seq1 = pF1KE0091.tfa, 1896 bp
seq2 = pF1KE0091/gi568815595f_10716266.tfa (gi568815595f:10716266_11038399), 322134 bp

>pF1KE0091 1896
>gi568815595f:10716266_11038399 (Chr3)

1-256  (100001-100256)   100% ->
257-391  (103200-103334)   100% ->
392-532  (103447-103587)   100% ->
533-623  (107037-107127)   100% ->
624-756  (127949-128081)   100% ->
757-891  (158696-158830)   100% ->
892-995  (195825-195928)   100% ->
996-1120  (202064-202188)   100% ->
1121-1233  (209739-209851)   100% ->
1234-1371  (212937-213074)   100% ->
1372-1474  (216886-216988)   100% ->
1475-1575  (217801-217901)   100% ->
1576-1746  (218764-218934)   100% ->
1747-1896  (221985-222134)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGCGGAGAAGGCGCTGCCCCTGGGCAATGGGAAGGCTGCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGCGGAGAAGGCGCTGCCCCTGGGCAATGGGAAGGCTGCTGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCGGGAGTCCGAGGCGCCGGGTGGCGGCTGCAGCAGCGGGGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGCGGGAGTCCGAGGCGCCGGGTGGCGGCTGCAGCAGCGGGGGCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCCGCGCGCCACCCGCGCGTCAAGCGCGACAAGGCGGTCCACGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCCGCGCGCCACCCGCGCGTCAAGCGCGACAAGGCGGTCCACGAGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCACTGGAACAACAAGGTGGAGTTCGTGCTGAGCGTGGCCGGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCACTGGAACAACAAGGTGGAGTTCGTGCTGAGCGTGGCCGGGGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTGGGCTGGGCAACGTGTGGCGCTTCCCCTACCTGTGCTACAAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATTGGGCTGGGCAACGTGTGGCGCTTCCCCTACCTGTGCTACAAGAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGGAG         GGGCATTCCTGATTCCCTACGTGGTGTTTTTTATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGGAGGTG...CAGGGGCATTCCTGATTCCCTACGTGGTGTTTTTTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCTGTGGAATTCCTGTTTTTTTCCTGGAGACAGCTCTGGGGCAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103235 TGCTGTGGAATTCCTGTTTTTTTCCTGGAGACAGCTCTGGGGCAGTTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAGTGAAGGTGGCATTACGTGTTGGAGGAAAGTTTGCCCTTTATTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103285 AAGTGAAGGTGGCATTACGTGTTGGAGGAAAGTTTGCCCTTTATTTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392          GCATTGGCTATGCAACACAGGTGATTGAGGCCCATCTGAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103335 GTA...CAGGCATTGGCTATGCAACACAGGTGATTGAGGCCCATCTGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGTACTACATCATCATCCTGGCATGGGCCATTTTTTACCTGAGCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103488 GTGTACTACATCATCATCCTGGCATGGGCCATTTTTTACCTGAGCAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTCACTACTGAGCTACCCTGGGCTACCTGTGGGCATGAGTGGAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103538 CTTCACTACTGAGCTACCCTGGGCTACCTGTGGGCATGAGTGGAACACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533          AGAATTGTGTGGAGTTCCAGAAACTGAATGTGAGCAACTAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103588 GTA...TAGAGAATTGTGTGGAGTTCCAGAAACTGAATGTGAGCAACTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCCATGTGTCTCTGCAGAATGCCACCTCCCCTGTCATGGAGTTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107078 AGCCATGTGTCTCTGCAGAATGCCACCTCCCCTGTCATGGAGTTTTGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624          GCACCGGGTCCTGGCCATCTCTGACGGGATCGAGCACATCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107128 GTA...CAGGCACCGGGTCCTGGCCATCTCTGACGGGATCGAGCACATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGAACCTTCGCTGGGAGCTGGCCTTGTGTCTCTTGGCAGCCTGGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127990 GGAACCTTCGCTGGGAGCTGGCCTTGTGTCTCTTGGCAGCCTGGACCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTTACTTCTGTATCTGGAAGGGGACCAAGTCTACAGGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 128040 TGTTACTTCTGTATCTGGAAGGGGACCAAGTCTACAGGAAAGGTA...