seq1 = pF1KE0093.tfa, 3285 bp
seq2 = pF1KE0093/gi568815583r_99874405.tfa (gi568815583r:99874405_100338915), 464511 bp

>pF1KE0093 3285
>gi568815583r:99874405_100338915 (Chr15)

(complement)

445-616  (7856-8027)   98% ->
617-789  (57515-57687)   100% ->
790-873  (76481-76564)   100% ->
874-1031  (77280-77437)   100% ->
1032-1075  (84737-84780)   100% ->
1076-1181  (139493-139598)   100% ->
1182-1322  (183596-183736)   100% ->
1323-1473  (186154-186304)   100% ->
1474-1575  (205601-205702)   100% ->
1576-1721  (206764-206909)   100% ->
1722-1888  (221903-222069)   100% ->
1889-2016  (229800-229927)   100% ->
2017-2137  (242440-242560)   100% ->
2138-2295  (284862-285019)   100% ->
2296-2455  (287185-287344)   100% ->
2456-2591  (289924-290059)   100% ->
2592-2796  (341327-341531)   100% ->
2797-2949  (345716-345868)   100% ->
2950-3127  (362694-362871)   100% ->
3128-3285  (364354-364511)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445 GGCCTGGTTGGCCTCATTCAGCTTGGGCAGGAGCAGGTGCTAATCCAGCC
        || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   7856 GGACAGGTTGGCCTCATTCAGCTTGGGCAGGAGCAGGTGCTAATCCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    495 CCTCAACAACTCCCAGGGCCCATTCAGTGGACGAGAACATCTGATCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   7906 CCTCAACAACTCCCAGGGCCCATTCAGTGGACGAGAACATCTGATCAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    545 GCAAATGGTCCTTGACCCCCAGCCCTTCTGCTGAGGCCCAGAGACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   7956 GCAAATGGTCCTTGACCCCCAGCCCTTCTGCTGAGGCCCAGAGACCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595 CAGCTCTGCAAGGTTCTAACAG         AAAAGAAGAAGCCGACGTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
   8006 CAGCTCTGCAAGGTTCTAACAGGTG...TAGAAAAGAAGAAGCCGACGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    636 GGGCAGGCCTTCGCGGGACTGGCGGGAGCGGAGGAACGCTATCCGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57534 GGGCAGGCCTTCGCGGGACTGGCGGGAGCGGAGGAACGCTATCCGGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686 CCAGCGAGCACACGGTGGAGACCCTGGTGGTGGCCGACGCCGACATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57584 CCAGCGAGCACACGGTGGAGACCCTGGTGGTGGCCGACGCCGACATGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736 CAGTACCACGGGGCCGAGGCCGCCCAGAGGTTCATCCTGACCGTCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57634 CAGTACCACGGGGCCGAGGCCGCCCAGAGGTTCATCCTGACCGTCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    786 CATG         GTATACAATATGTTTCAGCACCAGAGCCTGGGGATTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57684 CATGGTG...TAGGTATACAATATGTTTCAGCACCAGAGCCTGGGGATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    827 AAATTAACATTCAAGTGACCAAGCTTGTCCTGCTACGACAACGTCCC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
  76518 AAATTAACATTCAAGTGACCAAGCTTGTCCTGCTACGACAACGTCCCGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874       GCTAAGTTGTCCATTGGGCACCATGGTGAGCGGTCCCTGGAGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76568 ...TAGGCTAAGTTGTCCATTGGGCACCATGGTGAGCGGTCCCTGGAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    918 CTTCTGTCACTGGCAGAACGAGGAGTATGGAGGAGCGCGATACCTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  77324 CTTCTGTCACTGGCAGAACGAGGAGTATGGAGGAGCGCGATACCTCGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    968 ATAACCAGGTTCCCGGCGGGAAGGACGACCCGCCCCTGGTGGATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  77374 ATAACCAGGTTCCCGGCGGGAAGGACGACCCGCCCCTGGTGGATGCTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018 GTGTTTGTGACCAG         GACAGATTTCTGTGTACACAAGGATGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  77424 GTGTTTGTGACCAGGTA...TAGGACAGATTTCTGTGTACACAAGGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1059 ACCGTGTGACACTGTTG         GAATTGCTTACTTAGGAGGTGTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  84764 ACCGTGTGACACTGTTGGTA...CAGGAATTGCTTACTTAGGAGGTGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 GCAGTGCTAAGAGGAAGTGTGTGCTTGCCGAAGACAATGGTCTCAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139517 GCAGTGCTAAGAGGAAGTGTGTGCTTGCCGAAGACAATGGTCTCAATTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150 GCCTTTACCATCGCCCATGAGCTGGGCCACAA         CTTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 139567 GCCTTTACCATCGCCCATGAGCTGGGCCACAAGTA...CAGCTTGGGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 GAACCACGACGATGACCACTCATCTTGCGCTGGCAGGTCCCACATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183605 GAACCACGACGATGACCACTCATCTTGCGCTGGCAGGTCCCACATCATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 CAGGAGAGTGGGTGAAAGGCCGGAACCCAAGTGACCTCTCTTGGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183655 CAGGAGAGTGGGTGAAAGGCCGGAACCCAAGTGACCTCTCTTGGTCCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1291 TGCAGCCGAGATGACCTTGAAAACTTCCTCAA         GTCAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 183705 TGCAGCCGAGATGACCTTGAAAACTTCCTCAAGTA...CAGGTCAAAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 CAGCACCTGCTTGCTAGTCACGGACCCCAGAAGCCAGCACACAGTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186163 CAGCACCTGCTTGCTAGTCACGGACCCCAGAAGCCAGCACACAGTACGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1382 TCCCGCACAAGCTGCCGGGCATGCACTACAGTGCCAACGAGCAGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186213 TCCCGCACAAGCTGCCGGGCATGCACTACAGTGCCAACGAGCAGTGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1432 ATCCTGTTTGGCATGAATGCCACCTTCTGCAGAAACATGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 186263 ATCCTGTTTGGCATGAATGCCACCTTCTGCAGAAACATGGAGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474  CATCTAATGTGTGCTGGACTGTGGTGCCTGGTAGAAGGAGACACATCCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205600 