seq1 = pF1KE0140.tfa, 855 bp
seq2 = pF1KE0140/gi568815595f_119398734.tfa (gi568815595f:119398734_119623753), 225020 bp

>pF1KE0140 855
>gi568815595f:119398734_119623753 (Chr3)

1-194  (100001-100194)   100% ->
195-360  (101962-102127)   99% ->
361-449  (104799-104887)   100% ->
450-517  (105221-105288)   100% ->
518-596  (114908-114986)   100% ->
597-707  (118472-118582)   100% ->
708-855  (124873-125020)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGCCGCCACCGGCACCGCGGAGCTTTCTCTGTAGAGCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTGCCGCCACCGGCACCGCGGAGCTTTCTCTGTAGAGCATTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTATTTCCCCGAGTCTTTGCTGCCGAAGCTGTGACTGCCGATTCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTATTTCCCCGAGTCTTTGCTGCCGAAGCTGTGACTGCCGATTCGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTTGAGGAGCGTCAGAAGCGGCTTCCCTACGTCCCAGAGCCCTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTTGAGGAGCGTCAGAAGCGGCTTCCCTACGTCCCAGAGCCCTATTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGAATCTGGATGGGACCGCCTCCGGGAGCTGTTTGGCAAAGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100151 CCGGAATCTGGATGGGACCGCCTCCGGGAGCTGTTTGGCAAAGAGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195    TGAACAGCAGAGAATTTCAAAGGACCTTGCTAATATCTGTAAGACGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101959 TAGTGAACAGCAGAGAATTTCAAAGGACCTTGCTAATATCTGTAAGACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGCTACAGCAGGCATCATTGGCTGGGTGTATGGGGGAATACCAGCTTTT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102009 CAGCTACAGCAGGCATCATTGGCTGGGTGTATGGGGGAATACCAGCTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTCATGCTAAACAACAATACATTGAGCAGAGCCAGGCAGAAATTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102059 ATTCATGCTAAACAACAATACATTGAGCAGAGCCAGGCAGAAATTTATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAACCGGTTTGATGCTGTG         CAATCTGCACATCGTGCTGCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102109 TAACCGGTTTGATGCTGTGGTA...TAGCAATCTGCACATCGTGCTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACGAGGCTTCATTCGTTATGGCTGGCGCTGGGGTTGGAGAACTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104821 CACGAGGCTTCATTCGTTATGGCTGGCGCTGGGGTTGGAGAACTGCAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGTGACTATATTCAA         CACAGTGAACACTAGTCTGAATGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104871 TTTGTGACTATATTCAAGTA...CAGCACAGTGAACACTAGTCTGAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATACCGAAATAAAGATGCCTTAAGCCATTTTGTAATTGCAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105245 ATACCGAAATAAAGATGCCTTAAGCCATTTTGTAATTGCAGGAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518    CTGTCACGGGAAGTCTTTTTAGGATAAACGTAGGCCTGCGTGGCCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114905 TAGCTGTCACGGGAAGTCTTTTTAGGATAAACGTAGGCCTGCGTGGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGCTGGTGGCATAATTGGAGCCTTGCTGGG         CACTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114955 GTGGCTGGTGGCATAATTGGAGCCTTGCTGGGGTA...CAGCACTCCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGAGGCCTGCTGATGGCATTTCAGAAGTACTCTGGTGAGACTGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118481 AGGAGGCCTGCTGATGGCATTTCAGAAGTACTCTGGTGAGACTGTTCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAGAAAACAGAAGGATCGAAAGGCACTCCATGAGCTAAAACTGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118531 AAAGAAAACAGAAGGATCGAAAGGCACTCCATGAGCTAAAACTGGAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TG         GAAAGGCAGACTACAAGTTACTGAGCACCTCCCTGAGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118581 TGGTA...CAGGAAAGGCAGACTACAAGTTACTGAGCACCTCCCTGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AATTGAAAGTAGTTTACAGGAAGATGAACCTGAGAATGATGCTAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124912 AATTGAAAGTAGTTTACAGGAAGATGAACCTGAGAATGATGCTAAGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGAAGCACTGCTAAACCTTCCTAGAAACCCTTCAGTAATAGATAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124962 TTGAAGCACTGCTAAACCTTCCTAGAAACCCTTCAGTAATAGATAAACAA

    900     .
    847 GACAAGGAC
        |||||||||
 125012 GACAAGGAC