seq1 = pF1KE0158.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KE0158/gi568815597f_25723643.tfa (gi568815597f:25723643_25932023), 208381 bp

>pF1KE0158 876
>gi568815597f:25723643_25932023 (Chr1)

1-24  (99463-99486)   100% ->
25-129  (100002-100106)   100% ->
130-239  (102660-102769)   100% ->
240-451  (102973-103184)   99% ->
452-773  (105867-106188)   100% ->
774-876  (108279-108381)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGAATGGAAGCCACTGTG         ACCATCCCAATCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  99463 ATGTCAGGAATGGAAGCCACTGTGGTA...CAGACCATCCCAATCTGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAACAAGCCACATGGGGCTGCTCGAAGTGTAGTAAGAAGAATTGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 AAACAAGCCACATGGGGCTGCTCGAAGTGTAGTAAGAAGAATTGGGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTACCCTTGAAGCCGTGTGCCCGGGCGTCCTTTGAG         ACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100069 ACCTACCCTTGAAGCCGTGTGCCCGGGCGTCCTTTGAGGTG...TAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGCCCAACATCTCTGACCTGTGTTTGAGAGATGTGCCCCCAGTCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102663 CTGCCCAACATCTCTGACCTGTGTTTGAGAGATGTGCCCCCAGTCCCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGGCTGACATCGCCTGGATTGCTGCGGATGAAGAGGAGACATATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102713 CCTGGCTGACATCGCCTGGATTGCTGCGGATGAAGAGGAGACATATGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGTCAG         GAGTGATACGCGCCCCCTGTGGCACACCTGGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 102763 GGGTCAGGTA...CAGGAGTGATACGCGCCCCCTGAGGCACACCTGGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCCAGCCCTCTGATTGTCATGCAGCGCAATGCCTCTGTTCCCAACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103007 CCCAGCCCTCTGATTGTCATGCAGCGCAATGCCTCTGTTCCCAACCTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGGTCCGAGGAGAGGCTTCTGGCCCTGAAGAAGCCAGCTCTGCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103057 TGGGTCCGAGGAGAGGCTTCTGGCCCTGAAGAAGCCAGCTCTGCCAGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAGCCGCACTACTGAGCTGCAGGACGAGCTGGGCCACTTGCGCAGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 103107 TAAGCCGCACTACTGAGCTGCAGGACGAGCTGAGCCACTTGCGCAGCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTGCAAAGATAGTGGCAGCTGATGCAG         CTTCGGCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103157 ATTGCAAAGATAGTGGCAGCTGATGCAGGTA...CAGCTTCGGCTTCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACGCCAGATTTCTTATCTCCAGGAAGTTCAAATGTCTCTTCTCCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105880 AACGCCAGATTTCTTATCTCCAGGAAGTTCAAATGTCTCTTCTCCCTTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTGTTTTGGATCCTCATTCCACTCTACAACTTCCTTTGTCATTAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105930 CTTGTTTTGGATCCTCATTCCACTCTACAACTTCCTTTGTCATTAGTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCACCGAGGAGACAGAGGTGGAGGTCCCTGAGCTTCCATCAGTCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105980 ATCACCGAGGAGACAGAGGTGGAGGTCCCTGAGCTTCCATCAGTCCCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTTTGTTCTGCCAGCCCTGAATGTTGCAAACCAGAACACAAAGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106030 GCTTTGTTCTGCCAGCCCTGAATGTTGCAAACCAGAACACAAAGCTGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAGTTCGTCTGAAGAGGATGACTGCGTCTCTTTGTCCAAGGCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106080 GCAGTTCGTCTGAAGAGGATGACTGCGTCTCTTTGTCCAAGGCCAGCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTGCAGACATGATGGGTATCCTGAAGGACTTTCACCGAATGAAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106130 TTTGCAGACATGATGGGTATCCTGAAGGACTTTCACCGAATGAAACAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCAAGATCT         GAACCGGAGTTTATTGAAGGAGGAAGACCCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106180 TCAAGATCTGTA...TAGGAACCGGAGTTTATTGAAGGAGGAAGACCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGTGCTTATCACTGAGGTCCTAAGGAGGAAGTTTGCTCTAAAGGAAGAA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108311 CTGTGCTTATCTCTGAGGTCCTAAGGAGGAAGTTTGCTCTAAAGGAAGAA

    900     .    :    .    :
    856 GATATCAGTAGAAAAGGAAAT
        |||||||||||||||||||||
 108361 GATATCAGTAGAAAAGGAAAT