seq1 = pF1KE0156.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KE0156/gi568815592f_33104669.tfa (gi568815592f:33104669_33306450), 201782 bp

>pF1KE0156 783
>gi568815592f:33104669_33306450 (Chr6)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-270  (100234-100451)   100% ->
271-387  (100553-100669)   100% ->
388-480  (100779-100871)   100% ->
481-566  (100972-101057)   100% ->
567-651  (101160-101244)   100% ->
652-694  (101466-101508)   100% ->
695-770  (101707-101782)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCTCAGCTCCAGAACCGACTCCGCTCCGCACTGGCCTTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCTCAGCTCCAGAACCGACTCCGCTCCGCACTGGCCTTGGTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GTGCGGGGAGCGGCATCGGCCGAGCGGTCAGTGTACGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTT...CAGGTGCGGGGAGCGGCATCGGCCGAGCGGTCAGTGTACGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCGGAGAGGGGGCCACCGTAGCTGCCTGCGACCTGGACCGGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100273 TGGCCGGAGAGGGGGCCACCGTAGCTGCCTGCGACCTGGACCGGGCAGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACAGGAGACGGTGCGGCTGCTGGGCGGGCCAGGGAGCAAGGAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100323 GCACAGGAGACGGTGCGGCTGCTGGGCGGGCCAGGGAGCAAGGAGGGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCCCGAGGGAACCATGCTGCCTTCCAGGCTGACGTGTCTGAGGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100373 GCCCCGAGGGAACCATGCTGCCTTCCAGGCTGACGTGTCTGAGGCCAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCCAGGTGCCTGCTGGAACAAGTGCAG         GCCTGCTTTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100423 CCGCCAGGTGCCTGCTGGAACAAGTGCAGGTG...TAGGCCTGCTTTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGCCCACCATCTGTCGTTGTGTCCTGTGCGGGCATCACCCAGGATGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100565 CGCCCACCATCTGTCGTTGTGTCCTGTGCGGGCATCACCCAGGATGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGCTGCACATGTCTGAGGATGACTGGGACAAAGTCATAGCTGTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100615 TCTGCTGCACATGTCTGAGGATGACTGGGACAAAGTCATAGCTGTCAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAAG         GGCACCTTCCTAGTCACTCAGGCTGCAGCACAAGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100665 TCAAGGTG...CAGGGCACCTTCCTAGTCACTCAGGCTGCAGCACAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGTGTCCAATGGTTGTCGTGGTTCCATCATCAACATCAGTAGCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100815 CTGGTGTCCAATGGTTGTCGTGGTTCCATCATCAACATCAGTAGCATCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGAAAG         GTGGGGAACGTGGGGCAGACAAACTATGCAGCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100865 AGGAAAGGTC...TAGGTGGGGAACGTGGGGCAGACAAACTATGCAGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAAGGCTGGAGTGATTGGGCTGACCCAGACCGCAGCCCGGGAGCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 CCAAGGCTGGAGTGATTGGGCTGACCCAGACCGCAGCCCGGGAGCTTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CG         ACATGGGATCCGCTGTAACTCTGTCCTCCCAGGGTTCAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 CGGTT...CAGACATGGGATCCGCTGTAACTCTGTCCTCCCAGGGTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCAACACCCATGACACAGAAAGTGCCACAGAAAGTGGTGGACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101199 TGCAACACCCATGACACAGAAAGTGCCACAGAAAGTGGTGGACAAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652      ATTACTGAAATGATCCCGATGGGACACTTGGGGGACCCTGAGG  
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101249 ..CAGATTACTGAAATGATCCCGATGGGACACTTGGGGGACCCTGAGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695        ATGTGGCAGATGTGGTCGCATTCTTGGCATCTGAAGATAGTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101511 G...TAGATGTGGCAGATGTGGTCGCATTCTTGGCATCTGAAGATAGTGG

    800     .    :    .    :    .    :
    738 ATACATCACAGGGACCTCAGTGGAAGTCACTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101750 ATACATCACAGGGACCTCAGTGGAAGTCACTGG