seq1 = pF1KE0104.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KE0104/gi568815593r_103450864.tfa (gi568815593r:103450864_103660248), 209385 bp

>pF1KE0104 1386
>gi568815593r:103450864_103660248 (Chr5)

(complement)

1-206  (100001-100206)   100% ->
207-796  (100781-101370)   99% ->
797-964  (104151-104318)   99% ->
965-1078  (105396-105509)   100% ->
1079-1278  (107833-108032)   100% ->
1279-1386  (109278-109385)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTCTGTAAAAAGAAGTCTGAAGCAAGAAATAGTTACTCAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTCTGTAAAAAGAAGTCTGAAGCAAGAAATAGTTACTCAGTTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTTCAGCTGCTGAAGGAGATATTGCCAAGTTAACAGGAATACTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTTCAGCTGCTGAAGGAGATATTGCCAAGTTAACAGGAATACTCAGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTCTCCATCTCTTCTCAATGAAACTTCTGAAAATGGCTGGACTGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTCTCCATCTCTTCTCAATGAAACTTCTGAAAATGGCTGGACTGCTTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTATGCGGCAAGGAATGGGCACCCAGAGATAGTCCAATTTCTGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTATGCGGCAAGGAATGGGCACCCAGAGATAGTCCAATTTCTGCTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAGG         GTGTGACAGATCAATTGTCAATAAATCAAGGCAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAGGGTA...TAGGTGTGACAGATCAATTGTCAATAAATCAAGGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCACTGGATATTGCTGTATTTTGGGGTTATAAGCATATAGCTAATTTA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100816 CTGCACTGGACATTGCTGTATTTTGGGGTTATAAGCATATAGCTAATTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTAGCTACTGCTAAAGGTGGGAAGAAGCCTTGGTTCCTAACGAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100866 CTAGCTACTGCTAAAGGTGGGAAGAAGCCTTGGTTCCTAACGAATGAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAAGAATGTGAAAATTATTTTAGCAAAACACTACTGGACCGGAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 GGAAGAATGTGAAAATTATTTTAGCAAAACACTACTGGACCGGAAAAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAAGAGGAATAATTCTGACTGGCTGCTAGCTAAAGAAAGCCATCCAGCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100966 AAAAGAGAAATAATTCTGACTGGCTGCTAGCTAAAGAAAGCCATCCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACAGTTTTTATTCTTTTCTCAGATTTAAATCCCTTGGTTACTCTAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101016 ACAGTTTTTATTCTTTTCTCAGATTTAAATCCCTTGGTTACTCTAGGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAATAAAGAAAGTTTCCAACAGCCAGAAGTTAGGCTTTGTCAGCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101066 CAATAAAGAAAGTTTCCAACAGCCAGAAGTTAGGCTTTGTCAGCTGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACACAGATATAAAGGATTATTTGGCCCAGCCTGAGAAGATCACCTTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101116 ACACAGATATAAAGGATTATTTGGCCCAGCCTGAGAAGATCACCTTGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTTCTTGGAGTAGAACTTGAAATAAAAGACAAACTACTTAATTATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101166 TTTCTTGGAGTAGAACTTGAAATAAAAGACAAACTACTTAATTATGCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGAAGTCCCGAGAGAGGAGGAAGATGGATTGGTTGCCTGGTTTGCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101216 TGAAGTCCCGAGAGAGGAGGAAGATGGATTGGTTGCCTGGTTTGCTCTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTATAGATCCTATTGCTGCTGAAGAATTCAAGCAAAGACATGAAAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101266 GTATAGATCCTATTGCTGCTGAAGAATTCAAGCAAAGACATGAAAATTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TACTTTCTTCATCCTCCTATGCCAGCCCTTCTGCAATTGAAAGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101316 TACTTTCTTCATCCTCCTATGCCAGCCCTTCTGCAATTGAAAGAAAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGCTG         GGGTTGTAGCTCAAGCAAGATCTGTTCTTGCCTGGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101366 AGCTGGTA...AAGGGGTTGTAGCTCAAGCAAGATCTGTTCTTGCCTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACAGTCGATACAAGTTTTGCCCAACCTGTGGAAATGCAACTAAAATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104187 ACAGTCGATACAAGTTTTGCCCAACCTGTGGAAATGCAACTAAAATTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAAGGTGGCTATAAGAGACTATGTTTAAAAGAAGACTGTCCTAGTCTCAA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 104237 GAAGGTGGCTATAAGAGATTATGTTTAAAAGAAGACTGTCCTAGTCTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGGCGTCCATAATACCTCATACCCAAGAGTTG         ATCCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104287 TGGCGTCCATAATACCTCATACCCAAGAGTTGGTA...CAGATCCAGTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TAATCATGCAAGTTATTCATCCAGATGGGACCAAATGCCTTTTAGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105405 TAATCATGCAAGTTATTCATCCAGATGGGACCAAATGCCTTTTAGGCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CAGAAAAGATTTCCCCCAGGCATGTTTACTTGCCTTGCTGGATTTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105455 CAGAAAAGATTTCCCCCAGGCATGTTTACTTGCCTTGCTGGATTTATTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCCTG         GAGAGACAATAGAAGATGCTGTTAGGAGAGAAGTAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105505 GCCTGGTA...TAGGAGAGACAATAGAAGATGCTGTTAGGAGAGAAGTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAGAGGAAAGTGGAGTCAAAGTTGGCCATGTTCAGTATGTTGCTTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107869 AAGAGGAAAGTGGAGTCAAAGTTGGCCATGTTCAGTATGTTGCTTGTCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCATGGCCAATGCCTTCCTCCTTAATGATTGGTTGCTTAGCTCTAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107919 CCATGGCCAATGCCTTCCTCCTTAATGATTGGTTGCTTAGCTCTAGCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GTCTACAGAAATTAAAGTTGACAAGAATGAAATAGAGGATGCCCGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107969 GTCTACAGAAATTAAAGTTGACAAGAATGAAATAGAGGATGCCCGCTGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TCACTAGAGAACAG         GTCCTGGATGTTCTGACCAAAGGGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108019 TCACTAGAGAACAGGTA...TAGGTCCTGGATGTTCTGACCAAAGGGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CAGCAGGCATTCTTTGTGCCACCAAGCCGAGCTATTGCACATCAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109305 CAGCAGGCATTCTTTGTGCCACCAAGCCGAGCTATTGCACATCAATTAAT

   1400     .    :    .    :    .    :
   1356 CAAACACTGGATTAGAATAAATCCTAATCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 109355 CAAACACTGGATTAGAATAAATCCTAATCTC