seq1 = pF1KE0065.tfa, 3090 bp
seq2 = pF1KE0065/gi568815575f_18407097.tfa (gi568815575f:18407097_18753541), 346445 bp

>pF1KE0065 3090
>gi568815575f:18407097_18753541 (ChrX)

1-65  (100001-100065)   100% ==
98-145  (157379-157426)   100% ->
146-282  (168258-168394)   100% ->
283-403  (172752-172872)   100% ->
404-463  (174795-174854)   100% ->
464-554  (177167-177257)   100% ->
555-744  (180858-181047)   100% ->
745-825  (188252-188332)   100% ->
826-977  (191366-191517)   100% ->
978-1944  (196806-197772)   100% ->
1945-2046  (201715-201816)   100% ->
2047-2152  (202369-202474)   100% ->
2153-2276  (206056-206179)   100% ->
2277-2376  (212771-212870)   100% ->
2377-2496  (218032-218151)   100% ->
2497-2713  (221275-221491)   100% ->
2714-2797  (238911-238994)   100% ->
2798-2980  (243314-243496)   100% ->
2981-3090  (246336-246445)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGATTCCTAACATTGGTAATGTGATGAATAAATTTGAGATCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGATTCCTAACATTGGTAATGTGATGAATAAATTTGAGATCCTTGG

     50     .    :    .
     51 GGTTGTAGGTGAAGG
        |||||||||||||||
 100051 GGTTGTAGGTGAAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98 AGGAAACACATGAAATTGTGGCGATCAAGAAATTCAAGGACAGTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 157379 AGGAAACACATGAAATTGTGGCGATCAAGAAATTCAAGGACAGTGAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146        AAAATGAAGAAGTCAAAGAAACGACTTTACGAGAGCTTAAAAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157429 A...TAGAAAATGAAGAAGTCAAAGAAACGACTTTACGAGAGCTTAAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189 GCTTCGGACTCTCAAGCAGGAAAACATTGTGGAGTTGAAGGAAGCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168301 GCTTCGGACTCTCAAGCAGGAAAACATTGTGGAGTTGAAGGAAGCATTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239 GTCGGAGGGGAAAGTTGTACTTGGTGTTTGAGTATGTTGAAAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 168351 GTCGGAGGGGAAAGTTGTACTTGGTGTTTGAGTATGTTGAAAAAGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283    AATATGCTCGAATTGCTGGAAGAAATGCCAAATGGAGTTCCACCTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172749 TAGAATATGCTCGAATTGCTGGAAGAAATGCCAAATGGAGTTCCACCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330 GAAAGTAAAAAGCTACATCTATCAGCTAATCAAGGCTATTCACTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172799 GAAAGTAAAAAGCTACATCTATCAGCTAATCAAGGCTATTCACTGGTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380 ATAAGAATGATATTGTCCATCGAG         ATATAAAACCAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 172849 ATAAGAATGATATTGTCCATCGAGGTG...CAGATATAAAACCAGAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421 CTCTTAATCAGCCACAATGATGTCCTAAAACTGTGTGACTTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 174812 CTCTTAATCAGCCACAATGATGTCCTAAAACTGTGTGACTTTGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464   GTTTTGCTCGTAATCTGTCAGAAGGCAATAATGCTAATTACACAGAGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177165 AGGTTTTGCTCGTAATCTGTCAGAAGGCAATAATGCTAATTACACAGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    512 ACGTTGCCACCAGATGGTATCGGTCCCCAGAACTCTTACTTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 177215 ACGTTGCCACCAGATGGTATCGGTCCCCAGAACTCTTACTTGGGTG...