seq1 = pF1KE0069.tfa, 2214 bp
seq2 = pF1KE0069/gi568815595r_196903901.tfa (gi568815595r:196903901_197129702), 225802 bp

>pF1KE0069 2214
>gi568815595r:196903901_197129702 (Chr3)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-204  (101793-101947)   100% ->
205-304  (102944-103043)   100% ->
305-487  (105218-105400)   100% ->
488-644  (106590-106746)   100% ->
645-712  (108232-108299)   100% ->
713-900  (112413-112600)   100% ->
901-1081  (113334-113514)   100% ->
1082-1233  (114187-114338)   100% ->
1234-1330  (118909-119005)   100% ->
1331-1525  (119891-120085)   100% ->
1526-1682  (120738-120894)   100% ->
1683-1750  (120979-121046)   100% ->
1751-1938  (122967-123154)   100% ->
1939-2137  (125604-125802)   100% ->
2138-2214  (126252-126328)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGGTCCGAGCGGGGCTCTGTGGCTGCTCCTGGCTCTGCGCACCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGCGGGGTCCGAGCGGGGCTCTGTGGCTGCTCCTGGCTCTGCGCACCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         TGCTCGGTGGCATGGAGGTGCGGTGGTGCGCCACCTCGGACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGTGCTCGGTGGCATGGAGGTGCGGTGGTGCGCCACCTCGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGCAGCACAAGTGCGGCAACATGAGCGAGGCCTTCCGGGAAGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101835 CAGAGCAGCACAAGTGCGGCAACATGAGCGAGGCCTTCCGGGAAGCGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCAGCCCTCCCTCCTCTGCGTCCGGGGCACCTCCGCCGACCACTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101885 ATCCAGCCCTCCCTCCTCTGCGTCCGGGGCACCTCCGCCGACCACTGCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGCTCATCGCG         GCCCAGGAGGCTGACGCCATCACTCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101935 CCAGCTCATCGCGGTG...CAGGCCCAGGAGGCTGACGCCATCACTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGAGGAGCCATCTATGAGGCGGGAAAGGAGCACGGCCTGAAGCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102972 ATGGAGGAGCCATCTATGAGGCGGGAAAGGAGCACGGCCTGAAGCCGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGGCGAAGTGTACGATCAAG         AGGTCGGTACCTCCTATTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103022 GTGGGCGAAGTGTACGATCAAGGTA...TAGAGGTCGGTACCTCCTATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGCCGTGGCTGTGGTCAGGAGGAGCTCCCATGTGACCATTGACACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105237 CGCCGTGGCTGTGGTCAGGAGGAGCTCCCATGTGACCATTGACACCCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGCGTGAAGTCCTGCCACACGGGCATCAATCGCACAGTGGGCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105287 AAGGCGTGAAGTCCTGCCACACGGGCATCAATCGCACAGTGGGCTGGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGCCCGTGGGCTACCTGGTGGAGAGCGGCCGCCTCTCGGTGATGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105337 GTGCCCGTGGGCTACCTGGTGGAGAGCGGCCGCCTCTCGGTGATGGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGATGTACTCAAAG         CTGTCAGCGACTATTTTGGGGGCAGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105387 CGATGTACTCAAAGGTG...CAGCTGTCAGCGACTATTTTGGGGGCAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCGTCCCGGGGGCAGGAGAGACCAGTTACTCTGAGTCCCTCTGTCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106617 GCGTCCCGGGGGCAGGAGAGACCAGTTACTCTGAGTCCCTCTGTCGCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCAGGGGTGACAGCTCTGGGGAAGGGGTGTGTGACAAGAGCCCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106667 TGCAGGGGTGACAGCTCTGGGGAAGGGGTGTGTGACAAGAGCCCCCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGATACTACGACTACAGCGGGGCCTTCCG         GTGCCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106717 GAGATACTACGACTACAGCGGGGCCTTCCGGTG...CAGGTGCCTGGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGGGGCAGGGGACGTGGCTTTTGTGAAGCACAGCACGGTACTGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108243 AAGGGGCAGGGGACGTGGCTTTTGTGAAGCACAGCACGGTACTGGAGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACGGATG         GGAAGACGCTTCCCTCCTGGGGCCAGGCCCTGCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108293 ACGGATGGTG...CAGGGAAGACGCTTCCCTCCTGGGGCCAGGCCCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTCACAGGACTTCGAGCTGCTGTGCCGGGATGGTAGCCGGGCCGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112447 GTCACAGGACTTCGAGCTGCTGTGCCGGGATGGTAGCCGGGCCGATGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCGAGTGGAGGCAGTGCCATCTGGCCCGGGTGCCTGCTCACGCCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112497 CCGAGTGGAGGCAGTGCCATCTGGCCCGGGTGCCTGCTCACGCCGTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCCGGGCCGACACAGATGGGGGCCTCATCTTCCGGCTGCTCAACGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112547 GTCCGGGCCGACACAGATGGGGGCCTCATCTTCCGGCTGCTCAACGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCAG         CGTCTGTTCAGCCACGAGGGCAGCAGCTTCCAGATGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112597 CCAGGTG...CAGCGTCTGTTCAGCCACGAGGGCAGCAGCTTCCAGATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAGCTCTGAGGCCTATGGCCAGAAGGATCTACTCTTCAAAGACTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113371 TCAGCTCTGAGGCCTATGGCCAGAAGGATCTACTCTTCAAAGACTCTACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCGGAGCTTGTGCCCATCGCCACACAGACCTATGAGGCGTGGCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113421 