seq1 = pF1KE0139.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE0139/gi568815592f_159690588.tfa (gi568815592f:159690588_159898120), 207533 bp

>pF1KE0139 540
>gi568815592f:159690588_159898120 (Chr6)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-239  (100353-100539)   99% ->
240-471  (106700-106931)   100% ->
472-540  (107465-107533)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTTCGGTCGCGGTTTTGGGGGTTGTTCTCGGTTTGCAGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTTCGGTCGCGGTTTTGGGGGTTGTTCTCGGTTTGCAGGAACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TG         GGTGCAGGTTCGCAGCCCTGTCAACCAGCTCCGAGCCGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTA...CAGGGTGCAGGTTCGCAGCCCTGTCAACCAGCTCCGAGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCGAAACCTGAAGTGGACCCTGTGGAAAATGAAGCTGTCGCCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100392 CAGCGAAACCTGAAGTGGACCCTGTGGAAAATGAAGCTGTCGCCCCAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACCAACCGGAACCCCCGGAACCTGGAGCTTTTGTCTGTAGCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100442 TTCACCAACCGGAACCCCCGGAACCTGGAGCTTTTATCTGTAGCCAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGCGGGGCTGGCGGACGGTGTTTCCCTCCCGTGAGTTCTGGCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100492 AGAGCGGGGCTGGCGGACGGTGTTTCCCTCCCGTGAGTTCTGGCACAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        GTTGCGAGTTATAAGGACTCAGCATCATGTAGAAGCACTTGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100542 A...TAGGTTGCGAGTTATAAGGACTCAGCATCATGTAGAAGCACTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCATCAGAATGGCAAGGTTGTGGTTTCGGCCTCCACTCGTGAGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106743 GAGCATCAGAATGGCAAGGTTGTGGTTTCGGCCTCCACTCGTGAGTGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATTAAAAAGCACCTTTATAGTACCAGAAATGTGGTGGCTTGTGAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106793 TATTAAAAAGCACCTTTATAGTACCAGAAATGTGGTGGCTTGTGAGAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGACGAGTGCTGGCACAGAGATGCTTAGAGGCGGGAATCAACTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106843 TAGGACGAGTGCTGGCACAGAGATGCTTAGAGGCGGGAATCAACTTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCTACCAACCAACCCCGTGGGAGGCAGCCTCAGACTCG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106893 GTCTACCAACCAACCCCGTGGGAGGCAGCCTCAGACTCGGTA...CAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAACGACTACAAAGTGCCATGACAGAAGGTGGTGTGGTTCTACGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107467 GAAACGACTACAAAGTGCCATGACAGAAGGTGGTGTGGTTCTACGGGAAC

    550     .    :    .
    524 CTCAGAGAATCTATGAA
        |||||||||||||||||
 107517 CTCAGAGAATCTATGAA