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555   CGCTCCCTATGGAAAGTCCGTGGACATGTGGTCGGTGGGCTGTATTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180856 AGCGCTCCCTATGGAAAGTCCGTGGACATGTGGTCGGTGGGCTGTATTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603 TGGGGAGCTTAGCGATGGACAGCCTTTATTTCCTGGAGAAAGTGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180906 TGGGGAGCTTAGCGATGGACAGCCTTTATTTCCTGGAGAAAGTGAAATTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653 ACCAACTTTTTACTATTCAGAAGGTGCTAGGACCACTTCCATCTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180956 ACCAACTTTTTACTATTCAGAAGGTGCTAGGACCACTTCCATCTGAGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703 ATGAAGCTTTTCTACAGTAATCCTCGCTTCCATGGGCTCCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 181006 ATGAAGCTTTTCTACAGTAATCCTCGCTTCCATGGGCTCCGGGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745  TTTCCAGCTGTTAACCATCCTCAGTCCTTGGAAAGAAGATACCTTGGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188251 GTTTCCAGCTGTTAACCATCCTCAGTCCTTGGAAAGAAGATACCTTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794 TTTTGAATAGTGTTCTACTTGACCTAATGAAG         AATTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 188301 TTTTGAATAGTGTTCTACTTGACCTAATGAAGGTA...AAGAATTTACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835 AAGTTGGACCCAGCTGACAGATACTTGACAGAACAGTGTTTGAATCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191375 AAGTTGGACCCAGCTGACAGATACTTGACAGAACAGTGTTTGAATCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    885 TACATTTCAAACCCAGAGACTTCTGGATCGTTCTCCTTCAAGGTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191425 TACATTTCAAACCCAGAGACTTCTGGATCGTTCTCCTTCAAGGTCAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935 AAAGAAAACCTTACCATGTGGAAAGCAGCACATTGTCTAATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 191475 AAAGAAAACCTTACCATGTGGAAAGCAGCACATTGTCTAATAGGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978   AAACCAAGCCGGCAAAAGTACTGCTTTGCAGTCTCACCACAGATCTAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196804 AGAAACCAAGCCGGCAAAAGTACTGCTTTGCAGTCTCACCACAGATCTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1026 CAGCAAGGACATCCAGAACCTGAGTGTAGGCCTGCCCCGGGCTGACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196854 CAGCAAGGACATCCAGAACCTGAGTGTAGGCCTGCCCCGGGCTGACGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1076 GTCTCCCTGCCAATGAAAGCTTCCTAAATGGAAACCTTGCTGGAGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196904 GTCTCCCTGCCAATGAAAGCTTCCTAAATGGAAACCTTGCTGGAGCTAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126 CTTAGTCCACTGCACACCAAAACCTACCAAGCAAGCAGCCAGCCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196954 CTTAGTCCACTGCACACCAAAACCTACCAAGCAAGCAGCCAGCCTGGGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176 TACCAGCAAAGATCTCACCAACAACAACATACCACACCTTCTTAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197004 TACCAGCAAAGATCTCACCAACAACAACATACCACACCTTCTTAGCCCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1226 AAGAAGCCAAGTCAAAAACAGAGTTTGATTTTAATATTGACCCAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197054 AAGAAGCCAAGTCAAAAACAGAGTTTGATTTTAATATTGACCCAAAGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1276 TCAGAAGGCCCAGGGACAAAGTACCTCAAGTCAAACAGCAGATCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197104 TCAGAAGGCCCAGGGACAAAGTACCTCAAGTCAAACAGCAGATCTCAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326 GAACCGCCACTCATTCATGGAAAGCTCTCAAAGCAAAGCTGGGACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197154 