seq1 = pF1KE0135.tfa, 1017 bp
seq2 = pF1KE0135/gi568815575f_154344236.tfa (gi568815575f:154344236_154550319), 206084 bp

>pF1KE0135 1017
>gi568815575f:154344236_154550319 (ChrX)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-196  (101398-101482)   100% ->
197-296  (101577-101676)   100% ->
297-442  (102180-102325)   100% ->
443-519  (104249-104325)   100% ->
520-586  (104455-104521)   100% ->
587-648  (104658-104719)   100% ->
649-725  (104986-105062)   100% ->
726-780  (105446-105500)   100% ->
781-829  (105648-105696)   100% ->
830-900  (105794-105864)   100% ->
901-1017  (105974-106087)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAATACAAGGGCGCCGCGAGCGAGGCCGGCCGCGCCATGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAATACAAGGGCGCCGCGAGCGAGGCCGGCCGCGCCATGCACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGAAGAAGCGGGAGAAGCAGCGCGAGCAGATGGAGCAGATGAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGAAGAAGCGGGAGAAGCAGCGCGAGCAGATGGAGCAGATGAAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCGCGGAG         GAGAACATCATGAAATCCAACATTGACAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATCGCGGAGGTG...CAGGAGAACATCATGAAATCCAACATTGACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGTTCTCTGCGCACTACGACGCGGTGGAGGCAGAGCTCAAGTCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101428 AAGTTCTCTGCGCACTACGACGCGGTGGAGGCAGAGCTCAAGTCCAGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGG         GTCTCGTGACCCTGAATGACATGAAGGCCAAGCAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101478 CGTGGGTG...AAGGTCTCGTGACCCTGAATGACATGAAGGCCAAGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCTCTGGTGAAGGAGCGGGAGAAGCAGCTGGCCAAGAAGGAGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101613 AGGCTCTGGTGAAGGAGCGGGAGAAGCAGCTGGCCAAGAAGGAGCAGTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGGAGCTGCAGAT         GAAGCTGGAGAAGCTTCGAGAGAAGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101663 AAGGAGCTGCAGATGTG...TAGGAAGCTGGAGAAGCTTCGAGAGAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCGTAAGAAGGAAGCCAAGCGGAAGATCTCCAGCCTGTCCTTCACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102207 GCGTAAGAAGGAAGCCAAGCGGAAGATCTCCAGCCTGTCCTTCACCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGAGGAAGAAGAGGGAGGCGAGGAGGAAGAGGAGGCGGCCATGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102257 AGGAGGAAGAAGAGGGAGGCGAGGAGGAAGAGGAGGCGGCCATGTATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGAGATGGAAAGGGAAG         AGATCACCACGAAGAAGAGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102307 GAGGAGATGGAAAGGGAAGGTG...CAGAGATCACCACGAAGAAGAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACTGGGGAAGAACCCAGACGTTGACACAAGCTTCTTGCCTGATCGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104271 ACTGGGGAAGAACCCAGACGTTGACACAAGCTTCTTGCCTGATCGAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGAG         GAGGAGGAGAATCGGCTTCGGGAAGAGCTGCGGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104321 GTGAGGTA...CAGGAGGAGGAGAATCGGCTTCGGGAAGAGCTGCGGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGTGGGAAGCCAAGCAGGAGAAGATCAAGA         GTGAGGAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104491 GAGTGGGAAGCCAAGCAGGAGAAGATCAAGAGTG...TAGGTGAGGAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CGAGATCACCTTCAGCTACTGGGATGGCTCTGGGCACCGGCGGACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 CGAGATCACCTTCAGCTACTGGGATGGCTCTGGGCACCGGCGGACAGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AG         ATGAGAAAGGGCAACACCATGCAGCAGTTCCTGCAGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104718 AGGTA...CAGATGAGAAAGGGCAACACCATGCAGCAGTTCCTGCAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCGCTCGAGATCCTTCGGAAAGACTTCAGTGAGCTGAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105025 GCGCTCGAGATCCTTCGGAAAGACTTCAGTGAGCTGAGGTG...CAGGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CGCAGGGGTGGAGCAGCTCATGTACATCAAGGAGGACTTGATCATCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105449 CGCAGGGGTGGAGCAGCTCATGTACATCAAGGAGGACTTGATCATCCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AC         CATCACAGCTTCTACGACTTCATCGTCACCAAGGCACGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105499 ACGTG...CAGCATCACAGCTTCTACGACTTCATCGTCACCAAGGCACGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGGAAGAGTG         GACCACTCTTCAACTTTGATGTTCATGACGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105687 GGGAAGAGTGGTG...CAGGACCACTCTTCAACTTTGATGTTCATGACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TGTGCGGTTGCTCAGTGACGCCACTGTGGAGAAGGATGAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105825 TGTGCGGTTGCTCAGTGACGCCACTGTGGAGAAGGATGAGGTA...TAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 CCCATGCAGGCAAGGTGGTGCTGAGGAGCTGGTACGAGAAGAACAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105975 CCCATGCAGGCAAGGTGGTGCTGAGGAGCTGGTACGAGAAGAACAAGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ATCTTTCCCGCCAGCCGCTGGGAACCCTACGACCCTGAAAAGAAGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106025 ATCTTTCCCGCCAGCCGCTGGGAACCCTACGACCCTGAAAAGAAGTGGGA

   1100     .    :    .
   1002 CAAGTACACGATCCGC
        |||||||||| |--|-
 106075 CAAGTACACGGT  G