seq1 = pF1KE0165.tfa, 561 bp
seq2 = pF1KE0165/gi568815597r_201310331.tfa (gi568815597r:201310331_201515256), 204926 bp

>pF1KE0165 561
>gi568815597r:201310331_201515256 (Chr1)

(complement)

14-57  (100001-100044)   100% ->
58-189  (100608-100739)   100% ->
190-279  (102136-102225)   100% ->
280-456  (103724-103900)   99% ->
457-561  (104822-104926)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGAGAAAACCCAAGATCACTGCCTCCCGCAAACTCTTGCTGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 AGAGAAAACCCAAGATCACTGCCTCCCGCAAACTCTTGCTGAAGGTG...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58    AGCCTGATGCTGGCCAAGGCCAAGGAATGCTGGGAGCAGGAGCACGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100605 CAGAGCCTGATGCTGGCCAAGGCCAAGGAATGCTGGGAGCAGGAGCACGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 GGAGCGCGAGGCTGAGAAGGTGCGCTACCTGGCAGAGCGCATCCCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100655 GGAGCGCGAGGCTGAGAAGGTGCGCTACCTGGCAGAGCGCATCCCCACGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 TGCAGACCCGTGGCCTGTCCCTCAGTGCCCTGCAG         GACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100705 TGCAGACCCGTGGCCTGTCCCTCAGTGCCCTGCAGGTT...CAGGACCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196 TGCCGGGAGCTGCACGCCAAGGTGGAGGTGGTGGATGAGGAGCGATACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102142 TGCCGGGAGCTGCACGCCAAGGTGGAGGTGGTGGATGAGGAGCGATACGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 CATTGAGGCCAAATGCCTCCACAACACCAGGGAG         ATTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102192 CATTGAGGCCAAATGCCTCCACAACACCAGGGAGGTG...CAGATTAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287 ACCTGAAGCTGAAGGTGATGGCCCTCCGTGGGAAGTTCAAGCGCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 103731 ACCTGAAGCTGAAGGTGATGGACCTCCGTGGGAAGTTCAAGCGCCCGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337 CTGCGTCGAGTCCGTGTCTCGGCTGACGCCATGCTCCGGGCCCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103781 CTGCGTCGAGTCCGTGTCTCGGCTGACGCCATGCTCCGGGCCCTGCTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 CTCCAAGCACAAGGTGTCCATGGATCTGCGGGCCAACCTCAAGTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 CTCCAAGCACAAGGTGTCCATGGATCTGCGGGCCAACCTCAAGTCTGTGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 AGAAGGAAGACACAGAGAAG         GAGCGGCCTGTGGAGGTGGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103881 AGAAGGAAGACACAGAGAAGGTG...CAGGAGCGGCCTGTGGAGGTGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 GACTGGAGGAAGAACGTGGAGGCCATGTCTGGCATGGAAGGCCGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104843 GACTGGAGGAAGAACGTGGAGGCCATGTCTGGCATGGAAGGCCGGAAGAA

    550     .    :    .    :    .    :
    528 GATGTTTGATGCCGCCAAGTCTCCGACCTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104893 GATGTTTGATGCCGCCAAGTCTCCGACCTCACAA