seq1 = pF1KE0103.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KE0103/gi568815595f_14029412.tfa (gi568815595f:14029412_14241792), 212381 bp

>pF1KE0103 1200
>gi568815595f:14029412_14241792 (Chr3)

13-162  (100001-100150)   100% ->
163-297  (101411-101545)   99% ->
298-392  (102169-102263)   100% ->
393-442  (103135-103184)   100% ->
443-512  (103455-103524)   98% ->
513-583  (104328-104398)   98% ->
584-705  (105359-105480)   100% ->
706-780  (105747-105821)   100% ->
781-882  (106396-106497)   100% ->
883-1000  (109769-109886)   100% ->
1001-1200  (112182-112381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 TATTCCAGTACCAGTACCCGGAGAGAACATGTCAAAGTTAAAACCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 TATTCCAGTACCAGTACCCGGAGAGAACATGTCAAAGTTAAAACCAGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 CCAGCCAGGCTTCCTGGAACGGCTGAGCGAGACCTCGGGTGGGATGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCCAGGCTTCCTGGAACGGCTGAGCGAGACCTCGGGTGGGATGTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 TGGGGCTCATGGCCTTCCTGCTCTCCTTCTACCTAATTTTCACCAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGCTCATGGCCTTCCTGCTCTCCTTCTACCTAATTTTCACCAATGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    163          GGCCGCGCATTGAAGACGGCAACCTCATTGGCTGAGGGGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTA...CAGGGCCGCGCATTGAAGACGGCAACCTCATTGGCTGAGGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    204 CTCGCTTGTGGTGTCTCCTGACAGCATCCACAGTGTGGCTCCGGAGAATG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 101452 CTCGCTTGTGGTGTCTCCCGACAGCATCCACAGTGTGGCTCCGGAGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    254 AAGGAAGGCTGGTGCACATCATTGGCGCCTTACGGACATCCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101502 AAGGAAGGCTGGTGCACATCATTGGCGCCTTACGGACATCCAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298    CTTTTGTCTGATCCAAACTATGGGGTCCATCTTCCGGCTGTGAAACT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102166 AAGCTTTTGTCTGATCCAAACTATGGGGTCCATCTTCCGGCTGTGAAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 GCGGAGGCACGTGGAGATGTACCAATGGGTAGAAACTGAGGAGTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102216 GCGGAGGCACGTGGAGATGTACCAATGGGTAGAAACTGAGGAGTCCAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    393        GGAGTACACCGAGGATGGGCAGGTGAAGAAGGAGACGAGGTAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102266 G...CAGGGAGTACACCGAGGATGGGCAGGTGAAGAAGGAGACGAGGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 TCCTACA         ACACTGAATGGAGGTCAGAAATCATCAACAGCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103178 TCCTACAGTG...CAGACACTGAATGGAGGTCAGAAATCATCAACAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    477 AAACTTCGACCGAGAGATTGGCCACAATAACCCCAG         TGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||
 103489 AAACTTCGACCGAGAGATTGGCCACAAAAACCCCAGGTG...CAGTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518 TGGCAGTGGAGTCATTCACGGCAACAGCCCCCTTTGTCCAAATTGGCAGG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 104333 TGGCAGTGGAGTCATTCATGGCAACAGCCCCCTTTGTCCAAATTGGCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568 TTTTTCCTCTCGTCAG         GCCTCATCGACAAAGTCGACAACTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104383 TTTTTCCTCTCGTCAGGTA...CAGGCCTCATCGACAAAGTCGACAACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609 CAAGTCCCTGAGCCTATCCAAGCTGGAGGACCCTCATGTGGACATCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105384 CAAGTCCCTGAGCCTATCCAAGCTGGAGGACCCTCATGTGGACATCATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659 GCCGTGGAGACTTTTTCTACCACAGCGAAAATCCCAAGTATCCAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105434 GCCGTGGAGACTTTTTCTACCACAGCGAAAATCCCAAGTATCCAGAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706       GTGGGAGACTTGCGTGTCTCCTTTTCCTATGCTGGACTGAGCGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105484 ...CAGGTGGGAGACTTGCGTGTCTCCTTTTCCTATGCTGGACTGAGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 CGATGACCCTGACCTGGGCCCAGCTCACGTG         GTCACTGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105791 CGATGACCCTGACCTGGGCCCAGCTCACGTGGTA...CAGGTCACTGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791 TTGCCCGGCAGCGGGGTGACCAGCTAGTCCCATTCTCCACCAAGTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106406 TTGCCCGGCAGCGGGGTGACCAGCTAGTCCCATTCTCCACCAAGTCTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 GATACCTTACTGCTCCTGCACCACGGGGACTTCTCAGCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106456 GATACCTTACTGCTCCTGCACCACGGGGACTTCTCAGCAGAGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883  GAGGTGTTTCATAGAGAACTAAGGAGCAACTCCATGAAGACCTGGGGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109768 GGAGGTGTTTCATAGAGAACTAAGGAGCAACTCCATGAAGACCTGGGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932 TGCGGGCAGCTGGCTGGATGGCCATGTTCATGGGCCTCAACCTTATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109818 TGCGGGCAGCTGGCTGGATGGCCATGTTCATGGGCCTCAACCTTATGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982 CGGATCCTCTACACCTTGG         TGGACTGGTTTCCTGTTTTCCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109868 CGGATCCTCTACACCTTGGGTA...CAGTGGACTGGTTTCCTGTTTTCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023 AGACCTGGTCAACATTGGCCTGAAAGCCTTTGCCTTCTGTGTGGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112204 AGACCTGGTCAACATTGGCCTGAAAGCCTTTGCCTTCTGTGTGGCCACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073 CGCTGACCCTGCTGACCGTGGCGGCTGGCTGGCTCTTCTACCGACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112254 CGCTGACCCTGCTGACCGTGGCGGCTGGCTGGCTCTTCTACCGACCCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1123 TGGGCCCTCCTCATTGCCGGCCTGGCCCTTGTGCCCATCCTTGTTGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112304 TGGGCCCTCCTCATTGCCGGCCTGGCCCTTGTGCCCATCCTTGTTGCTCG

   1250     .    :    .    :    .
   1173 GACACGGGTGCCAGCCAAAAAGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 112354 GACACGGGTGCCAGCCAAAAAGTTGGAG