GCATCTAATGTGTGCTGGACTGTGGTGCCTGGTAGAAGGAGACACATCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1523 GCAAGACCAAGCTGGACCCTCCCCTGGATGGCACCGAGTGTGGGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205650 GCAAGACCAAGCTGGACCCTCCCCTGGATGGCACCGAGTGTGGGGCAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573 AAG         TGGTGCCGCGCGGGGGAGTGCGTGAGCAAGACGCCCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205700 AAGGTA...CAGTGGTGCCGCGCGGGGGAGTGCGTGAGCAAGACGCCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1614 CCCGGAGCATGTGGACGGAGACTGGAGCCCGTGGGGCGCCTGGAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206802 CCCGGAGCATGTGGACGGAGACTGGAGCCCGTGGGGCGCCTGGAGCATGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1664 GCAGCCGAACATGTGGGACGGGAGCCCGCTTCAGGCAGAGGAAATGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206852 GCAGCCGAACATGTGGGACGGGAGCCCGCTTCAGGCAGAGGAAATGTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1714 AACCCCCC         CCCTGGGCCTGGAGGCACACACTGCCCGGGTGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 206902 AACCCCCCGTA...TAGCCCTGGGCCTGGAGGCACACACTGCCCGGGTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1755 CAGTGTAGAACATGCGGTCTGCGAGAACCTGCCCTGCCCCAAGGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221936 CAGTGTAGAACATGCGGTCTGCGAGAACCTGCCCTGCCCCAAGGGTCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1805 CCAGCTTCCGGGACCAGCAGTGCCAGGCACACGACCGGCTGAGCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221986 CCAGCTTCCGGGACCAGCAGTGCCAGGCACACGACCGGCTGAGCCCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1855 AAGAAAGGCCTGCTGACAGCCGTGGTGGTTGACG         ATAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 222036 AAGAAAGGCCTGCTGACAGCCGTGGTGGTTGACGGTA...CAGATAAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1896 ATGTGAACTCTACTGCTCGCCCCTCGGGAAGGAGTCCCCACTGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229807 ATGTGAACTCTACTGCTCGCCCCTCGGGAAGGAGTCCCCACTGCTGGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946 CCGACAGGGTCCTGGACGGTACACCCTGCGGGCCCTACGAGACTGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229857 CCGACAGGGTCCTGGACGGTACACCCTGCGGGCCCTACGAGACTGATCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1996 TGCGTGCACGGCAAGTGCCAG         AAAATCGGCTGTGACGGCAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 229907 TGCGTGCACGGCAAGTGCCAGGTG...TAGAAAATCGGCTGTGACGGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2037 CATCGGGTCTGCAGCCAAAGAGGACAGATGCGGGGTCTGCAGCGGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242460 CATCGGGTCTGCAGCCAAAGAGGACAGATGCGGGGTCTGCAGCGGGGACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2087 GCAAGACCTGCCACTTGGTGAAGGGCGACTTCAGCCACGCCCGGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242510 GCAAGACCTGCCACTTGGTGAAGGGCGACTTCAGCCACGCCCGGGGGACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2137 G         CTCTCAAAGACTCGGGTAAGGGGTCCATCAACAGTGACTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242560 GGTG...TAGCTCTCAAAGACTCGGGTAAGGGGTCCATCAACAGTGACTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2178 GAAGATAGAGCTCCCCGGAGAGTTCCAGATTGCAGGCACAACTGTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284902 GAAGATAGAGCTCCCCGGAGAGTTCCAGATTGCAGGCACAACTGTTCGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2228 ATGTGAGAAGGGGGCTGTGGGAGAAGATCTCTGCCAAGGGACCAACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284952 ATGTGAGAAGGGGGCTGTGGGAGAAGATCTCTGCCAAGGGACCAACCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2278 CTACCGCTGCACTTGATG         GTGTTGTTATTTCACGACCAAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 285002 CTACCGCTGCACTTGATGGTA...CAGGTGTTGTTATTTCACGACCAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2319 TTATGGAATTCATTATGAATACACTGTTCCTGTAAACCGCACTGCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287208 TTATGGAATTCATTATGAATACACTGTTCCTGTAAACCGCACTGCGGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2369 ATCAAAGCGAACCAGAAAAACCGCAGGACTCTTTGTTCATCTGGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287258 ATCAAAGCGAACCAGAAAAACCGCAGGACTCTTTGTTCATCTGGACCCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2419 AGCGGCTGGGAAGGGTGCAGTGTGCAGTGCGGCGGAG         GGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 287308 AGCGGCTGGGAAGGGTGCAGTGTGCAGTGCGGCGGAGGTG...CAGGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2460 GCGCAGAACCATCGTCTCGTGTACACGGATTGTCAACAAGACCACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289928 GCGCAGAACCATCGTCTCGTGTACACGGATTGTCAACAAGACCACAACTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2510 TGGTGAACGACAGTGACTGCCCTCAAGCAAGCCGCCCAGAGCCCCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289978 TGGTGAACGACAGTGACTGCCCTCAAGCAAGCCGCCCAGAGCCCCAGGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2560 CGAAGGTGCAACTTGCACCCCTGCCAGTCACG         GTGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 290028 CGAAGGTGCAACTTGCACCCCTGCCAGTCACGGTA...CAGGTGGGTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601 AGGCCCGTGGAGCCCCTGCTCGGCGACCTGTGAGAAAGGCTTCCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341336 AGGCCCGTGGAGCCCCTGCTCGGCGACCTGTGAGAAAGGCTTCCAGCACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2651 GGGAGGTGACCTGCGTGTACCAGCTGCAGAACGGCACACACGTCGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341386 GGGAGGTGACCTGCGTGTACCAGCTGCAGAACGGCACACACGTCGCTACG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2701 CGGCCCCTCTACTGCCCGGGCCCCCGGCCGGCGGCAGTGCAGAGCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341436 CGGCCCCTCTACTGCCCGGGCCCCCGGCCGGCGGCAGTGCAGAGCTGTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2751 AGGCCAGGACTGCCTGTCCATCTGGGAGGCGTCTGAGTGGTCACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 341486 AGGCCAGGACTGCCTGTCCATCTGGGAGGCGTCTGAGTGGTCACAGGTG.

