seq1 = pF1KE0122.tfa, 795 bp
seq2 = pF1KE0122/gi568815589f_128222859.tfa (gi568815589f:128222859_128433642), 210784 bp

>pF1KE0122 795
>gi568815589f:128222859_128433642 (Chr9)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-202  (100158-100289)   99% ->
203-299  (102285-102381)   100% ->
300-402  (102921-103023)   100% ->
403-532  (109295-109424)   100% ->
533-626  (109992-110085)   100% ->
627-795  (110616-110784)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACTCTGCTGCGCCCTGTCCTCCGTCGGCTCTGCGGGCTCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACTCTGCTGCGCCCTGTCCTCCGTCGGCTCTGCGGGCTCCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTACAGCGGCCTGCGGCAG         AAATGCCCCTCCGGGCTAGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CCTACAGCGGCCTGCGGCAGGCA...CAGAAATGCCCCTCCGGGCTAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGACGGCGCCGGCCCGCTATACTCGCACCACCTCCCCACCTCCCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100179 GCGACGGCGCCGGCCCGCTATACTCGCACCACCTCCCCACCTCCCCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGAAAGCGCTGTTGGCCGCCGGCTCCGCGGCGATGGCGCTCTATAACCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100229 CAGAAAGGGCTGTTGGCCGCCGGCTCCGCGGCGATGGCGCTCTATAACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACCGCCACG         ACATGGTCGCAGTTCTAGGGGAGACCACAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100279 CTACCGCCACGGTA...CAGACATGGTCGCAGTTCTAGGGGAGACCACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACACCGCACCCTGAAGGTCCTCAGGGACCAGATGAGGAGGGATCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102315 GACACCGCACCCTGAAGGTCCTCAGGGACCAGATGAGGAGGGATCCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTGCCCAGATCCTGCA         GGAGCGTCCCCGGATTTCGACATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102365 GGTGCCCAGATCCTGCAGTA...CAGGGAGCGTCCCCGGATTTCGACATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACCCTCGACCTGGGCAAGCTCCAGAGCCTGCCGGAAGGCTCCCTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102945 CACCCTCGACCTGGGCAAGCTCCAGAGCCTGCCGGAAGGCTCCCTCGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCGAGTATCTCCGTTTCCTGGATGTGAAC         AGGGTCTCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102995 GCGAGTATCTCCGTTTCCTGGATGTGAACGTG...CAGAGGGTCTCCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACACCCGAGCACCCACCCGCTTCGTGGATGATGAGGAGCTAGCGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109307 GACACCCGAGCACCCACCCGCTTCGTGGATGATGAGGAGCTAGCGTATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATTCAGCGGTACCGGGAGGTGCACGACATGCTTCACACCCTGCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109357 GATTCAGCGGTACCGGGAGGTGCACGACATGCTTCACACCCTGCTGGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCCCACCAACATCCTGG         GGGAGATCGTGGTGAAATGGTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109407 TGCCCACCAACATCCTGGGTG...CAGGGGAGATCGTGGTGAAATGGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGCTGTCCAGACTGGCCTGCCCATGTGCATCCTGGGTGCATTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110015 GAGGCTGTCCAGACTGGCCTGCCCATGTGCATCCTGGGTGCATTCTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACCGATCCGACTTGGCGCTCA         GAGCCTGCAAGTGCTGGTCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110065 ACCGATCCGACTTGGCGCTCAGTA...CAGGAGCCTGCAAGTGCTGGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGGAGTTGATCCCATGGGCCGTTCAGAACGGGCGCAGAGCCCCATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110636 CGGAGTTGATCCCATGGGCCGTTCAGAACGGGCGCAGAGCCCCATGTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCAACCTGTACTATGAGCGGCGCTGGGAGCAGTCCCTGAGGGCTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110686 CTCAACCTGTACTATGAGCGGCGCTGGGAGCAGTCCCTGAGGGCTCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    747 GGAGGAGCTGGGCATTACAGCACCACCCATGCACGTCCAGGGCTTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110736 GGAGGAGCTGGGCATTACAGCACCACCCATGCACGTCCAGGGCTTGGCC