seq1 = pF1KE0115.tfa, 684 bp
seq2 = pF1KE0115/gi568815586f_71564510.tfa (gi568815586f:71564510_71777105), 212596 bp

>pF1KE0115 684
>gi568815586f:71564510_71777105 (Chr12)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-267  (109694-109889)   100% ->
268-684  (112180-112596)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGACCAATTGCGCTGCGGCGGGCTGTGCCACTACCTACAACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGACCAATTGCGCTGCGGCGGGCTGTGCCACTACCTACAACAAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTAACATCAGCTTCCACAG         GTTTCCTTTGGATCCTAAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 CATTAACATCAGCTTCCACAGGTA...AAGGTTTCCTTTGGATCCTAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAGAAAAGAATGGGTTCGCCTGGTTAGGCGCAAAAATTTTGTGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109714 GAAGAAAAGAATGGGTTCGCCTGGTTAGGCGCAAAAATTTTGTGCCAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAACACACTTTTCTTTGTTCAAAGCACTTTGAAGCCTCCTGTTTTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109764 AAACACACTTTTCTTTGTTCAAAGCACTTTGAAGCCTCCTGTTTTGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACAGGACAAACTCGACGACTTAAAATGGATGCTGTTCCAACCATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109814 AACAGGACAAACTCGACGACTTAAAATGGATGCTGTTCCAACCATTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTTTGTACCCATATAAAGTCTATG         AAACTCAAGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109864 ATTTTTGTACCCATATAAAGTCTATGGTA...CAGAAACTCAAGTCAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATCTTTTGAAGAAAAACAACAGTTGTTCTCCAGCTGGACCATCTAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112195 AATCTTTTGAAGAAAAACAACAGTTGTTCTCCAGCTGGACCATCTAATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAATCAAACATTAGTAGTCAGCAAGTACTACTTGAACACAGCTATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112245 AAAATCAAACATTAGTAGTCAGCAAGTACTACTTGAACACAGCTATGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAGGAATCCTATGGAGGCAAAAAAGAGGATCATTAAACTGGAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112295 TTAGGAATCCTATGGAGGCAAAAAAGAGGATCATTAAACTGGAAAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATAGCAAGCTTAAGAAGAAAAATGAAAACTTGCCTACAAAAGGAACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112345 ATAGCAAGCTTAAGAAGAAAAATGAAAACTTGCCTACAAAAGGAACGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCAACTCGAAGATGGATCAAAGCCACGTGTTTGGTAAAGAATTTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112395 AGCAACTCGAAGATGGATCAAAGCCACGTGTTTGGTAAAGAATTTAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAAATAGTGTATTACCTAAAGGTACATCAGAACACATGTTACCAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112445 CAAATAGTGTATTACCTAAAGGTACATCAGAACACATGTTACCAACTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTAAGCAGTCTTCCCTTGGAAGATTTTAAGATCCTTGAACAAGATCAACA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112495 TTAAGCAGTCTTCCTTTGGAAGATTTTAAGATCCTTGAACAAGATCAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGATAAAACACTGCTAAGTCTAAATCTAAAACAGACCAAGAGTACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112545 AGATAAAACACTGCTAAGTCTAAATCTAAAACAGACCAAGAGTACCTTCA

    700 
    683 TT
        ||
 112595 TT