seq1 = pF1KE0054.tfa, 3039 bp
seq2 = pF1KE0054/gi568815587f_63581637.tfa (gi568815587f:63581637_63856171), 274535 bp

>pF1KE0054 3039
>gi568815587f:63581637_63856171 (Chr11)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-2473  (137066-139396)   100% ->
2474-2681  (168355-168562)   100% ->
2682-2820  (170871-171009)   100% ->
2821-2890  (171433-171502)   100% ->
2891-2937  (172026-172072)   100% ->
2938-2996  (174476-174534)   100% ->
2997-3039  (176520-176562)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCCGTCGGCGGCCACTCAGTCCCATTCCATCTCCTCGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCCGTCGGCGGCCACTCAGTCCCATTCCATCTCCTCGTCGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGGAGCCGAGCCGTCCGCGCCCGGCGGCGGCGGGAGCCCAGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCGGAGCCGAGCCGTCCGCGCCCGGCGGCGGCGGGAGCCCAGGAGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCCGCCCTGGGGACGAAGAGCTGCAGCTCCTCCTGTGCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 GCCCCGCCCTGGGGACGAAGAGCTGCAGCTCCTCCTGTGCGGGTA...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  AGGGATTGAGCTCTCTTTGCTCTGATGAGCCATCTTCAGAAATTATGAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137065 GAGGGATTGAGCTCTCTTTGCTCTGATGAGCCATCTTCAGAAATTATGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCTTCCTTTCTTTCATCTTCTGAAATACATAACACTGGCCTTACAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137115 TTCTTCCTTTCTTTCATCTTCTGAAATACATAACACTGGCCTTACAATAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TACATGGAGAAAAAAGCCATGTGTTAGGGAGCCAGCCTATTTTAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137165 TACATGGAGAAAAAAGCCATGTGTTAGGGAGCCAGCCTATTTTAGCCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGGAAAAGACCACTTGGATCTTCTAGATATGAAAAAGATGGAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137215 GAAGGAAAAGACCACTTGGATCTTCTAGATATGAAAAAGATGGAAAAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCAGGGGACCAGCAACAACGTATCAGACTCTTCAGTTTCTCTTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137265 TCAGGGGACCAGCAACAACGTATCAGACTCTTCAGTTTCTCTTGCAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAGTTCATTGTGACCGTCCTTCTATTCCAGCCAGTTTCCCAGAGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137315 GAGTTCATTGTGACCGTCCTTCTATTCCAGCCAGTTTCCCAGAGCATCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTTTTCTCTCAAAGAAAATTGGTCAAGTGGAAGAGCAAATAGATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137365 GCTTTTCTCTCAAAGAAAATTGGTCAAGTGGAAGAGCAAATAGATAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GACCAAGAACCCAAATGGGGTATCAAGTAGGGAGGCTAAAACTGCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137415 GACCAAGAACCCAAATGGGGTATCAAGTAGGGAGGCTAAAACTGCATTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGCTGATGACAGATTCACTTTGCTGACAGCCCAGAAACCACCTACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137465 ATGCTGATGACAGATTCACTTTGCTGACAGCCCAGAAACCACCTACTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TACTCTAAGGTAGAAGGCATTTATACATATTCTTTGTCTCCATCCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137515 TACTCTAAGGTAGAAGGCATTTATACATATTCTTTGTCTCCATCCAAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCAGGAGATGATGTTATTGAAAAGGATTCCCCTGAATCACCATTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137565 TTCAGGAGATGATGTTATTGAAAAGGATTCCCCTGAATCACCATTTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TAATTATTGACAAAGCAGCATTTGACAAAGAATTTAAAGACTCATATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137615 TAATTATTGACAAAGCAGCATTTGACAAAGAATTTAAAGACTCATATAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGAGCACAGATGATTTTGGTAGCTGGTCTGTGCACACTGATAAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137665 GAGAGCACAGATGATTTTGGTAGCTGGTCTGTGCACACTGATAAAGAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ATCCGAAGACATTTCAGAGACTAATGACAAGCTTTTTCCACTGAGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137715 ATCCGAAGACATTTCAGAGACTAATGACAAGCTTTTTCCACTGAGAAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAGAGGCAGGACGTTACCCAATGTCTGCATTGCTCAGTAGGCAGTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137765 AAGAGGCAGGACGTTACCCAATGTCTGCATTGCTCAGTAGGCAGTTTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CACACAAATGCAGCACTGGAAGAGGTGTCCAGATGCGTGAATGATATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137815 CACACAAATGCAGCACTGGAAGAGGTGTCCAGATGCGTGAATGATATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TAACTTTACTAACGAAATACTGACTTGGGATCTGGTTCCCCAAGTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137865 