seq1 = pF1KE0150.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE0150/gi568815594f_127630546.tfa (gi568815594f:127630546_127873571), 243026 bp

>pF1KE0150 945
>gi568815594f:127630546_127873571 (Chr4)

1-232  (100001-100232)   100% ->
233-360  (114127-114254)   100% ->
361-478  (133698-133815)   100% ->
479-633  (136521-136675)   100% ->
634-759  (138207-138332)   100% ->
760-945  (142841-143026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCGTGAGCCTGCGAAAAAGAAGGCAGAAAAGCGGCTGTTTGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCGTGAGCCTGCGAAAAAGAAGGCAGAAAAGCGGCTGTTTGACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCATCCTTCGGGAAGGACCTTCTGGCCGGCGGAGTCGCGGCAGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCATCCTTCGGGAAGGACCTTCTGGCCGGCGGAGTCGCGGCAGCTGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGACAGCGGTGGCGCCCATCGAGCGGGTGAAGCTGCTGCTGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAGACAGCGGTGGCGCCCATCGAGCGGGTGAAGCTGCTGCTGCAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGCGTCGTCGAAGCAGATCAGCCCCGAGGCGCGGTACAAAGGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGCGTCGTCGAAGCAGATCAGCCCCGAGGCGCGGTACAAAGGCATGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACTGCCTGGTGCGGATTCCTCGCGAGCAGG         GTTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100201 GGACTGCCTGGTGCGGATTCCTCGCGAGCAGGGTG...TAGGTTTCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTTTTTGGCGTGGCAATTTGGCAAATGTTATTCGGTATTTTCCAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114136 GTTTTTGGCGTGGCAATTTGGCAAATGTTATTCGGTATTTTCCAACACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTCTAAACTTTGCTTTTAAGGACAAATACAAGCAGCTATTCATGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114186 GCTCTAAACTTTGCTTTTAAGGACAAATACAAGCAGCTATTCATGTCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTTAATAAAGAAAAACAG         TTCTGGAGGTGGTTTTTGGCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114236 AGTTAATAAAGAAAAACAGGTA...CAGTTCTGGAGGTGGTTTTTGGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCTGGCTTCTGGTGGAGCTGCTGGGGCAACATCCTTATGTGTAGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133720 ACCTGGCTTCTGGTGGAGCTGCTGGGGCAACATCCTTATGTGTAGTATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTCTAGATTTTGCCCGAACCCGATTAGGTGTCGATATTGGAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 133770 CCTCTAGATTTTGCCCGAACCCGATTAGGTGTCGATATTGGAAAAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479      GTCCTGAGGAGCGACAATTCAAGGGTTTAGGTGACTGTATTATGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133820 ..TAGGTCCTGAGGAGCGACAATTCAAGGGTTTAGGTGACTGTATTATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAATAGCAAAATCAGATGGAATTGCTGGTTTATACCAAGGGTTTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136566 AAATAGCAAAATCAGATGGAATTGCTGGTTTATACCAAGGGTTTGGTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCAGTACAGGGCATCATTGTGTACCGAGCCTCTTATTTTGGAGCTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136616 TCAGTACAGGGCATCATTGTGTACCGAGCCTCTTATTTTGGAGCTTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACAGTTAAG         GGTTTATTACCAAAGCCAAAGAAAACTCCAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 136666 CACAGTTAAGGTA...TAGGGTTTATTACCAAAGCCAAAGAAAACTCCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCTTGTCTCCTTTTTCATTGCTCAAGTTGTGACTACATGCTCTGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138238 TTCTTGTCTCCTTTTTCATTGCTCAAGTTGTGACTACATGCTCTGGAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTTCTTATCCCTTTGACACAGTTAGAAGACGTATGATGATGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 138288 CTTTCTTATCCCTTTGACACAGTTAGAAGACGTATGATGATGCAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760     AGTGGTGAGGCTAAACGGCAATATAAAGGAACCTTAGACTGCTTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138338 .TAGAGTGGTGAGGCTAAACGGCAATATAAAGGAACCTTAGACTGCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGAAGATATACCAACATGAAGGAATCAGTTCCTTTTTTCGTGGCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142887 TGAAGATATACCAACATGAAGGAATCAGTTCCTTTTTTCGTGGCGCCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCCAATGTTCTTCGCGGTACAGGGGGTGCTTTGGTGTTGGTATTATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142937 TCCAATGTTCTTCGCGGTACAGGGGGTGCTTTGGTGTTGGTATTATATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAAAATTAAAGAATTCTTTCATATTGATATTGGTGGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142987 TAAAATTAAAGAATTCTTTCATATTGATATTGGTGGTAGG