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757  GTTGTATACGTGACTGCGACATTCCCCTACATCATGCTGCTGATCCTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158695 GGTTGTATACGTGACTGCGACATTCCCCTACATCATGCTGCTGATCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGATACGAGGGGTCACGTTGCCCGGGGCCTCAGAGGGCATCAAGTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158745 TGATACGAGGGGTCACGTTGCCCGGGGCCTCAGAGGGCATCAAGTTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTGTACCCTGACCTCTCCCGGCTCTCCGACCCCCAG         GTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 158795 TTGTACCCTGACCTCTCCCGGCTCTCCGACCCCCAGGTA...CAGGTCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGTAGATGCTGGAACGCAGATCTTTTTCTCCTATGCCATTTGCCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195830 GGTAGATGCTGGAACGCAGATCTTTTTCTCCTATGCCATTTGCCTGGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTCTGACCGCTCTGGGAAGTTATAACAATTATAACAACAACTGCTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 195880 GTCTGACCGCTCTGGGAAGTTATAACAATTATAACAACAACTGCTACAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996         GGACTGCATCATGCTCTGTTGCCTGAACAGCGGCACCAGCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195930 TG...CAGGGACTGCATCATGCTCTGTTGCCTGAACAGCGGCACCAGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGTGGCTGGGTTTGCCATCTTCTCAGTCCTGGGTTTTATGGCGTACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202106 CGTGGCTGGGTTTGCCATCTTCTCAGTCCTGGGTTTTATGGCGTACGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGGGGTACCCATTGCTGAGGTGGCAGAGTCAG         GCCCCGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 202156 AGGGGGTACCCATTGCTGAGGTGGCAGAGTCAGGTA...CAGGCCCCGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGGCCTTTATTGCGTACCCCAAGGCGGTCACCATGATGCCTCTCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209747 CTGGCCTTTATTGCGTACCCCAAGGCGGTCACCATGATGCCTCTCTCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTGTGGGCCACCTTGTTCTTCATGATGCTCATCTTCCTGGGCCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209797 GCTGTGGGCCACCTTGTTCTTCATGATGCTCATCTTCCTGGGCCTGGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCCAG         TTTGTGTGTGTGGAAAGCCTGGTGACCGCCGTGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209847 GCCAGGTA...CAGTTTGTGTGTGTGGAAAGCCTGGTGACCGCCGTGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACATGTACCCCAAGGTTTTCCGGAGGGGTTACCGGCGGGAGCTGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212973 GACATGTACCCCAAGGTTTTCCGGAGGGGTTACCGGCGGGAGCTGCTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTAGCCTTGTCTGTTATCTCCTATTTTCTGGGCCTCGTGATGTTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213023 CCTAGCCTTGTCTGTTATCTCCTATTTTCTGGGCCTCGTGATGTTAACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AG         GGTGGCATGTACATCTTCCAGCTCTTTGACTCCTATGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213073 AGGTG...CAGGGTGGCATGTACATCTTCCAGCTCTTTGACTCCTATGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCCAGTGGGATGTGCCTTCTCTTCGTGGCCATCTTTGAGTGCATCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216925 GCCAGTGGGATGTGCCTTCTCTTCGTGGCCATCTTTGAGTGCATCTGCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CGGCTGGGTGTATG         GAAGCAACCGGTTCTATGATAACATTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 216975 CGGCTGGGTGTATGGTG...CAGGAAGCAACCGGTTCTATGATAACATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAGACATGATTGGCTACCGGCCACCGTCGCTCATTAAGTGGTGCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217828 AAGACATGATTGGCTACCGGCCACCGTCGCTCATTAAGTGGTGCTGGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ATCATGACCCCTGGGATCTGCGCG         GGGATCTTCATCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 217878 ATCATGACCCCTGGGATCTGCGCGGTA...CAGGGGATCTTCATCTTCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTTGATCAAGTACAAGCCACTCAAGTACAACAACATCTACACCTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218781 CTTGATCAAGTACAAGCCACTCAAGTACAACAACATCTACACCTACCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCTGGGGCTATGGCATTGGCTGGCTCATGGCCCTGTCCTCCATGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218831 CCTGGGGCTATGGCATTGGCTGGCTCATGGCCCTGTCCTCCATGCTCTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ATCCCGCTCTGGATCTGCATCACAGTGTGGAAGACGGAGGGGACACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218881 ATCCCGCTCTGGATCTGCATCACAGTGTGGAAGACGGAGGGGACACTGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CGAG         AAACTCCAGAAGTTGACGACCCCCAGCACAGATCTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218931 CGAGGTG...CAGAAACTCCAGAAGTTGACGACCCCCAGCACAGATCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AAATGCGGGGCAAGCTTGGGGTGAGCCCACGGATGGTGACAGTTAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222022 AAATGCGGGGCAAGCTTGGGGTGAGCCCACGGATGGTGACAGTTAATGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TGTGATGCCAAACTCAAGAGTGACGGGACCATCGCAGCCATCACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222072 TGTGATGCCAAACTCAAGAGTGACGGGACCATCGCAGCCATCACAGAGAA

   2000     .    :
   1884 GGAGACGCACTTC
        |||||||||||||
 222122 GGAGACGCACTTC