TAACTTTACTAACGAAATACTGACTTGGGATCTGGTTCCCCAAGTGAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AACAGACCGATAAATCTTCTGACTGCATCACAAAAACTACAGGACTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137915 AACAGACCGATAAATCTTCTGACTGCATCACAAAAACTACAGGACTTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATGAGTGAATATAATTCAGAAATTCCAGTTGTAAATCTTAAAACTAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137965 ATGAGTGAATATAATTCAGAAATTCCAGTTGTAAATCTTAAAACTAGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TCATCAGAAAACTCCTGTATGTTCTATTGATGGGAGCACTCCCATCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138015 TCATCAGAAAACTCCTGTATGTTCTATTGATGGGAGCACTCCCATCACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AATCAACAGGTGATTGGGCAGAAGCATCTCTCCAGCAAGAAAATGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138065 AATCAACAGGTGATTGGGCAGAAGCATCTCTCCAGCAAGAAAATGCTATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ACTGGAAAACCTGTACCTGACTCTTTGAATTCCACAAAAGAATTCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138115 ACTGGAAAACCTGTACCTGACTCTTTGAATTCCACAAAAGAATTCAGTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CAAAGGTGTGCAAGGCAATATGCAGAAACAGGATGACACACTTGCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138165 CAAAGGTGTGCAAGGCAATATGCAGAAACAGGATGACACACTTGCAGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TACCTGGATCTCCACCTGAGAAATGTGACTCTTTGGGTTCTGGAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138215 TACCTGGATCTCCACCTGAGAAATGTGACTCTTTGGGTTCTGGAGTGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 ACAGTGAAAGTGGTTTTACCTGATGACCACCTGAAAGATGAAATGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138265 ACAGTGAAAGTGGTTTTACCTGATGACCACCTGAAAGATGAAATGGACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GCAGAGCTCTGCATTGGGAGAAATCACAGAAGCTGATAGTTCTGGTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138315 GCAGAGCTCTGCATTGGGAGAAATCACAGAAGCTGATAGTTCTGGTGAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTGATGACACAGTAATAGAGGACATCACAGCAGATACATCATTTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138365 CTGATGACACAGTAATAGAGGACATCACAGCAGATACATCATTTGAAAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AACAAAATTCAGGCTGAAAAACCTGTTTCCATTCCAAGTGCTGTTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138415 AACAAAATTCAGGCTGAAAAACCTGTTTCCATTCCAAGTGCTGTTGTAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 AACAGGTGAAAGAGAAATCAAAGAGATTCCCAGTTGTGAGAGAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138465 AACAGGTGAAAGAGAAATCAAAGAGATTCCCAGTTGTGAGAGAGAAGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 AAACATCTAAAAACTTTGAAGAATTGGTCAGTGACTCTGAGCTGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138515 AAACATCTAAAAACTTTGAAGAATTGGTCAGTGACTCTGAGCTGCATCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GATCAGCCTGATATTCTTGGAAGGAGTCCAGCTAGTGAGGCAGCATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138565 GATCAGCCTGATATTCTTGGAAGGAGTCCAGCTAGTGAGGCAGCATGTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 AAAAGTACCCGATACGAATGTCTCCTTAGAAGATGTGAGTGAAGTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138615 AAAAGTACCCGATACGAATGTCTCCTTAGAAGATGTGAGTGAAGTTGCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 CTGAAAAGCCTATTACTACTGAGAACCCCAAACTTCCTTCAACAGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138665 CTGAAAAGCCTATTACTACTGAGAACCCCAAACTTCCTTCAACAGTGTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CCAAATGTTTTTAATGAGACAGAATTCTCATTAAATGTGACAACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138715 CCAAATGTTTTTAATGAGACAGAATTCTCATTAAATGTGACAACATCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 CTATTTGGAGTCATTACATGGGAAAAATGTTAAACATATAGATGATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138765 CTATTTGGAGTCATTACATGGGAAAAATGTTAAACATATAGATGATTCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 CCCCAGAGGACCTGATAGCAGCCTTTACAGAAACCAGAGATAAAGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138815 CCCCAGAGGACCTGATAGCAGCCTTTACAGAAACCAGAGATAAAGGAATA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 GTAGATAGTGAAAGAAATGCTTTTAAAGCAATATCAGAGAAGATGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138865 GTAGATAGTGAAAGAAATGCTTTTAAAGCAATATCAGAGAAGATGACAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 CTTTAAAACAACTCCTCCTGTAGAAGTCTTACATGAAAATGAGTCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138915 CTTTAAAACAACTCCTCCTGTAGAAGTCTTACATGAAAATGAGTCCGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 