seq1 = pF1KE0124.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KE0124/gi568815580f_34941540.tfa (gi568815580f:34941540_35240366), 298827 bp

>pF1KE0124 981
>gi568815580f:34941540_35240366 (Chr18)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-250  (128656-128783)   100% ->
251-396  (155907-156052)   100% ->
397-610  (160407-160620)   100% ->
611-750  (185409-185548)   99% ->
751-909  (190493-190651)   100% ->
910-981  (198756-198827)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGGCCGACCCAAACCCTGTCCCCAAATGGCGAGAACAACAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGGCCGACCCAAACCCTGTCCCCAAATGGCGAGAACAACAACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATCCAGGATAATAACGGGACCATCATTCCTTTCCGGAAGCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCATCCAGGATAATAACGGGACCATCATTCCTTTCCGGAAGCACACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGCGGGGAGCGTTCCTACAG         TTGGGGAATGGCGGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 TGCGCGGGGAGCGTTCCTACAGGTA...TAGTTGGGGAATGGCGGTCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTATTCTACCTCGATAACCCAAGAGACTATGAGCAGACATGACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128675 GTGTATTCTACCTCGATAACCCAAGAGACTATGAGCAGACATGACATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCATGGGTTAATGACATAGTATCTTTAAACTACACAAAAGTGGAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128725 TGCATGGGTTAATGACATAGTATCTTTAAACTACACAAAAGTGGAACAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTGTTCAG         GAGCGGCCTATTGCCAATTCATGGACATGCTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 128775 TTTGTTCAGGTA...CAGGAGCGGCCTATTGCCAATTCATGGACATGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCCTGGCTGCATTAGTTTGAAGAAAGTAAAATTTCAAGCAAAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155939 TTCCCTGGCTGCATTAGTTTGAAGAAAGTAAAATTTCAAGCAAAGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACATGAATATATTCACAATTTTAAACTTCTGCAAGCATCATTTAAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155989 ACATGAATATATTCACAATTTTAAACTTCTGCAAGCATCATTTAAGCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAACGTTGATAAG         GTAATTCCAGTGGAGAAGCTAGTGAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 156039 TGAACGTTGATAAGGTA...CAGGTAATTCCAGTGGAGAAGCTAGTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGACGTTTCCAGGACAACCTGGATTTTATTCAATGGTTTAAGAAATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160434 GGACGTTTCCAGGACAACCTGGATTTTATTCAATGGTTTAAGAAATTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGCTAACTACGATGGGAAGGAGTATGATCCTGTAGAGGCACGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160484 TGATGCTAACTACGATGGGAAGGAGTATGATCCTGTAGAGGCACGACAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCAAGATGCAATTCCTCCTCCTGACCCTGGTGAACAGATCTTCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160534 GGCAAGATGCAATTCCTCCTCCTGACCCTGGTGAACAGATCTTCAACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCAAAAAAGTCTCACCATGCAAACTCCCCCACAGCAG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 160584 CCAAAAAAGTCTCACCATGCAAACTCCCCCACAGCAGGTA...CAGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCTAAATCAAGTCCAGCAGCTAAACCAGGATCCACACCTTCTCGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185413 AGCTAAATCAAGTCCAGCAGCTAAACCAGGATCCACACCTTCTCGACCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CATCAACCAAAAGGGCTTCTTCCAGTGGCTCAGCATCCAAATCCGATAAA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185463 CATCAGCCAAAAGGGCTTCTTCCAGTGGCTCAGCATCCAAATCCGATAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GATTTAGAAACGCAGGTCATACAGCTTAATGAACAG         GTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 185513 GATTTAGAAACGCAGGTCATACAGCTTAATGAACAGGTA...CAGGTACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTCATTAAAACTTGCCCTTGAAGGCGTGGAAAAGGAAAGGGATTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190498 TTCATTAAAACTTGCCCTTGAAGGCGTGGAAAAGGAAAGGGATTTCTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGGGAAGTTGAGAGAGATCGAGCTACTCTGCCAAGAACACGGGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190548 TTGGGAAGTTGAGAGAGATCGAGCTACTCTGCCAAGAACACGGGCAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATGATGACCTCGTGCAGAGACTAATGGACATCCTGTATGCTTCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190598 AATGATGACCTCGTGCAGAGACTAATGGACATCCTGTATGCTTCAGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACAC         GAGGGCCACACAGAAGAGCCGGAAGCAGAGGAGCAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190648 ACACGTA...CAGGAGGGCCACACAGAAGAGCCGGAAGCAGAGGAGCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    947 CCCACGAACAGCAGCCCCCGCAGCAGGAAGAGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198793 CCCACGAACAGCAGCCCCCGCAGCAGGAAGAGTAC