seq1 = pF1KE0132.tfa, 738 bp
seq2 = pF1KE0132/gi568815575r_153600940.tfa (gi568815575r:153600940_153823244), 222305 bp

>pF1KE0132 738
>gi568815575r:153600940_153823244 (ChrX)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-193  (102273-102373)   100% ->
194-341  (107556-107703)   100% ->
342-477  (119151-119286)   100% ->
478-601  (120187-120310)   100% ->
602-702  (121138-121238)   100% ->
703-738  (122270-122305)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCTGCAGTGGACTGCAGTTGCCACCTTCCTCTATGCGGAGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTCTGCAGTGGACTGCAGTTGCCACCTTCCTCTATGCGGAGGTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTGTGTTGCTTCTCTGCATTCCCTTCATTTCTCCTAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 TGTTGTGTTGCTTCTCTGCATTCCCTTCATTTCTCCTAAAAGGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  ATGGCAGAAGATTTTCAAGTCCCGGCTGGTGGAGTTGTTAGTGTCCTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102272 GATGGCAGAAGATTTTCAAGTCCCGGCTGGTGGAGTTGTTAGTGTCCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCAACACCTTCTTTGTGGTTCTCATTGTCATCCTTGTGCTGTTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102322 GGCAACACCTTCTTTGTGGTTCTCATTGTCATCCTTGTGCTGTTGGTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CG         ATGCCGTGCGCGAAATTCGGAAGTATGATGATGTGACGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102372 CGGTG...CAGATGCCGTGCGCGAAATTCGGAAGTATGATGATGTGACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAAGGTGAACCTCCAGAACAATCCCGGGGCCATGGAGCACTTCCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107595 AAAAGGTGAACCTCCAGAACAATCCCGGGGCCATGGAGCACTTCCACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCTTTTCCGTGCCCAGAGGAATCTCTACATTGCTGGCTTTTCCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107645 AAGCTTTTCCGTGCCCAGAGGAATCTCTACATTGCTGGCTTTTCCTTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGTCCTT         CCTGCTTAGACGCCTGGTGACTCTCATTTCGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107695 GCTGTCCTTGTG...CAGCCTGCTTAGACGCCTGGTGACTCTCATTTCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCAGGCCACGCTGCTGGCCTCCAATGAAGCCTTTAAAAAGCAGGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119183 AGCAGGCCACGCTGCTGGCCTCCAATGAAGCCTTTAAAAAGCAGGCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTGCTAGTGAGGCGGCCAAGAAGTACATGGAGGAGAATGACCAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119233 AGTGCTAGTGAGGCGGCCAAGAAGTACATGGAGGAGAATGACCAGCTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAG         GGAGCTGCTGTTGACGGAGGCAAGTTGGATGTCGGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119283 GAAGGTG...CAGGGAGCTGCTGTTGACGGAGGCAAGTTGGATGTCGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCTGAGGTGAAGTTGGAGGAAGAGAACAGGAGCCTGAAGGCTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120224 ATGCTGAGGTGAAGTTGGAGGAAGAGAACAGGAGCCTGAAGGCTGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGAAGCTAAAGGACGAGCTGGCCAGCACTAAGCAAA         AACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120274 CAGAAGCTAAAGGACGAGCTGGCCAGCACTAAGCAAAGTG...AAGAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAGAAAGCTGAAAACCAGGTTCTGGCCATGCGGAAGCAGTCTGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121142 AGAGAAAGCTGAAAACCAGGTTCTGGCCATGCGGAAGCAGTCTGAGGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCACCAAGGAGTACGACCGCTTGCTGGAGGAGCACGCAAAGCTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121192 TCACCAAGGAGTACGACCGCTTGCTGGAGGAGCACGCAAAGCTGCAGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GCTGCAGTAGATGGTCCCATGGACAAGAAGGAAGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121242 ...CAGGCTGCAGTAGATGGTCCCATGGACAAGAAGGAAGAG