAGCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTTGCACGGATACCTCAGCGGGCGCCACGGTGGCTCCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 TGCTTGCACGGATACCTCAGCGGGCGCCACGGTGGCTCCCAGGTC...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  CTTGTAGACAAAAGACGTCACTCTCATTCCTTAATCGACCAGACCTTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102722 GCTTGTAGACAAAAGACGTCACTCTCATTCCTTAATCGACCAGACCTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAACCTGGCTTATAAGAAGCTAAAAGGCAAAAGTCCAGGAATTATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102772 AAACCTGGCTTATAAGAAGCTAAAAGGCAAAAGTCCAGGAATTATCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCCTGGCTATCTTTCTTATATGAATGGTACAAAAGCGTTGGCGATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102822 TCCCTGGCTATCTTTCTTATATGAATGGTACAAAAGCGTTGGCGATTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTTTTGCAAATCTCTAGGTCACGCCTGCATAAG         GTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102872 GAGTTTTGCAAATCTCTAGGTCACGCCTGCATAAGGTA...CAGGTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTACTCAGGAGTTGGAAGTTCAGATGGTAACTCAGAGGAAAGCACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107209 TTACTCAGGAGTTGGAAGTTCAGATGGTAACTCAGAGGAAAGCACACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAAATGGAGAAAAGATGTTCTTTCTATAATTGATGACTTAGCTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107259 GGAAATGGAGAAAAGATGTTCTTTCTATAATTGATGACTTAGCTGATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCACAG         ATTCTTGTTGGATCTAGCCTTGGAGGGTGGCTTAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107309 CCACAGGTG...TAGATTCTTGTTGGATCTAGCCTTGGAGGGTGGCTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTTCATGCTGCAATTGCACGACCAGAGAAGGTCGTGGCTCTTATTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107888 GCTTCATGCTGCAATTGCACGACCAGAGAAGGTCGTGGCTCTTATTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGCTACAGCTGCAGATACCTTAGTGACAAAGTTTAATCAGCTTCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107938 TAGCTACAGCTGCAGATACCTTAGTGACAAAGTTTAATCAGCTTCCTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAG         CTAAAAAAGGAAGTAGAGATGAAAGGTGTGTGGAGCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107988 GAGGTA...TAGCTAAAAAAGGAAGTAGAGATGAAAGGTGTGTGGAGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCCATCAAAATACTCTGAAGAAGGAGTTTATAACGTTCAGTACAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112354 GCCATCAAAATACTCTGAAGAAGGAGTTTATAACGTTCAGTACAGTTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTAAAGAAGCTGAACATCACTGCTTGTTACATAGCCCAATTCCTGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112404 TTAAAGAAGCTGAACATCACTGCTTGTTACATAGCCCAATTCCTGTGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCCCCATAAGATTGCTCCATGGCATGAAGGATGACATTGTACCTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112454 TGCCCCATAAGATTGCTCCATGGCATGAAGGATGACATTGTACCTTGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACATCAATGCAGGTTGCCGATCGAGTACTCAGCACAGATGTGGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112504 TACATCAATGCAGGTTGCCGATCGAGTACTCAGCACAGATGTGGATGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCTCCGAAAACACAGTGATCACCGAATGAGGGAAAAAGCAGACATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112554 TCCTCCGAAAACACAGTGATCACCGAATGAGGGAAAAAGCAGACATTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTTCTTGTTTACACTATTGATGACTTAATTGATAAGCTCTCAACTATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112604 CTTCTTGTTTACACTATTGATGACTTAATTGATAAGCTCTCAACTATAGT

    950 
    915 TAAC
        ||||
 112654 TAAC