GTTCTGAAATTAAAGACATTGGAAGCAAATACAGTGAACAAAGCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138965 GTTCTGAAATTAAAGACATTGGAAGCAAATACAGTGAACAAAGCAAAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 ACAAATGGAAGTGAGCCTCTAGGTGTTTTCCCTACCCAAGGTACTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139015 ACAAATGGAAGTGAGCCTCTAGGTGTTTTCCCTACCCAAGGTACTCCAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 AGCATCTCTTGACTTAGAACAAGAACAGCTCACAATTAAGGCTCTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139065 AGCATCTCTTGACTTAGAACAAGAACAGCTCACAATTAAGGCTCTTAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 AATTAGGTGAAAGACAGGTTGAGAAGTCAACTTCTGCACAGCGTGACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139115 AATTAGGTGAAAGACAGGTTGAGAAGTCAACTTCTGCACAGCGTGACGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 GAATTGCCTTCTGAAGAAGTACTGAAGCAAACTTTCACATTTGCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139165 GAATTGCCTTCTGAAGAAGTACTGAAGCAAACTTTCACATTTGCTCCAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 ATCTTGGCCACAGAGATCATATGACATCCTAGAACGTAATGTCAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139215 ATCTTGGCCACAGAGATCATATGACATCCTAGAACGTAATGTCAAGAATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 GATCTGATCTTGGGATTTCCCAGAAGCCCATCACTATCAGAGAAACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139265 GATCTGATCTTGGGATTTCCCAGAAGCCCATCACTATCAGAGAAACTACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392 AGGGTAGATGCTGTTTCCAGCCTTAGCAAGACTGAATTGGTAAAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139315 AGGGTAGATGCTGTTTCCAGCCTTAGCAAGACTGAATTGGTAAAAAAGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2442 TGTCCTAGCAAGACTTCTGACAGACTTCTCAG         TGCACGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 139365 TGTCCTAGCAAGACTTCTGACAGACTTCTCAGGTA...CAGTGCACGATC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 TGATTTTCTGGAGAGATGTGAAGAAGACTGGGTTTGTCTTTGGCACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168364 TGATTTTCTGGAGAGATGTGAAGAAGACTGGGTTTGTCTTTGGCACCACG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 CTGATCATGCTGCTTTCCCTGGCAGCTTTCAGTGTCATCAGTGTGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168414 CTGATCATGCTGCTTTCCCTGGCAGCTTTCAGTGTCATCAGTGTGGTTTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 TTACCTCATCCTGGCTCTTCTCTCTGTCACCATCAGCTTCAGGATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168464 TTACCTCATCCTGGCTCTTCTCTCTGTCACCATCAGCTTCAGGATCTACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2633 AGTCCGTCATCCAAGCTGTACAGAAGTCAGAAGAAGGCCATCCATTCAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 168514 AGTCCGTCATCCAAGCTGTACAGAAGTCAGAAGAAGGCCATCCATTCAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2682         AGCCTACCTGGACGTAGACATTACTCTGTCCTCAGAAGCTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168564 TG...AAGAGCCTACCTGGACGTAGACATTACTCTGTCCTCAGAAGCTTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2724 CCATAATTACATGAATGCTGCCATGGTGCACATCAACAGGGCCCTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170913 CCATAATTACATGAATGCTGCCATGGTGCACATCAACAGGGCCCTGAAAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2774 TCATTATTCGTCTCTTTCTGGTAGAAGATCTGGTTGACTCCTTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 170963 TCATTATTCGTCTCTTTCTGGTAGAAGATCTGGTTGACTCCTTGAAGGTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2821       CTGGCTGTCTTCATGTGGCTGATGACCTATGTTGGTGCTGTTTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171013 ...CAGCTGGCTGTCTTCATGTGGCTGATGACCTATGTTGGTGCTGTTTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2865 TAACGGAATCACCCTTCTAATTCTTG         CTGAACTGCTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 171477 TAACGGAATCACCCTTCTAATTCTTGGTA...CAGCTGAACTGCTCATTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2906 TCAGTGTCCCGATTGTCTATGAGAAGTACAAG         ACCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 172041 TCAGTGTCCCGATTGTCTATGAGAAGTACAAGGTA...AAGACCCAGATT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2947 GATCACTATGTTGGCATCGCCCGAGATCAGACCAAGTCAATTGTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174485 GATCACTATGTTGGCATCGCCCGAGATCAGACCAAGTCAATTGTTGAAAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2997          GATCCAAGCAAAACTCCCTGGAATCGCCAAAAAAAAGGCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174535 GTA...TAGGATCCAAGCAAAACTCCCTGGAATCGCCAAAAAAAAGGCAG

   3100 
   3038 AA
        ||
 176561 AA