seq1 = pF1KE0049.tfa, 2181 bp
seq2 = pF1KE0049/gi568815596r_55136651.tfa (gi568815596r:55136651_55363858), 227208 bp

>pF1KE0049 2181
>gi568815596r:55136651_55363858 (Chr2)

(complement)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-331  (101432-101543)   100% ->
332-503  (109034-109205)   100% ->
504-664  (109658-109818)   100% ->
665-841  (111206-111382)   100% ->
842-981  (114325-114464)   100% ->
982-1106  (117398-117522)   100% ->
1107-1311  (119626-119830)   100% ->
1312-1564  (120191-120443)   100% ->
1565-1705  (120779-120919)   100% ->
1706-1870  (123684-123848)   100% ->
1871-2011  (126431-126571)   100% ->
2012-2181  (127039-127208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCAGAAGCTACTGAAGTTGGAGAACTTGCTACGATTTCACACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCAGAAGCTACTGAAGTTGGAGAACTTGCTACGATTTCACACTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTATAGGCAACTGCACAGTCTGTGTCAAAGAAGAGCATTAAGACAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTATAGGCAACTGCACAGTCTGTGTCAAAGAAGAGCATTAAGACAGTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCATGGGTTTTCATCTGCTTACCCTGTGTGGACAGCTCAACTGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCATGGGTTTTCATCTGCTTACCCTGTGTGGACAGCTCAACTGTGTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGCCCTGGCCAACAGATGTGCTCACTGGGGCTGCTTTATCTCAGTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGCCCTGGCCAACAGATGTGCTCACTGGGGCTGCTTTATCTCAGTATAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTTCTAGTAACAAAAAAG         GAAGAAGGACCATGGAAATCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 GCTTCTAGTAACAAAAAAGGTA...TAGGAAGAAGGACCATGGAAATCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTTATCTTCAACAAAATCTAAAAAGGTGGTAGAAGTATGGATTGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101454 AGTTATCTTCAACAAAATCTAAAAAGGTGGTAGAAGTATGGATTGGAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTATTGAGGAACTGGCCAGGGCAATGGAAAAAAACACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101504 ACTATTGAGGAACTGGCCAGGGCAATGGAAAAAAACACAGGTG...CAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTATGTATATGAAGCTTTATTGAACACTGATATTGACATAGATTCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109035 TTATGTATATGAAGCTTTATTGAACACTGATATTGACATAGATTCACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGCAGACTCACATTTAGATGAAGTCTGGATCAAAGAAGTGATAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109085 AAGCAGACTCACATTTAGATGAAGTCTGGATCAAAGAAGTGATAACGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAGGGATGAAGTTAAAGTGGAGTAAATTAAAACAGGACAAAGTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109135 GCAGGGATGAAGTTAAAGTGGAGTAAATTAAAACAGGACAAAGTCAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAATAAAGATGCTGTAAGAAG         GCCCCAGGCAGATCCAGCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109185 AAATAAAGATGCTGTAAGAAGGTA...TAGGCCCCAGGCAGATCCAGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TATTAACCCCAAGGTCCCCAGTTGTTACTATAATGGGCCATGTTGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109678 TATTAACCCCAAGGTCCCCAGTTGTTACTATAATGGGCCATGTTGATCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGAAAACGACATTACTTGACAAATTTCGAAAAACTCAAGTGGCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109728 GGGAAAACGACATTACTTGACAAATTTCGAAAAACTCAAGTGGCAGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAAACTGGAGGCATCACTCAGCACATTGGTGCCTTTCTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109778 GGAAACTGGAGGCATCACTCAGCACATTGGTGCCTTTCTTGGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTCTCTGCCTTCTGGGGAAAAGATAACTTTTCTTGATACTCCAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111206 TCTCTCTGCCTTCTGGGGAAAAGATAACTTTTCTTGATACTCCAGGACAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTGCTTTCTCAGCAATGAGAGCCAGAGGTGCTCAGGTCACTGACATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111256 GCTGCTTTCTCAGCAATGAGAGCCAGAGGTGCTCAGGTCACTGACATTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGTATTGGTTGTAGCTGCAGATGATGGAGTGATGAAACAAACTGTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111306 CGTATTGGTTGTAGCTGCAGATGATGGAGTGATGAAACAAACTGTAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTATTCAGCATGCCAAAGATGCACAGG         TTCCTATTATCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 111356 CTATTCAGCATGCCAAAGATGCACAGGGTA...CAGTTCCTATTATCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCGTAAATAAATGTGACAAAGCTGAGGCTGATCCTGAGAAAGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114339 GCCGTAAATAAATGTGACAAAGCTGAGGCTGATCCTGAGAAAGTGAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAGCTGCTGGCTTACGATGTGGTATGTGAAGATTATGGAGGTGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114389 AGAGCTGCTGGCTTACGATGTGGTATGTGAAGATTATGGAGGTGATGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGCAGTGCCTGTCTCCGCACTTACG         GGCGATAATCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114439 AAGCAGTGCCTGTCTCCGCACTTACGGTA...AAGGGCGATAATCTGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCTTTGGCAGAAGCAACAGTTGCTCTTGCAGAAATGTTAGAATTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117413 