seq1 = pF1KE0129.tfa, 744 bp
seq2 = pF1KE0129/gi568815575r_153488368.tfa (gi568815575r:153488368_153699073), 210706 bp

>pF1KE0129 744
>gi568815575r:153488368_153699073 (ChrX)

(complement)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-296  (102887-103070)   100% ->
297-429  (104395-104527)   100% ->
430-657  (106341-106568)   100% ->
658-744  (110620-110706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCCCCGGAGGGCGGCGGAGGGGGGCCTGCAGCGCGGGGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCCCCGGAGGGCGGCGGAGGGGGGCCTGCAGCGCGGGGCCCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGCAGCCGGCGCCCGAAGCCAGGGTGCACTTCCGAGTGGCGAGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGCAGCCGGCGCCCGAAGCCAGGGTGCACTTCCGAGTGGCGAGGTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATGGAGGCAG         GTGTCAAGCTAGGGATGCGGTCCATTCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATGGAGGCAGGTA...CAGGTGTCAAGCTAGGGATGCGGTCCATTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGCCACTGCTTGCACCATTTACCATAAGTTCTTTTGCGAGACCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102916 ATTGCCACTGCTTGCACCATTTACCATAAGTTCTTTTGCGAGACCAACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACGCCTATGACCCTTACCTGATTGCCATGTCTTCAATTTACTTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102966 GGACGCCTATGACCCTTACCTGATTGCCATGTCTTCAATTTACTTGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAAGTGGAAGAGCAGCACCTGCGGACTCGTGACATCATCAATGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103016 GCAAAGTGGAAGAGCAGCACCTGCGGACTCGTGACATCATCAATGTGTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACAG         GTACTTTAACCCAAGCGGTGAGCCCCTGGAATTGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103066 AACAGGTA...CAGGTACTTTAACCCAAGCGGTGAGCCCCTGGAATTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCCGCTTCTGGGAACTCCGGGACAGCATCGTGCAGTGTGAGCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104431 CTCCCGCTTCTGGGAACTCCGGGACAGCATCGTGCAGTGTGAGCTTCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTGAGAGTTCTGCGCTTCCAGGTCTCCTTCCAGCATCCACACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104481 TGCTGAGAGTTCTGCGCTTCCAGGTCTCCTTCCAGCATCCACACAAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       TACCTGCTCCACTACCTGGTTTCCCTCCAGAACTGGCTGAACCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104531 ...CAGTACCTGCTCCACTACCTGGTTTCCCTCCAGAACTGGCTGAACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCACAGCTGGCAGCGGACCCCTGTTGCCGTCACCGCCTGGGCCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106385 CCACAGCTGGCAGCGGACCCCTGTTGCCGTCACCGCCTGGGCCCTGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGACAGCTACCATGGGGCGCTGTGCCTCCGCTTCCAGGCCCAGCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106435 GGGACAGCTACCATGGGGCGCTGTGCCTCCGCTTCCAGGCCCAGCACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCGTGGCGGTGCTCTACCTGGCCCTGCAGGTCTACGGAGTTGAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106485 GCCGTGGCGGTGCTCTACCTGGCCCTGCAGGTCTACGGAGTTGAGGTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGCCGAGGTCGAGGCTGAGAAGCCGTGGTGGCAG         GTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106535 CGCCGAGGTCGAGGCTGAGAAGCCGTGGTGGCAGGTG...TAGGTGTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGACGACCTTACCAAGCCAATCATTGATAATATTGTGTCTGATCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110627 ATGACGACCTTACCAAGCCAATCATTGATAATATTGTGTCTGATCTCATT

    750     .    :    .    :    .    :
    715 CAGATTTATACCATGGACACAGAGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 110677 CAGATTTATACCATGGACACAGAGATCCCC