seq1 = pF1KE0056.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KE0056/gi568815579f_33032170.tfa (gi568815579f:33032170_33275569), 243400 bp

>pF1KE0056 1416
>gi568815579f:33032170_33275569 (Chr19)

1-276  (100001-100276)   100% ->
277-387  (105508-105618)   100% ->
388-476  (112675-112763)   100% ->
477-540  (115476-115539)   100% ->
541-679  (116603-116741)   100% ->
680-809  (119012-119141)   100% ->
810-997  (124186-124373)   100% ->
998-1080  (128245-128327)   100% ->
1081-1149  (132028-132096)   100% ->
1150-1242  (140179-140271)   100% ->
1243-1416  (143227-143400)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCCCGCCGCGGTGCTCCCCGACAGCCCATGACAGGGAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCCCGCCGCGGTGCTCCCCGACAGCCCATGACAGGGAATGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGCCGCCACCCTCCGCCCCCGCCAGCGAGTATTGTCCCGGCAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTGCCGCCACCCTCCGCCCCCGCCAGCGAGTATTGTCCCGGCAAGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGGGGGACCATGGCGAGGGCCTTAGGCCGCTTCAAGCTGTCGATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGGGGGACCATGGCGAGGGCCTTAGGCCGCTTCAAGCTGTCGATCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACACGCACCTGCTGGCCACCCTCGACCCCCTGGCCTTGGACAGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACACGCACCTGCTGGCCACCCTCGACCCCCTGGCCTTGGACAGGGAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCACCGCATCTGTTGCCTGAGAAGCACCAGGTGCCGGAGAAATTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCACCGCATCTGTTGCCTGAGAAGCACCAGGTGCCGGAGAAATTGATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGGCGACCAGGACCCTCTCTCCAAG         ATCCCATTTAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100251 GGGGCGACCAGGACCCTCTCTCCAAGGTC...CAGATCCCATTTAAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGAGTGGGCACGAGCACGCTGTGAGCACCTGCCACTTCTGTGTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105523 CTGAGTGGGCACGAGCACGCTGTGAGCACCTGCCACTTCTGTGTGGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACAAAGCTCCTCAGTGGCTCCTATGACTGCACTGTGAAGCTGTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105573 CACAAAGCTCCTCAGTGGCTCCTATGACTGCACTGTGAAGCTGTGGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388      GATCCGGTGGACGGTTCTGTGGTTCGCGATTTTGAGCACAGGCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105623 ..GAGGATCCGGTGGACGGTTCTGTGGTTCGCGATTTTGAGCACAGGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAGCTCCTGTTGTAGAGTGCAGCATCACCGGCGACAGCAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112720 AAAGCTCCTGTTGTAGAGTGCAGCATCACCGGCGACAGCAGCAGGTG...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    477    AGTCATTGCCGCATCCTATGATAAGACAGTGAGGGCCTGGGACCTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115473 CAGAGTCATTGCCGCATCCTATGATAAGACAGTGAGGGCCTGGGACCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGACAGGCAAGCTGCTG         TGGAAGGTCAGGTATGATACCTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115523 AGACAGGCAAGCTGCTGGTA...CAGTGGAAGGTCAGGTATGATACCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCGTCTCCTGTAAGTTTTCTCCTGATGGTAAATACGTGGTCTCAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116627 ATCGTCTCCTGTAAGTTTTCTCCTGATGGTAAATACGTGGTCTCAGGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGACGTGGATCATGGAATCTGCATAATGGACGCCGAGAACATCACCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116677 CGACGTGGATCATGGAATCTGCATAATGGACGCCGAGAACATCACCACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTCCGTCATCAAAG         ATCATCACACAAGGTCCATCACGTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116727 TTTCCGTCATCAAAGGTG...CAGATCATCACACAAGGTCCATCACGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGCTGCTTTGACCCCGACAGCCAGAGGGTGGCTTCTGTCTCATTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119038 TGCTGCTTTGACCCCGACAGCCAGAGGGTGGCTTCTGTCTCATTGGACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTGCATCAAGATCTGGGATGTTACATCCCAGGCCACGCTGCTCACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119088 GTGCATCAAGATCTGGGATGTTACATCCCAGGCCACGCTGCTCACCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTAA         GGCACATTCCAATGCAATCTCAAACTGCTGTTTTACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119138 CTAAGTG...CAGGGCACATTCCAATGCAATCTCAAACTGCTGTTTTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCAGTGGCCATTTCCTGTGTACAAGCTCCTGGGATAAAAACTTAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124223 TTCAGTGGCCATTTCCTGTGTACAAGCTCCTGGGATAAAAACTTAAAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATGGAACGTCCACACAGGGGAGTTTCGAAACTGTGGAGCCTGTGTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124273 ATGGAACGTCCACACAGGGGAGTTTCGAAACTGTGGAGCCTGTGTGACTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGATGCAGGGCCATGAAGGTTCTGTCAGTTCCTGTCACTTTGCCAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124323 TGATGCAGGGCCATGAAGGTTCTGTCAGTTCCTGTCACTTTGCCAGAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 A         GCTCTTTTCTCATTTCTGGAGGGTTTGATAGGACTGTGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124373 AGTG...CAGGCTCTTTTCTCATTTCTGGAGGGTTTGATAGGACTGTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TATTTGGGATGTAGCAGAAGGCTACCGGAAGCTCTCTTTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 128285 TATTTGGGATGTAGCAGAAGGCTACCGGAAGCTCTCTTTGAAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081   GGCCATAATGACTGGGTGATGGATGTTGCCATTAGCAACAACAAGAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132026 AGGGCCATAATGACTGGGTGATGGATGTTGCCATTAGCAACAACAAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGGATCCTGTCTGCTTCCAAG         GATAGGACCATGAGACTGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 132076 TGGATCCTGTCTGCTTCCAAGGTA...TAGGATAGGACCATGAGACTGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAATATTGAAGAAATTGATGAAATTCCTTTGGTAATCAAGTACAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140199 GAATATTGAAGAAATTGATGAAATTCCTTTGGTAATCAAGTACAAAAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCGTGGGCTTAAAGTTGAAACAG         TGCGAAAGATGTGACAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 140249 CCGTGGGCTTAAAGTTGAAACAGGTT...CAGTGCGAAAGATGTGACAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCTTTCTCCATCTTCAAGAGTGACACCTCTTCTGAAATGTTCACCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143245 CCTTTCTCCATCTTCAAGAGTGACACCTCTTCTGAAATGTTCACCCAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CGTGTTCTGCCGGATAGATACAAGGGGCTTGCCAGCAGATACTTCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143295 CGTGTTCTGCCGGATAGATACAAGGGGCTTGCCAGCAGATACTTCATCGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CATCATCATCATCGGAAAGGGAGAACTCACCGCCGCCAAGGGGAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143345 CATCATCATCATCGGAAAGGGAGAACTCACCGCCGCCAAGGGGAAGCAAG

   1500     .
   1411 GATGAC
        ||||||
 143395 GATGAC