GCTTTGGCAGAAGCAACAGTTGCTCTTGCAGAAATGTTAGAATTGAAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGATCCCAATGGTCCAGTGGAAGGAACAGTAATAGAGTCTTTCACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117463 AGATCCCAATGGTCCAGTGGAAGGAACAGTAATAGAGTCTTTCACAGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAGGAAGAGG         TCTTGTTACTACAGCTATAATTCAAAGAGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117513 AAGGAAGAGGGTA...TAGTCTTGTTACTACAGCTATAATTCAAAGAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACTTTAAGAAAAGGCTCTGTTCTGGTTGCTGGAAAATGTTGGGCAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119657 ACTTTAAGAAAAGGCTCTGTTCTGGTTGCTGGAAAATGTTGGGCAAAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACGCTTAATGTTTGATGAAAATGGAAAAACAATTGATGAGGCCTATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119707 ACGCTTAATGTTTGATGAAAATGGAAAAACAATTGATGAGGCCTATCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GCATGCCAGTGGGAATTACAGGCTGGAGAGACCTTCCTTCTGCAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119757 GCATGCCAGTGGGAATTACAGGCTGGAGAGACCTTCCTTCTGCAGGAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAAATTCTTGAAGTAGAATCTGAG         CCAAGGGCACGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 119807 GAAATTCTTGAAGTAGAATCTGAGGTG...AAGCCAAGGGCACGTGAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGTTGACTGGAGGAAATATGAACAAGAACAGGAGAAAGGTCAGGAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120208 TGTTGACTGGAGGAAATATGAACAAGAACAGGAGAAAGGTCAGGAGGATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGAAAATAATAGAAGAAAAGCGAAAGGAACACAAAGAAGCACATCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120258 TGAAAATAATAGAAGAAAAGCGAAAGGAACACAAAGAAGCACATCAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCCCGTGAGAAGTATGGCCATCTACTGTGGAAGAAGAGATCAATTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120308 GCCCGTGAGAAGTATGGCCATCTACTGTGGAAGAAGAGATCAATTCTACG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GTTTTTAGAAAGAAAAGAACAAATACCCTTAAAGCCAAAAGAGAAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120358 GTTTTTAGAAAGAAAAGAACAAATACCCTTAAAGCCAAAAGAGAAAAGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AAAGAGATTCAAATGTACTTTCTGTGATTATTAAAG         GTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120408 AAAGAGATTCAAATGTACTTTCTGTGATTATTAAAGGTA...TAGGTGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GTTGATGGTTCTGTTGAGGCCATTTTGAACATTATAGATACCTATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120784 GTTGATGGTTCTGTTGAGGCCATTTTGAACATTATAGATACCTATGATGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TTCACACGAGTGTGAACTAGAATTAGTACATTTTGGAGTGGGTGATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120834 TTCACACGAGTGTGAACTAGAATTAGTACATTTTGGAGTGGGTGATGTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GTGCAAATGATGTTAACCTTGCTGAAACATTTGATG         GTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120884 GTGCAAATGATGTTAACCTTGCTGAAACATTTGATGGTA...TAGGTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 ATATATGGCTTTAATGTGAATGCAGGCAATGTTATCCAACAGTCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123689 ATATATGGCTTTAATGTGAATGCAGGCAATGTTATCCAACAGTCAGCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AAAAAAAGGAGTAAAAATTAAACTTCACAAAATAATTTACCGTCTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123739 AAAAAAAGGAGTAAAAATTAAACTTCACAAAATAATTTACCGTCTTGTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AAGATTTGCAAGAGGAACTGAGCAGCAGATTACCCTGTGCTGTGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123789 AAGATTTGCAAGAGGAACTGAGCAGCAGATTACCCTGTGCTGTGGAAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CACCCAGTAG         GTGAGGCATCTATACTAGCTACCTTCTCTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123839 CACCCAGTAGGTG...AAGGTGAGGCATCTATACTAGCTACCTTCTCTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AACAGAAGGGAAGAAAAAAGTTCCTGTGGCTGGCTGCAGAGTCCAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126462 AACAGAAGGGAAGAAAAAAGTTCCTGTGGCTGGCTGCAGAGTCCAAAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GACAGTTAGAAAAACAAAAAAAATTTAAACTAACCCGTAATGGACATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126512 GACAGTTAGAAAAACAAAAAAAATTTAAACTAACCCGTAATGGACATGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ATTTGGAAGG         GCTCATTAACCTCATTGAAACACCATAAAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126562 ATTTGGAAGGGTA...AAGGCTCATTAACCTCATTGAAACACCATAAAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGACATTTCAATTGTCAAAACGGGAATGGATTGTGGTCTCAGTTTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127070 TGACATTTCAATTGTCAAAACGGGAATGGATTGTGGTCTCAGTTTAGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AAGACAATATGGAATTTCAAGTGGGAGACAGAATTGTTTGTTATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127120 AAGACAATATGGAATTTCAAGTGGGAGACAGAATTGTTTGTTATGAAGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .
   2143 AAGCAAATTCAAGCCAAGACTTCTTGGGATCCAGGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127170 AAGCAAATTCAAGCCAAGACTTCTTGGGATCCAGGATTT