seq1 = pF1KE0146.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KE0146/gi568815590f_54035284.tfa (gi568815590f:54035284_54247716), 212433 bp

>pF1KE0146 888
>gi568815590f:54035284_54247716 (Chr8)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-263  (101228-101382)   100% ->
264-429  (101985-102150)   98% ->
430-553  (107380-107503)   100% ->
554-888  (112099-112433)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGTCCCTTGCAGGGCGGTGGGGCCCGGGCCCTGGACCTACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGTCCCTTGCAGGGCGGTGGGGCCCGGGCCCTGGACCTACTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCCTGCCGCGTGTGAGCCTGGCCAACTTAAAGCCGAATCCCGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCTGCCGCGTGTGAGCCTGGCCAACTTAAAGCCGAATCCCGGCTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAACCG         GAGAGAAGACCAAGAGGTCGGAGAAGAGGTAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAACCGGTA...CAGGAGAGAAGACCAAGAGGTCGGAGAAGAGGTAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAATGTGGCAGAGGCCATAAAGGAGAAAGGCAAAGAGGAACCCGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101261 AAATGTGGCAGAGGCCATAAAGGAGAAAGGCAAAGAGGAACCCGGCCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTGGGCTTTGAGGGAGGCCAGACTCCATTTTACATCCGAATCCCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101311 CTTGGGCTTTGAGGGAGGCCAGACTCCATTTTACATCCGAATCCCAAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGGTTTAACGAAGGACATAG         TTTCAGACGCCAGTATAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101361 ACGGGTTTAACGAAGGACATAGGTA...CAGTTTCAGACGCCAGTATAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTATGAGTCTCAATAGACTGCAGTATCTTATTGATTTGGGTCGTGTTGA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102004 CCTTTGAGTCTCAATAGACTGCAGTATCTTATTGATTTGGGTCGTGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTAGTCAACCTATTGACTTAACCCAGCTTGTCAATGGGAGAGGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102054 TCCTAGTCAACCTATTGACTTAACCCAGCTTGTCAATGGGAGAGGTGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCCAGCCACTTAAAAGGGATTATGATGTCCAGCTGGTTGAGGAG   
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>
 102104 CCATCCAGCCACTTAAAAGGGATTATGGTGTCCAGCTGGTTGAGGAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       GGTGCTGACACCTTTACGGCAAAAGTTAATATTGAAGTACAGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102154 ...CAGGGTGCTGACACCTTTACGGCAAAAGTTAATATTGAAGTACAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCTTCAGAACTAGCTATTGCTGCCATTGAAAAAAATGGTGGTGTTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107424 GGCTTCAGAACTAGCTATTGCTGCCATTGAAAAAAATGGTGGTGTTGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTACAGCCTTCTATGATCCAAGAAGTCTGG         ACATTGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107474 CTACAGCCTTCTATGATCCAAGAAGTCTGGGTA...TAGACATTGTATGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAACCTGTTCCATTCTTTCTTCGTGGACAACCCATTCCAAAAAGAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112110 AAACCTGTTCCATTCTTTCTTCGTGGACAACCCATTCCAAAAAGAATGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCACCAGAAGAACTGGTACCATATTACACTGATGCAAAGAACCGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112160 TCCACCAGAAGAACTGGTACCATATTACACTGATGCAAAGAACCGTGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCTGGCGGATCCTGCCAAATTTCCTGAAGCACGACTTGAACTCGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112210 ACCTGGCGGATCCTGCCAAATTTCCTGAAGCACGACTTGAACTCGCCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGTATGGTTATATCTTACCTGATATCACTAAAGATGAACTCTTCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112260 AAGTATGGTTATATCTTACCTGATATCACTAAAGATGAACTCTTCAAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTCTGTACTAGGAAGGATCCAAGGCAGATTTTCTTTGGTCTTGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112310 GCTCTGTACTAGGAAGGATCCAAGGCAGATTTTCTTTGGTCTTGCTCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GATGGGTGGTGAATATGGCCGATAAGAAAATCCTAAAACCTACAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112360 GATGGGTGGTGAATATGGCCGATAAGAAAATCCTAAAACCTACAGATGAA

    900     .    :    .    :
    865 AATCTCCTTAAGTATTATACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||
 112410 AATCTCCTTAAGTATTATACCTCA