seq1 = pF1KE0094.tfa, 1605 bp
seq2 = pF1KE0094/gi568815596f_31134622.tfa (gi568815596f:31134622_31366701), 232080 bp

>pF1KE0094 1605
>gi568815596f:31134622_31366701 (Chr2)

1-227  (100001-100227)   100% ->
228-404  (109653-109829)   100% ->
405-502  (114750-114847)   100% ->
503-915  (125889-126301)   100% ->
916-1080  (126928-127092)   100% ->
1081-1605  (131556-132080)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCAGCTGGCTGGGTACGGACGACCGCCGGAGGAAGGACCCCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCAGCTGGCTGGGTACGGACGACCGCCGGAGGAAGGACCCCGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCAGACGGTGAGTGAGGGGCTCAAGAAACTCTACAAGAGCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCAGACGGTGAGTGAGGGGCTCAAGAAACTCTACAAGAGCAAGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCTTGGAAGAGCATTACCGCTTCCACGAGTTCCACTCGCCCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCTTGGAAGAGCATTACCGCTTCCACGAGTTCCACTCGCCCGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGATGCCGACTTCGACAACAAGCCCATGGTTCTGCTGGTGGGCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGATGCCGACTTCGACAACAAGCCCATGGTTCTGCTGGTGGGCCAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCACTGGGAAGACCACCTTCATCAG         GTACCTGCTGGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100201 CTCCACTGGGAAGACCACCTTCATCAGGTG...TAGGTACCTGCTGGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGACTTCCCAGGCATGAGGATTGGGCCTGAGCCCACCACAGACTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109667 AGGACTTCCCAGGCATGAGGATTGGGCCTGAGCCCACCACAGACTCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTGCGGTGATGCAGGGAGACATGGAGGGGATCATCCCTGGGAACGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109717 ATTGCGGTGATGCAGGGAGACATGGAGGGGATCATCCCTGGGAACGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTGGTGGATCCCAAGAAACCCTTCAGGAAACTCAACGCCTTTGGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109767 GGTGGTGGATCCCAAGAAACCCTTCAGGAAACTCAACGCCTTTGGCAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTTCTTGAACAG         GTTCGTGTGTGCCCAGCTACCTAACCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109817 CCTTCTTGAACAGGTG...CAGGTTCGTGTGTGCCCAGCTACCTAACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGCTGGAGAGCATCAGCGTCATCGACACACCAGGGATCCTCTCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114778 GTGCTGGAGAGCATCAGCGTCATCGACACACCAGGGATCCTCTCTGGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAAGCAGAGGATCAGCCGGG         GGTATGACTTTGCAGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114828 GAAGCAGAGGATCAGCCGGGGTA...CAGGGTATGACTTTGCAGCTGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGAGTGGTTTGCCGAGCGGGTTGACCGCATCATTCTGCTCTTCGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125910 TTGAGTGGTTTGCCGAGCGGGTTGACCGCATCATTCTGCTCTTCGATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACAAACTGGACATCTCTGATGAGTTCTCAGAAGTCATCAAAGCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125960 CACAAACTGGACATCTCTGATGAGTTCTCAGAAGTCATCAAAGCCCTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAACCACGAGGACAAGATGCGAGTGGTGCTGAACAAAGCTGACCAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126010 GAACCACGAGGACAAGATGCGAGTGGTGCTGAACAAAGCTGACCAGATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGACGCAGCAGCTGATGCGGGTGTACGGGGCCCTCATGTGGTCCTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126060 AGACGCAGCAGCTGATGCGGGTGTACGGGGCCCTCATGTGGTCCTTGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAGATCGTGAACACCCCAGAGGTGATCCGGGTCTACATCGGCTCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126110 AAGATCGTGAACACCCCAGAGGTGATCCGGGTCTACATCGGCTCCTTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTCCCACCCCCTCCTCATCCCTGACAACCGGAAGCTCTTTGAGGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126160 GTCCCACCCCCTCCTCATCCCTGACAACCGGAAGCTCTTTGAGGCTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AACAGGACCTATTCAGGGACATCCAGAGTCTGCCCCGAAATGCTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126210 AACAGGACCTATTCAGGGACATCCAGAGTCTGCCCCGAAATGCTGCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGCAAGCTCAACGACCTCATCAAAAGGGCCAGGCTGGCCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 126260 CGCAAGCTCAACGACCTCATCAAAAGGGCCAGGCTGGCCAAGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    916  GTCCACGCCTACATCATCAGCTCTCTGAAGAAGGAGATGCCCTCGGTGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126927 GGTCCACGCCTACATCATCAGCTCTCTGAAGAAGGAGATGCCCTCGGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCGGGAAGGACAACAAGAAGAAGGAGCTGGTCAACAACCTGGCCGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126977 TCGGGAAGGACAACAAGAAGAAGGAGCTGGTCAACAACCTGGCCGAGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TATGGCCGGATCGAGCGGGAGCACCAGATCTCACCTGGGGACTTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127027 TATGGCCGGATCGAGCGGGAGCACCAGATCTCACCTGGGGACTTCCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TCTGAAGAGGATGCAG         GACCAGCTGCAGGCCCAGGACTTTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127077 TCTGAAGAGGATGCAGGTA...CAGGACCAGCTGCAGGCCCAGGACTTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCAAGTTCCAGCCGCTGAAGAGCAAGCTGCTGGAGGTAGTGGACGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131581 GCAAGTTCCAGCCGCTGAAGAGCAAGCTGCTGGAGGTAGTGGACGACATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTGGCCCATGACATTGCCCAGCTCATGGTGCTAGTGCGCCAGGAGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131631 CTGGCCCATGACATTGCCCAGCTCATGGTGCTAGTGCGCCAGGAGGAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ACAGCGGCCCATCCAGATGGTGAAGGGCGGAGCGTTCGAGGGCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131681 ACAGCGGCCCATCCAGATGGTGAAGGGCGGAGCGTTCGAGGGCACCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ACGGCCCCTTTGGGCATGGCTATGGGGAGGGGGCTGGAGAAGGTATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131731 ACGGCCCCTTTGGGCATGGCTATGGGGAGGGGGCTGGAGAAGGTATCGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GATGCTGAGTGGGTGGTGGCCAGGGACAAGCCCATGTACGACGAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131781 GATGCTGAGTGGGTGGTGGCCAGGGACAAGCCCATGTACGACGAGATCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CTACACCCTGTCACCGGTGGATGGCAAGATCACAGGCGCTAATGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131831 CTACACCCTGTCACCGGTGGATGGCAAGATCACAGGCGCTAATGCCAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGGAGATGGTGCGCTCCAAGCTGCCCAACAGTGTGCTGGGCAAGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131881 AGGAGATGGTGCGCTCCAAGCTGCCCAACAGTGTGCTGGGCAAGATCTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AAGCTGGCCGACATTGACAAGGATGGCATGCTGGACGACGACGAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131931 AAGCTGGCCGACATTGACAAGGATGGCATGCTGGACGACGACGAGTTTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ACTGGCCAACCACCTCATCAAAGTCAAGCTGGAGGGGCACGAGCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131981 ACTGGCCAACCACCTCATCAAAGTCAAGCTGGAGGGGCACGAGCTGCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 ACGAGCTGCCTGCCCACCTCCTGCCCCCGTCCAAGAGGAAAGTTGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132031 ACGAGCTGCCTGCCCACCTCCTGCCCCCGTCCAAGAGGAAAGTTGCCGAG