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2797      TGCTCTGCCAGCTGTGGTAAAGGGGTGTGGAAACGGACCGTGGCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341536 ..CAGTGCTCTGCCAGCTGTGGTAAAGGGGTGTGGAAACGGACCGTGGCG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2842 TGCACCAACTCACAAGGGAAATGCGACGCATCCACGAGGCCGAGAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345761 TGCACCAACTCACAAGGGAAATGCGACGCATCCACGAGGCCGAGAGCCGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2892 GGAGGCCTGCGAGGACTACTCAGGCTGCTACGAGTGGAAAACTGGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345811 GGAGGCCTGCGAGGACTACTCAGGCTGCTACGAGTGGAAAACTGGGGACT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2942 GGTCTACG         TGCTCGTCGACCTGCGGGAAGGGCCTGCAGTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 345861 GGTCTACGGTG...CAGTGCTCGTCGACCTGCGGGAAGGGCCTGCAGTCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2983 CGGGTGGTGCAGTGCATGCACAAGGTCACAGGGCGCCACGGCAGCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362727 CGGGTGGTGCAGTGCATGCACAAGGTCACAGGGCGCCACGGCAGCGAGTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3033 CCCCGCCCTCTCGAAGCCTGCCCCCTACAGACAGTGCTACCAGGAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362777 CCCCGCCCTCTCGAAGCCTGCCCCCTACAGACAGTGCTACCAGGAGGTCT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3083 GCAACGACAGGATCAACGCCAACACCATCACCTCCCCCCGCCTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 362827 GCAACGACAGGATCAACGCCAACACCATCACCTCCCCCCGCCTTGGTG..

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3128     CTGCTCTGACCTACAAATGCACACGAGACCAGTGGACGGTATATTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362877 .TAGCTGCTCTGACCTACAAATGCACACGAGACCAGTGGACGGTATATTG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3174 CCGGGTCATCCGAGAAAAGAACCTCTGCCAGGACATGCGGTGGTACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364400 CCGGGTCATCCGAGAAAAGAACCTCTGCCAGGACATGCGGTGGTACCAGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3224 GCTGCTGCCAGACCTGCAGGGACTTCTATGCAAACAAGATGCGCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364450 GCTGCTGCCAGACCTGCAGGGACTTCTATGCAAACAAGATGCGCCAGCCA

   3000     .    :
   3274 CCGCCGAACTCG
        ||||||||||||
 364500 CCGCCGAACTCG