TCGGAGCTTGTGCCCATCGCCACACAGACCTATGAGGCGTGGCTGGGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAGTACCTGCACGCCATGAAGGGTCTGCTCTGTGACCCCAACC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113471 TGAGTACCTGCACGCCATGAAGGGTCTGCTCTGTGACCCCAACCGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082    GGCTGCCCCCCTACCTGCGCTGGTGTGTGCTCTCCACTCCCGAGATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114184 CAGGGCTGCCCCCCTACCTGCGCTGGTGTGTGCTCTCCACTCCCGAGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGAAGTGTGGAGACATGGCCGTGGCCTTCCGCCGGCAGCGGCTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114234 CAGAAGTGTGGAGACATGGCCGTGGCCTTCCGCCGGCAGCGGCTCAAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAGATCCAGTGCGTGTCAGCCAAGTCCCCCCAACACTGCATGGAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114284 AGAGATCCAGTGCGTGTCAGCCAAGTCCCCCCAACACTGCATGGAGCGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCCAG         GCTGAGCAGGTCGACGCTGTGACCCTGAGTGGCGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114334 TCCAGGTG...CAGGCTGAGCAGGTCGACGCTGTGACCCTGAGTGGCGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACATTTACACGGCGGGGAAGACGTACGGCCTGGTTCCCGCAGCCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118945 GACATTTACACGGCGGGGAAGACGTACGGCCTGGTTCCCGCAGCCGGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCACTATGCCC         CGGAAGACAGCAGCAACTCGTACTACGTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118995 GCACTATGCCCGTG...CAGCGGAAGACAGCAGCAACTCGTACTACGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGCCGTGGTGAGACGGGACAGCTCCCACGCCTTCACCTTGGATGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119921 TGGCCGTGGTGAGACGGGACAGCTCCCACGCCTTCACCTTGGATGAGCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CGGGGCAAGCGCTCCTGCCACGCCGGTTTCGGCAGCCCTGCAGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119971 CGGGGCAAGCGCTCCTGCCACGCCGGTTTCGGCAGCCCTGCAGGCTGGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGTCCCCGTGGGTGCCCTTATTCAGAGAGGCTTCATCCGGCCCAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120021 TGTCCCCGTGGGTGCCCTTATTCAGAGAGGCTTCATCCGGCCCAAGGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GTGACGTCCTCACAG         CAGTGAGCGAGTTCTTCAATGCCAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120071 GTGACGTCCTCACAGGTA...CAGCAGTGAGCGAGTTCTTCAATGCCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TGCGTGCCCGTGAACAACCCCAAGAACTACCCCTCCTCGCTGTGTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120764 TGCGTGCCCGTGAACAACCCCAAGAACTACCCCTCCTCGCTGTGTGCACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GTGCGTGGGGGACGAGCAGGGCCGCAACAAGTGTGTGGGCAACAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120814 GTGCGTGGGGGACGAGCAGGGCCGCAACAAGTGTGTGGGCAACAGCCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGCGGTATTACGGCTACCGCGGCGCCTTCAG         GTGCCTGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120864 AGCGGTATTACGGCTACCGCGGCGCCTTCAGGTA...CAGGTGCCTGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGAATGCGGGTGACGTTGCCTTCGTCAGGCACACAACCGTCTTTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120989 GAGAATGCGGGTGACGTTGCCTTCGTCAGGCACACAACCGTCTTTGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CACAAACG         GCCACAATTCCGAGCCCTGGGCTGCTGAGCTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121039 CACAAACGGTA...CAGGCCACAATTCCGAGCCCTGGGCTGCTGAGCTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGTCAGAGGACTATGAACTGCTGTGCCCCAACGGGGCCCGAGCCGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123000 GGTCAGAGGACTATGAACTGCTGTGCCCCAACGGGGCCCGAGCCGAGGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TCCCAGTTTGCAGCCTGCAACCTGGCACAGATACCACCCCACGCCGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123050 TCCCAGTTTGCAGCCTGCAACCTGGCACAGATACCACCCCACGCCGTGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GGTCCGGCCCGACACCAACATCTTCACCGTGTATGGACTGCTGGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123100 GGTCCGGCCCGACACCAACATCTTCACCGTGTATGGACTGCTGGACAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCCAG         GACCTGTTTGGAGACGACCACAATAAGAACGGGTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123150 CCCAGGTG...CAGGACCTGTTTGGAGACGACCACAATAAGAACGGGTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AAAATGTTCGACTCCTCCAACTATCATGGCCAAGACCTGCTTTTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125640 AAAATGTTCGACTCCTCCAACTATCATGGCCAAGACCTGCTTTTCAAGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TGCCACCGTCCGGGCGGTGCCTGTCGGAGAGAAAACCACCTACCGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125690 TGCCACCGTCCGGGCGGTGCCTGTCGGAGAGAAAACCACCTACCGCGGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 GGCTGGGGCTGGACTACGTGGCGGCGCTGGAAGGGATGTCGTCTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125740 GGCTGGGGCTGGACTACGTGGCGGCGCTGGAAGGGATGTCGTCTCAGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 TGCTCGGGCGCAG         CGGCCCCGGCGCCCGGGGCGCCCCTGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125790 TGCTCGGGCGCAGGTA...CAGCGGCCCCGGCGCCCGGGGCGCCCCTGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2166 CCCGCTGCTGCTGCCCGCCCTCGCCGCCCGCCTGCTCCCGCCCGCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126280 CCCGCTGCTGCTGCCCGCCCTCGCCGCCCGCCTGCTCCCGCCCGCCCTC