seq1 = pF1KE0143.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE0143/gi568815589r_91114351.tfa (gi568815589r:91114351_91461889), 347539 bp

>pF1KE0143 930
>gi568815589r:91114351_91461889 (Chr9)

(complement)

1-262  (100001-100262)   100% ->
263-330  (105735-105802)   100% ->
331-418  (105920-106007)   100% ->
419-511  (163814-163906)   100% ->
512-568  (165813-165869)   100% ->
569-756  (240898-241085)   100% ->
757-807  (244563-244613)   100% ->
808-855  (245784-245831)   97% ->
856-930  (247465-247539)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGCGGTGGCGGCGGCACCTGGGGCCTTGGGATCCCTGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCGCGGTGGCGGCGGCACCTGGGGCCTTGGGATCCCTGCATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCGGCGCCCGCCTGGTGGCCGCTTGCAGTGCGTGGCTCTGCCCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCGGCGCCCGCCTGGTGGCCGCTTGCAGTGCGTGGCTCTGCCCGGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGGCTGCCCGGCTCGTTGGCAGGCCGGCGAGCGGGCCCGGCGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGGCTGCCCGGCTCGTTGGCAGGCCGGCGAGCGGGCCCGGCGATCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCAGGGCTGGGTACCTGCGGCCGGGGGTCCCGCCCCGAAAAGGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCAGGGCTGGGTACCTGCGGCCGGGGGTCCCGCCCCGAAAAGGGGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCTCTGAGATGAAGACGGAGGACGAGCTGCGGGTGCGGCACCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCTCTGAGATGAAGACGGAGGACGAGCTGCGGGTGCGGCACCTGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGAGAACCGAG         GAATTGTGGTGCTTGGAATAAACAGAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGAGAACCGAGGTG...TAGGAATTGTGGTGCTTGGAATAAACAGAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGGCAAAAATTCACTCAGTAAAAATCTTATAAAAATG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105764 TATGGCAAAAATTCACTCAGTAAAAATCTTATAAAAATGGTG...TAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCAAAAGCTGTGGATGCTTTGAAATCTGATAAGAAAGTACGGACCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105922 ATCAAAAGCTGTGGATGCTTTGAAATCTGATAAGAAAGTACGGACCATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAATCAGGAGTGAAGTCCCAGGGATATTCTGTGCTG         CTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105972 TAATCAGGAGTGAAGTCCCAGGGATATTCTGTGCTGGTA...CAGCTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTCCAGTACCAACAATTGCAGCAATAGATGGACTCGCTTTAGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163819 CTTCCAGTACCAACAATTGCAGCAATAGATGGACTCGCTTTAGGTGGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTTGAACTGGCTTTAGCCTGTGATATACGAGTAGCAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 163869 TCTTGAACTGGCTTTAGCCTGTGATATACGAGTAGCAGGTA...TAGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTCTGCAAAAATGGGCCTGGTTGAAACAAAATTGGCGATTATTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165816 CCTCTGCAAAAATGGGCCTGGTTGAAACAAAATTGGCGATTATTCCTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAG         GGGGGACACAGCGATTGCCACGCGCCATTGGAATGTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165866 GGAGGTA...CAGGGGGGACACAGCGATTGCCACGCGCCATTGGAATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTGGCCAAGGAGCTCATATTCTCTGCGCGAGTCCTCGATGGCAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240935 CCTGGCCAAGGAGCTCATATTCTCTGCGCGAGTCCTCGATGGCAAAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAAAGCAGTGGGCTTAATCAGCCACGTTCTGGAACAGAACCAGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240985 CCAAAGCAGTGGGCTTAATCAGCCACGTTCTGGAACAGAACCAGGAGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACGCGGCCTACAGGAAGGCCTTGGACCTGGCGAGAGAGTTTTTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241035 GACGCGGCCTACAGGAAGGCCTTGGACCTGGCGAGAGAGTTTTTACCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 G         GGACCTGTTGCAATGAGAGTGGCAAAATTAGCAATTAATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241085 GGTA...TAGGGACCTGTTGCAATGAGAGTGGCAAAATTAGCAATTAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGGGATGGAG         GTCGATTTAGTAACAGGGTTGGCCATAGAA
        |||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||| |||||||||
 244603 AAGGGATGGAGGTA...CAGGTCGATTTAGTAACAGGGTTAGCCATAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAGCTTGTTATGCTCAG         ACCATTCCAACAAAAGACAGACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 245814 GAAGCTTGTTATGCTCAGGTA...TAGACCATTCCAACAAAAGACAGACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAAGGTCTTCTTGCTTTTAAAGAGAAAAGGCCCCCTCGCTATAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247488 TGAAGGTCTTCTTGCTTTTAAAGAGAAAAGGCCCCCTCGCTATAAAGGAG

   1000 
    929 AA
        ||
 247538 AA