seq1 = pF1KE0101.tfa, 546 bp
seq2 = pF1KE0101/gi568815586r_110392008.tfa (gi568815586r:110392008_110596204), 204197 bp

>pF1KE0101 546
>gi568815586r:110392008_110596204 (Chr12)

(complement)

1-195  (99999-100193)   98% ->
196-431  (102974-103209)   99% ->
432-546  (104083-104197)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGGTGTTGGTATTAGGAGATCTGCACATCCCACACCGGTGCAACAG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AAGTTGGTGTTGGTATTAGGAGATCTGCACATCCCACACCGGTGCAACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGCCAGCTAAATTCAAAAAACTCCTGGTGCCAGGAAAAATTCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TTTGCCAGCTAAATTCAAAAAACTCCTGGTGCCAGGAAAAATTCAGCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTCTGCACAGGAAACCTTTGCACCAAAGAGAGTTATGACTACCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100099 TTCTCTGCACAGGAAACCTTTGCACCAAAGAGAGTTATGACTATCTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTCTGGCTGGTGATGTTCATATTGTGAGAGGAGACTTCGATGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100149 ACTCTGGCTGGTGATGTTCATATTGTGAGAGGAGACTTCGATGAGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     AATCTGAATTATCCAGAACAGAAAGTTGTGACTGTTGGACAGTTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 .TAGAATCTGAATTATCCAGAACAGAAAGTTGTGACTGTTGGACAGTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAATTGGTCTGATCCATGGACATCAAGTTATTCCATGGGGAGATATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103020 AAATTGGTCTGATCCATGGACATCAAGTTATTCCATGGGGAGATATGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCTTAGCCCTGTTGCAGAGGCAATTTGATGTGGACATTCTTATCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103070 AGCTTAGCCCTGTTGCAGAGGCAATTTGATGTGGACATTCTTATCTCGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACACACACACAAATCTGAGGCATTTGAGCATGAAAATAAATTCTACATTA
        |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 103120 ACACACACACAAATTTGAAGCATTTGAGCATGAAAATAAATTCTACATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATCCAGGTTCTGCCACTGGGGCATATAATGCCTTGGAAAC         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103170 ATCCAGGTTCTGCCACTGGGGCATATAATGCCTTGGAAACGTG...TAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACATTATTCCATCATTTGTGTTGATGGATATCCAGGCTTCTACAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104084 AACATTATTCCATCATTTGTGTTGATGGATATCCAGGCTTCTACAGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACCTATGTGTATCAGCTAATTGGAGATGATGTGAAAGTAGAACGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104134 CACCTATGTGTATCAGCTAATTGGAGATGATGTGAAAGTAGAACGAATCG

    550     .    :
    533 AATACAAAAAACCT
        ||||||||||||||
 104184 AATACAAAAAACCT