seq1 = pF1KE0068.tfa, 1536 bp
seq2 = pF1KE0068/gi568815597r_8903303.tfa (gi568815597r:8903303_9126345), 223043 bp

>pF1KE0068 1536
>gi568815597r:8903303_9126345 (Chr1)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-150  (101272-101370)   100% ->
151-311  (103268-103428)   100% ->
312-436  (107013-107137)   100% ->
437-589  (107971-108123)   100% ->
590-715  (111104-111229)   100% ->
716-903  (111478-111665)   100% ->
904-1014  (112711-112821)   100% ->
1015-1116  (116102-116203)   100% ->
1117-1192  (118961-119036)   100% ->
1193-1320  (121467-121594)   100% ->
1321-1536  (122828-123043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAACAAAGAGGCGGGAACCCCTCCACCCATTCCATCCAGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAACAAAGAGGCGGGAACCCCTCCACCCATTCCATCCAGGGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         CGGCTCCAGCCGACGCTGTTGCTGGCGACACTGAGCGCGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGCGGCTCCAGCCGACGCTGTTGCTGGCGACACTGAGCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTTGGCTCAGCCTTCCAGTACGGCTACAACCTCTCTGTGGTCAACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101312 CCTTTGGCTCAGCCTTCCAGTACGGCTACAACCTCTCTGTGGTCAACACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGCACAAG         GTCTTCAAGTCATTTTACAACGAAACCTACTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101362 CCGCACAAGGTG...CAGGTCTTCAAGTCATTTTACAACGAAACCTACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGCGACACGCAACATTCATGGACGGGAAGCTCATGCTGCTTCTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 TGAGCGACACGCAACATTCATGGACGGGAAGCTCATGCTGCTTCTATGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTGCACCGTCTCCATGTTTCCTCTGGGCGGCCTGTTGGGGTCATTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 CTTGCACCGTCTCCATGTTTCCTCTGGGCGGCCTGTTGGGGTCATTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGGCCTGCTGGTTGATAGCTGCGGCAG         AAAGGGGACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103400 GTGGGCCTGCTGGTTGATAGCTGCGGCAGGTA...CAGAAAGGGGACCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGATCAACAACATCTTTGCCATCATCCCCGCCATCCTGATGGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107025 GCTGATCAACAACATCTTTGCCATCATCCCCGCCATCCTGATGGGAGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAAAGTGGCCAAGGCTTTTGAGCTGATCGTCTTTTCCCGAGTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107075 GCAAAGTGGCCAAGGCTTTTGAGCTGATCGTCTTTTCCCGAGTGGTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGTCTGTGCAG         GCATCTCCTACAGCGCCCTTCCCATGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107125 GGAGTCTGTGCAGGTA...CAGGCATCTCCTACAGCGCCCTTCCCATGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGGGAGAACTGGCCCCCAAGAACCTGAGAGGCATGGTGGGAACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107999 CCTGGGAGAACTGGCCCCCAAGAACCTGAGAGGCATGGTGGGAACAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGAGGTTTTCGTCATCGTTGGAGTCTTCCTAGCACAGATCTTCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108049 CCGAGGTTTTCGTCATCGTTGGAGTCTTCCTAGCACAGATCTTCAGCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGCCATCTTGGGCAACCCGGCAG         GCTGGCCGGTGCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108099 CAGGCCATCTTGGGCAACCCGGCAGGTA...CAGGCTGGCCGGTGCTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCGCTCACAGGGGTGCCCGCCCTGCTGCAGCTGCTGACCCTGCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111120 GGCGCTCACAGGGGTGCCCGCCCTGCTGCAGCTGCTGACCCTGCCCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCCCGAAAGCCCCCGCTACTCCCTGATTCAGAAAGGAGATGAAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111170 TCCCCGAAAGCCCCCGCTACTCCCTGATTCAGAAAGGAGATGAAGCCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCGCGACAAG         CTCTGAGGAGGCTGAGAGGCCACACGGACAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111220 GCGCGACAAGGTA...CAGCTCTGAGGAGGCTGAGAGGCCACACGGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGCCGAGCTGGAGGACATGCGTGCGGAGGCCCGGGCCGAGCGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111509 GGAGGCCGAGCTGGAGGACATGCGTGCGGAGGCCCGGGCCGAGCGCGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGGCCACCTGTCTGTGCTGCACCTCTGTGCCCTGCGGTCCCTGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111559 AGGGCCACCTGTCTGTGCTGCACCTCTGTGCCCTGCGGTCCCTGCGCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGCTCCTCTCCATCATCGTGCTCATGGCCGGCCAGCAGCTGTCGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111609 CAGCTCCTCTCCATCATCGTGCTCATGGCCGGCCAGCAGCTGTCGGGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAATGCG         ATCAACTACTATGCGGACACCATCTACACATCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111659 CAATGCGGTA...TAGATCAACTACTATGCGGACACCATCTACACATCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGGGCGTGGAGGCCGCTCACTCCCAATATGTAACGGTGGGCTCTGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112745 CGGGCGTGGAGGCCGCTCACTCCCAATATGTAACGGTGGGCTCTGGCGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTCAACATAGTGATGACCATCACCTCG         GCTGTCCTTGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112795 GTCAACATAGTGATGACCATCACCTCGGTG...CAGGCTGTCCTTGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCGGCTGGGACGGCGGCACCTCCTGCTGGCCGGCTACGGCATCTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116116 GCGGCTGGGACGGCGGCACCTCCTGCTGGCCGGCTACGGCATCTGCGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGCCTGCCTGGTGCTGACGGTGGTGCTCCTATTCCAG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116166 CTGCCTGCCTGGTGCTGACGGTGGTGCTCCTATTCCAGGTC...CAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGGGTCCCCGAGCTGTCCTACCTCGGCATCATCTGTGTCTTTGCCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118964 AGGGTCCCCGAGCTGTCCTACCTCGGCATCATCTGTGTCTTTGCCTACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGCGGGACATTCCATTGGGCCCA         GTCCTGTCCCCTCGGTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 119014 CGCGGGACATTCCATTGGGCCCAGTG...CAGGTCCTGTCCCCTCGGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGAGGACCGAGATCTTCCTGCAGTCCTCCCGGCGGGCAGCTTTCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121485 TGAGGACCGAGATCTTCCTGCAGTCCTCCCGGCGGGCAGCTTTCATGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GACGGGGCAGTGCACTGGCTCACCAACTTCATCATAGGCTTCCTGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121535 GACGGGGCAGTGCACTGGCTCACCAACTTCATCATAGGCTTCCTGTTCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATCCATCCAG         GAGGCCATCGGTGCCTACAGTTTCATCATCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121585 ATCCATCCAGGTG...TAGGAGGCCATCGGTGCCTACAGTTTCATCATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTGCCGGAATCTGCCTCCTCACTGCGATTTACATCTACGTGGTTATTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122859 TTGCCGGAATCTGCCTCCTCACTGCGATTTACATCTACGTGGTTATTCCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGACCAAGGGCAAAACATTTGTGGAGATAAACCGCATTTTTGCCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122909 GAGACCAAGGGCAAAACATTTGTGGAGATAAACCGCATTTTTGCCAAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AAACAGGGTGAAGCTTCCAGAGGAGAAAGAAGAAACCATTGATGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122959 AAACAGGGTGAAGCTTCCAGAGGAGAAAGAAGAAACCATTGATGCTGGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1502 CTCCCACAGCCTCTCCTGCCAAGGAAACTTCCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123009 CTCCCACAGCCTCTCCTGCCAAGGAAACTTCCTTT