seq1 = pF1KE0171.tfa, 666 bp
seq2 = pF1KE0171/gi568815592r_159582496.tfa (gi568815592r:159582496_159792864), 210369 bp

>pF1KE0171 666
>gi568815592r:159582496_159792864 (Chr6)

(complement)

1-23  (99698-99720)   100% ->
24-226  (100002-100204)   100% ->
227-343  (104623-104739)   100% ->
344-523  (107832-108011)   100% ->
524-666  (110227-110369)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGAGCCGGGCAGTGTGCGG         CACCAGCAGGCAGCTGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  99698 ATGTTGAGCCGGGCAGTGTGCGGGTG...CAGCACCAGCAGGCAGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCCGGTTTTGGGGTATCTGGGCTCCAGGCAGAAGCACAGCCTCCCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 TCCGGTTTTGGGGTATCTGGGCTCCAGGCAGAAGCACAGCCTCCCCGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCCTACGACTACGGCGCCCTGGAACCTCACATCAACGCGCAGATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 TGCCCTACGACTACGGCGCCCTGGAACCTCACATCAACGCGCAGATCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCTGCACCACAGCAAGCACCACGCGGCCTACGTGAACAACCTGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 CAGCTGCACCACAGCAAGCACCACGCGGCCTACGTGAACAACCTGAACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCGAGGAGAAGTACCAGGAGGCGTTGGCCAAGG         GAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100170 CACCGAGGAGAAGTACCAGGAGGCGTTGGCCAAGGGTA...CAGGAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTACAGCCCAGATAGCTCTTCAGCCTGCACTGAAGTTCAATGGTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104629 TTACAGCCCAGATAGCTCTTCAGCCTGCACTGAAGTTCAATGGTGGTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATATCAATCATAGCATTTTCTGGACAAACCTCAGCCCTAACGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104679 CATATCAATCATAGCATTTTCTGGACAAACCTCAGCCCTAACGGTGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAACCCAAAG         GGGAGTTGCTGGAAGCCATCAAACGTGACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104729 AGAACCCAAAGGTT...TAGGGGAGTTGCTGGAAGCCATCAAACGTGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGGTTCCTTTGACAAGTTTAAGGAGAAGCTGACGGCTGCATCTGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107862 TTGGTTCCTTTGACAAGTTTAAGGAGAAGCTGACGGCTGCATCTGTTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCAAGGCTCAGGTTGGGGTTGGCTTGGTTTCAATAAGGAACGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107912 GTCCAAGGCTCAGGTTGGGGTTGGCTTGGTTTCAATAAGGAACGGGGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTACAAATTGCTGCTTGTCCAAATCAGGATCCACTGCAAGGAACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107962 CTTACAAATTGCTGCTTGTCCAAATCAGGATCCACTGCAAGGAACAACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          GCCTTATTCCACTGCTGGGGATTGATGTGTGGGAGCACGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108012 GTT...CAGGCCTTATTCCACTGCTGGGGATTGATGTGTGGGAGCACGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACTACCTTCAGTATAAAAATGTCAGGCCTGATTATCTAAAAGCTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110268 TACTACCTTCAGTATAAAAATGTCAGGCCTGATTATCTAAAAGCTATTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAATGTAATCAACTGGGAGAATGTAACTGAAAGATACATGGCTTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110318 GAATGTAATCAACTGGGAGAATGTAACTGAAAGATACATGGCTTGCAAAA

    700 
    665 AG
        ||
 110368 AG