GAACCGCCACTCATTCATGGAAAGCTCTCAAAGCAAAGCTGGGACACTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1376 AGCCCAATGAAAAGCAGAGTCGGCATAGCTATATTGACACAATTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197204 AGCCCAATGAAAAGCAGAGTCGGCATAGCTATATTGACACAATTCCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1426 TCCTCTAGGAGTCCCTCCTACAGGACCAAGGCCAAAAGCCATGGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197254 TCCTCTAGGAGTCCCTCCTACAGGACCAAGGCCAAAAGCCATGGGGCACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1476 GAGTGACTCCAAGTCTGTGAGCAACCTTTCTGAAGCCAGGGCCCAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197304 GAGTGACTCCAAGTCTGTGAGCAACCTTTCTGAAGCCAGGGCCCAAATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1526 CGGAGCCCAGTACCAGTAGGTACTTCCCATCTAGCTGCTTAGACTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197354 CGGAGCCCAGTACCAGTAGGTACTTCCCATCTAGCTGCTTAGACTTGAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1576 TCTCCCACCAGCCCAACCCCCACCAGACACAGTGACACGAGAACTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197404 TCTCCCACCAGCCCAACCCCCACCAGACACAGTGACACGAGAACTTTGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1626 CAGCCCTTCTGGAAGAAATAACCGAAATGAGGGAACGCTGGACTCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197454 CAGCCCTTCTGGAAGAAATAACCGAAATGAGGGAACGCTGGACTCACGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1676 GAACCACAACCAGACATTCTAAGACGATGGAGGAATTGAAGCTGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197504 GAACCACAACCAGACATTCTAAGACGATGGAGGAATTGAAGCTGCCGGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1726 CACATGGACAGTAGCCATTCCCATTCACTGTCTGCACCTCACGAATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197554 CACATGGACAGTAGCCATTCCCATTCACTGTCTGCACCTCACGAATCTTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1776 TTCTTATGGACTGGGCTACACCAGCCCCTTTTCTTCCCAGCAACGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197604 TTCTTATGGACTGGGCTACACCAGCCCCTTTTCTTCCCAGCAACGTCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1826 ATAGGCATTCTATGTATGTGACCCGTGACAAAGTGAGAGCCAAGGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197654 ATAGGCATTCTATGTATGTGACCCGTGACAAAGTGAGAGCCAAGGGCTTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1876 GATGGAAGCTTGAGCATAGGGCAAGGGATGGCAGCTAGAGCCAACAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197704 GATGGAAGCTTGAGCATAGGGCAAGGGATGGCAGCTAGAGCCAACAGCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1926 GCAACTCTTGTCACCCCAG         CCTGGAGAACAGCTCCCTCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 197754 GCAACTCTTGTCACCCCAGGTA...CAGCCTGGAGAACAGCTCCCTCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1967 AGATGACTGTGGCAAGATCTTCGGTCAAAGAGACCTCCAGAGAAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201737 AGATGACTGTGGCAAGATCTTCGGTCAAAGAGACCTCCAGAGAAGGCACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2017 TCTTCCTTCCATACACGCCAGAAGTCTGAG         GGTGGAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 201787 TCTTCCTTCCATACACGCCAGAAGTCTGAGGTA...CAGGGTGGAGTGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2058 TCATGACCCACACTCTGATGATGGCACAGCCCCCAAAGAAAATAGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202380 TCATGACCCACACTCTGATGATGGCACAGCCCCCAAAGAAAATAGACACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2108 TATACAATGATCCTGTGCCAAGGAGAGTTGGTAGCTTTTACAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 202430 TATACAATGATCCTGTGCCAAGGAGAGTTGGTAGCTTTTACAGAGGTA..

