seq1 = pF1KE0116.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KE0116/gi568815597f_151440367.tfa (gi568815597f:151440367_151681704), 241338 bp

>pF1KE0116 1170
>gi568815597f:151440367_151681704 (Chr1)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-135  (121725-121799)   100% ->
136-237  (122219-122320)   100% ->
238-324  (123538-123624)   100% ->
325-414  (124159-124248)   100% ->
415-480  (125797-125862)   100% ->
481-594  (129291-129404)   100% ->
595-723  (133904-134032)   100% ->
724-818  (134545-134639)   100% ->
819-924  (138355-138460)   100% ->
925-1008  (139283-139366)   100% ->
1009-1109  (140576-140676)   100% ->
1110-1170  (141278-141338)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGGACGCGGAACTGGTGTACCCTGGTGGACGTGCACCCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGGGACGCGGAACTGGTGTACCCTGGTGGACGTGCACCCAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGCGGCG         GGCAGCGTGGACATTCTCAGGCTGACTCTCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGCGGCGGTA...TAGGGCAGCGTGGACATTCTCAGGCTGACTCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGGTGAACTGACAGGAGATGAACTTGAACACATAGCCCAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121756 AGGGTGAACTGACAGGAGATGAACTTGAACACATAGCCCAGAAGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    GCGGGCAGGAAGACCTATGCCATGGTGTCCAGCCACTCAGCTGGTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122216 CAGGCGGGCAGGAAGACCTATGCCATGGTGTCCAGCCACTCAGCTGGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCTCTGGCTTCAGAACTGGTGGAGTCCCATGATGGACATGAGGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122266 TTCTCTGGCTTCAGAACTGGTGGAGTCCCATGATGGACATGAGGAGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAAG         GTGTACTTGAAGGGGAGGTCTGGAGACAAGATGATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122316 TTAAGGTA...CAGGTGTACTTGAAGGGGAGGTCTGGAGACAAGATGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACGAGAAGAATATTAACCAGCTGAAGAGTGAGGTCCAGTACATCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123574 CACGAGAAGAATATTAACCAGCTGAAGAGTGAGGTCCAGTACATCCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 G         GCCAGGAACTGCCTACAGAAGCTCCGGGAGGATATAAGTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123624 GGTG...CAGGCCAGGAACTGCCTACAGAAGCTCCGGGAGGATATAAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCAAGCTTGACAGGAACCTAGGAGATTCTCTCCATCGACAGGAGATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124199 GCAAGCTTGACAGGAACCTAGGAGATTCTCTCCATCGACAGGAGATACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415          GTGGTGCTAGAAAAGCCAAATGGCTTTAGTCAGAGTCCCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124249 GTA...CAGGTGGTGCTAGAAAAGCCAAATGGCTTTAGTCAGAGTCCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCCCTGTACAGCAGCCCACCTGAG         GTGGACACCTGTATAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 125838 AGCCCTGTACAGCAGCCCACCTGAGGTA...TAGGTGGACACCTGTATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATGAGGATGTTGAGAGCTTGAGGAAGACGGTGCAGGACTTGCTGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129307 ATGAGGATGTTGAGAGCTTGAGGAAGACGGTGCAGGACTTGCTGGCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTCAGGAGGCCAAGCGGCAACACCAGTCAGACTGTGTGGCTTTTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129357 CTTCAGGAGGCCAAGCGGCAACACCAGTCAGACTGTGTGGCTTTTGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595        GTCACACTCAGCCGGTACCAGAGGGAAGCAGAACAAAGTAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129407 G...TAGGTCACACTCAGCCGGTACCAGAGGGAAGCAGAACAAAGTAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGCCCTTCAGAGAGAGGAGGACAGAGTGGAGCAGAAAGAGGCAGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133947 TGGCCCTTCAGAGAGAGGAGGACAGAGTGGAGCAGAAAGAGGCAGAAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGAGAGCTGCAGAGGCGCTTGCTAGGGATGGAGACG         GAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 133997 GGAGAGCTGCAGAGGCGCTTGCTAGGGATGGAGACGGTA...CAGGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCAGGCCTTACTGGCGAAAGTGAGGGAAGGGGAGGTGGCCCTAGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134550 TCAGGCCTTACTGGCGAAAGTGAGGGAAGGGGAGGTGGCCCTAGAGGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTCGGAGCAACAATGCTGACTGCCAAGCAGAACGAGAAAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 134600 TTCGGAGCAACAATGCTGACTGCCAAGCAGAACGAGAAAAGTA...CAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCTGCTACCCTGGAAAAGGAAGTGGCCGGGTTGCGGGAGAAGATCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138356 GCTGCTACCCTGGAAAAGGAAGTGGCCGGGTTGCGGGAGAAGATCCACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTTGGATGACATGCTCAAGAGCCAGCAGCGGAAAGTCCGGCAAATGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138406 CTTGGATGACATGCTCAAGAGCCAGCAGCGGAAAGTCCGGCAAATGATAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGCAG         CTCCAGAATTCAAAAGCTGTGATCCAGTCAAAGGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138456 AGCAGGTA...CAGCTCCAGAATTCAAAAGCTGTGATCCAGTCAAAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCCACCATCCAGGAGCTCAAGGAGAAAATCGCCTATCTGGAGGCAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 139319 GCCACCATCCAGGAGCTCAAGGAGAAAATCGCCTATCTGGAGGCAGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1009        AATTTAGAGATGCATGACCGGATGGAACACCTGATAGAAAAAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139369 G...CAGAATTTAGAGATGCATGACCGGATGGAACACCTGATAGAAAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AAATCAGTCATGGCAACTTCAGCACCCAGGCCCGGGCCAAGACAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140619 AAATCAGTCATGGCAACTTCAGCACCCAGGCCCGGGCCAAGACAGAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCGGGCAG         TATTAGGATATCCAAGCCGCCTAGCCCGAAGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 140669 CCGGGCAGGTG...CAGTATTAGGATATCCAAGCCGCCTAGCCCGAAGCC

   1250     .    :    .    :    .
   1143 CATGCCTGTCATCCGAGTGGTGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 141311 CATGCCTGTCATCCGAGTGGTGGAAACC