seq1 = pF1KE0153.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KE0153/gi568815594r_169629581.tfa (gi568815594r:169629581_169857877), 228297 bp

>pF1KE0153 1038
>gi568815594r:169629581_169857877 (Chr4)

(complement)

1-48  (100001-100048)   97% ->
49-208  (104043-104202)   100% ->
209-398  (107153-107342)   100% ->
399-497  (109036-109134)   100% ->
498-648  (115771-115921)   99% ->
649-736  (120131-120218)   100% ->
737-909  (126002-126174)   100% ->
910-1038  (128169-128297)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCGGCGGTGGCGGGAAGCGCAGGCCCGGCGGGGAGGGGCCGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>
 100001 ATGGTCGGCGGTGGCGGGAAGCGCAGGCCCGGCGGAGAGGGGCCGCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TGTGAAAAAACAACTGATGTGAAGAAAAGTAAATTCTGTGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGTGTGAAAAAACAACTGATGTGAAGAAAAGTAAATTCTGTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGATGTCTCCAGTGACCTTCGAAAAGAAGTAGAAAATCATTATAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104086 CTGATGTCTCCAGTGACCTTCGAAAAGAAGTAGAAAATCATTATAAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTTTACCTGAAGATTTCTATCACTTCTGGAAGTTCTGTGAAGAACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104136 TCTTTACCTGAAGATTTCTATCACTTCTGGAAGTTCTGTGAAGAACTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCTGAAAAGCCATCTG         ATTCACTTTCTGCAAGCCTTGGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104186 TCCTGAAAAGCCATCTGGTG...TAGATTCACTTTCTGCAAGCCTTGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCAATTAGTTGGTCCTTATGATATCCTTGCTGGAAAACATAAAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107177 TTCAATTAGTTGGTCCTTATGATATCCTTGCTGGAAAACATAAAACGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAAAATCAACAGGCCTGAATTTTAACCTTCACTGGAGGTTTTACTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107227 AAAAAATCAACAGGCCTGAATTTTAACCTTCACTGGAGGTTTTACTATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTCCTGAGTTCCAGACCATTATTATTGGAGATAATAAAACTCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107277 TCCTCCTGAGTTCCAGACCATTATTATTGGAGATAATAAAACTCAGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACATGGGGTATTTCAG         GGATTCTCCTGATGAATTTCCTGTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107327 ACATGGGGTATTTCAGGTA...CAGGGATTCTCCTGATGAATTTCCTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATGTTGGTATAAATGAAGCAAAGAAAAATTGTATAATTGTTCCAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109061 TATGTTGGTATAAATGAAGCAAAGAAAAATTGTATAATTGTTCCAAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATAATGTATTTGCTGCAGTCAA         ATTATTTTTGACGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109111 AGATAATGTATTTGCTGCAGTCAAGTA...CAGATTATTTTTGACGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACTTAAAGAAATAACGGATAAAAAGAAAATCAATCTCTTGAAAAACATA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115788 AACTTAGAGAAATAACGGATAAAAAGAAAATCAATCTCTTGAAAAACATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATGAAAAACTCACAGAAGCAGCCAGAGAATTGGGGTACTCGCTTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115838 GATGAAAAACTCACAGAAGCAGCCAGAGAATTGGGGTACTCGCTTGAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGAACCGTGAAGATGAAACAGAGAGATAAGAAA         GTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115888 GAGAACCGTGAAGATGAAACAGAGAGATAAGAAAGTA...TAGGTTGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAAAGACCTTTCATGGTGCAGGCTTGGTTGTTCCAGTAGATAAAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120138 CAAAGACCTTTCATGGTGCAGGCTTGGTTGTTCCAGTAGATAAAAATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTGGGTACCGAGAGCTCCCTGAAACAGATG         CTGACCTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120188 GTTGGGTACCGAGAGCTCCCTGAAACAGATGGTA...CAGCTGACCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAGAATTTGCAAGACAATAGTTGAGGCTGCAAGTGATGAGGAGAGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126012 GAGAATTTGCAAGACAATAGTTGAGGCTGCAAGTGATGAGGAGAGACTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGCTTTTGCTCCCATTCAGGAAATGATGACTTTTGTGCAGTTTGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126062 AAGCTTTTGCTCCCATTCAGGAAATGATGACTTTTGTGCAGTTTGCTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATGAATGTGATTATGGCATGGGGCTTGAATTGGGAATGGATCTCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126112 GATGAATGTGATTATGGCATGGGGCTTGAATTGGGAATGGATCTCTTTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTATGGCTCACAT         TATTTTCATAAAGTTGCTGGCCAGCTTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 126162 CTATGGCTCACATGTG...CAGTATTTTCATAAAGTTGCTGGCCAGCTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TACCTCTTGCATATAATCTGTTGAAGAGGAATCTGTTTGCAGAAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128197 TACCTCTTGCATATAATCTGTTGAAGAGGAATCTGTTTGCAGAAATTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGGAGCATCTGGCAAACAGAAGTCAAGAGAACATAGACCAACTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128247 GAGGAGCATCTGGCAAACAGAAGTCAAGAGAACATAGACCAACTTGCTGC

   1100 
   1038 A
        |
 128297 A