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2153     TGCCATCTCCACGTCCAGACAATTCTTTCCATGAAAATAATGTGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202480 .CAGTGCCATCTCCACGTCCAGACAATTCTTTCCATGAAAATAATGTGTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2199 AACTAGAGTTTCTTCTCTACCATCAGAGAGCAGTTCTGGAACCAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206102 AACTAGAGTTTCTTCTCTACCATCAGAGAGCAGTTCTGGAACCAACCACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2249 CAAAAAGACAACCAGCATTCGATCCATG         GAAAAGTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 206152 CAAAAAGACAACCAGCATTCGATCCATGGTG...TAGGAAAAGTCCTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2290 AATATTAGTCATTCAGAGCAACTCAAGGAAAAAGAGAAGCAAGGATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212784 AATATTAGTCATTCAGAGCAACTCAAGGAAAAAGAGAAGCAAGGATTTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2340 CAGGTCAATGAAAAAGAAAAAGAAGAAATCTCAAACA         GTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 212834 CAGGTCAATGAAAAAGAAAAAGAAGAAATCTCAAACAGTA...TAGGTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2381 CCAATTCCGACAGCCCTGATCTTCTGACGTTGCAGAAATCCATTCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218036 CCAATTCCGACAGCCCTGATCTTCTGACGTTGCAGAAATCCATTCATTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2431 GCTAGCACTCCAAGCAGCAGACCAAAGGAGTGGCGCCCCGAGAAGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218086 GCTAGCACTCCAAGCAGCAGACCAAAGGAGTGGCGCCCCGAGAAGATCTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2481 AGATCTGCAGACCCAA         AGCCAGCCATTAAAATCACTGCGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 218136 AGATCTGCAGACCCAAGTG...CAGAGCCAGCCATTAAAATCACTGCGCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2522 AGTTGTTACATCTCTCTTCGGCCTCAAATCACCCGGCTTCCTCAGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221300 AGTTGTTACATCTCTCTTCGGCCTCAAATCACCCGGCTTCCTCAGATCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2572 CGCTTCCAGCCCTTAACAGCTCAACAAACCAAAAATTCCTTCTCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221350 CGCTTCCAGCCCTTAACAGCTCAACAAACCAAAAATTCCTTCTCAGAAAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2622 TCGGATTCACCCCCTGAGCCAGGCCTCTGGCGGGAGCAGCAACATCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221400 TCGGATTCACCCCCTGAGCCAGGCCTCTGGCGGGAGCAGCAACATCCGGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2672 AGGAACCCGCACCGAAGGGCAGGCCAGCCCTCCAGCTGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 221450 AGGAACCCGCACCGAAGGGCAGGCCAGCCCTCCAGCTGCCAGGTC...TA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2714  ACGGTGGATGTGATGGCAGAAGACAGAGACACCATTCTGGACCCCAAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238910 GACGGTGGATGTGATGGCAGAAGACAGAGACACCATTCTGGACCCCAAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2763 TAGACGCTTCATGTTAAGGACGACAGAACAACAAG         GAGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 238960 TAGACGCTTCATGTTAAGGACGACAGAACAACAAGGTA...CAGGAGAAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2804 ACTTCTGCTGTGGTGACCCAAAGAAGCCTCACACTCCGTGCGTCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243320 ACTTCTGCTGTGGTGACCCAAAGAAGCCTCACACTCCGTGCGTCCCAAAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2854 CGAGCCCTTCATCGTCCAATCTCCAGTCCTGCTCCCTATCCAGTACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243370 CGAGCCCTTCATCGTCCAATCTCCAGTCCTGCTCCCTATCCAGTACTCCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2904 GGTCCGAGGCACTTCCATGTGCCCGACACTCCAGGTCCGAGGCACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243420 GGTCCGAGGCACTTCCATGTGCCCGACACTCCAGGTCCGAGGCACTGATG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2954 CTTTCAGCTGCCCAACCCAGCAATCCG         GGTTCTCTTTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 243470 CTTTCAGCTGCCCAACCCAGCAATCCGGTA...CAGGGTTCTCTTTCTTC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2995 GTGAGACACGTTATGAGGGAAGCCCTGATTCACAGGGCCCAGGTAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246350 GTGAGACACGTTATGAGGGAAGCCCTGATTCACAGGGCCCAGGTAAACCA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   3045 AGCTGCGCTCCTGACATACCATGAGAATGCGGCACTGACGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246400 AGCTGCGCTCCTGACATACCATGAGAATGCGGCACTGACGGGCAAG