seq1 = pF1KE0161.tfa, 795 bp
seq2 = pF1KE0161/gi568815595f_63380831.tfa (gi568815595f:63380831_63715478), 334648 bp

>pF1KE0161 795
>gi568815595f:63380831_63715478 (Chr3)

24-149  (100001-100126)   100% ->
150-348  (175713-175911)   99% ->
349-540  (228295-228486)   100% ->
541-795  (234394-234648)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     24 GCTTTTTGCAATCTTTGCATTTGCAACATGCGGTGGCTATTCTGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GCTTTTTGCAATCTTTGCATTTGCAACATGCGGTGGCTATTCTGGAGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     74 TGCGGCTGAGTGTGGACTGCGTCAACAAGACAGAAAGTAACCTCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGGCTGAGTGTGGACTGCGTCAACAAGACAGAAAGTAACCTCAGCATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 GACATAGCGTTTGCCTACCCATTCAG         GTTGCACCAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 GACATAGCGTTTGCCTACCCATTCAGGTA...TAGGTTGCACCAGGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 GTTTGAGGTGCCCACCTGCGAGGGAAAGGAACGGCAGAAGCTGGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175728 GTTTGAGGTGCCCACCTGCGAGGGAAAGGAACGGCAGAAGCTGGCATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TTGGTGACTCCTCGTCTTCAGCAGAGTTCTTCGTCACTGTTGCTGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175778 TTGGTGACTCCTCGTCTTCAGCAGAGTTCTTCGTCACTGTTGCTGTCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCCTTCCTCTACTCTTTGGCCGCCACTGTCGTTTACATTTTCTTCCAGAA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 175828 GCCTTCCTCTACTCTTTGGCTGCCACTGTCGTTTACATTTTCTTCCAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAAATACCGGGAAAACAACCGGGGCCCACTCATT         GACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 175878 CAAATACCGGGAAAACAACCGGGGCCCACTCATTGTA...TAGGACTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTGTCACTGTAGTCTTTTCGTTCTTGTGGTTGGTGGGTTCATCAGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228302 TTGTCACTGTAGTCTTTTCGTTCTTGTGGTTGGTGGGTTCATCAGCTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCAAAAGGACTGTCTGACGTCAAAGTTGCAACGGATCCCAAGGAAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228352 GCAAAAGGACTGTCTGACGTCAAAGTTGCAACGGATCCCAAGGAAGTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTACTAATGTCAGCTTGCAAACAGCCATCCAACAAATGCATGGCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228402 GCTACTAATGTCAGCTTGCAAACAGCCATCCAACAAATGCATGGCTATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAGCCCTGTTATGTCAAGCTTAAACACTTCTGTG         GTCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 228452 ACAGCCCTGTTATGTCAAGCTTAAACACTTCTGTGGTA...CAGGTCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGATTCTTGAACTTTATTCTCTGGGCTGGAAACATATGGTTTGTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234400 GGATTCTTGAACTTTATTCTCTGGGCTGGAAACATATGGTTTGTTTTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGAGACCGGCTGGCATTCTTCGGGACAGAGATATCTTTCAGATCCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234450 GGAGACCGGCTGGCATTCTTCGGGACAGAGATATCTTTCAGATCCAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGAAGCACTCCAGCAGCTATAATCAAGGTGGTTACAACCAAGACAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234500 AGAAGCACTCCAGCAGCTATAATCAAGGTGGTTACAACCAAGACAGCTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGATCAAGCAGTGGGTACAGTCAGCAGGCGAGTTTGGGGCCAACCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234550 GGATCAAGCAGTGGGTACAGTCAGCAGGCGAGTTTGGGGCCAACCTCAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    747 TGAGTTTGGCCAACAGCCTACTGGCCCCACTTCCTTTACCAATCAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234600 TGAGTTTGGCCAACAGCCTACTGGCCCCACTTCCTTTACCAATCAGATT